Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8AVV	15684	2023-04-20	2022-08-27	3.4	3.53	3.39	3.5	0.008	1.38	0.0	0.08	18.27	0.01	2.580	1.80	5.03	4.7	95.1	0.2	-3.08	0.76	0.87	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	1010	4	0	2	0	0	logfile
✘	8GWN	34317	2023-04-26	2022-09-17	3.38	3.97	3.47	3.7	0.015	1.23	0.0	0.06	18.41	0.01	1.979	38.61	14.07	23.5	75.0	1.5	-6.16	0.86	0.83	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2655	12	52	9	0	0	logfile
✘	8ENN	28274	2023-04-24	2022-09-30	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16749	1974	12	0	9	858	0	logfile
✘	8B14	15802	2023-04-24	2022-09-09	2.6	2.13	2.61	2.0	0.007	0.68	0.0	0.05	16.80	0.01	2.163	5.79	0.79	2.8	97.2	0.0	0.27	0.80	0.81	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18810	1243	3	0	2	0	9112	logfile
✘	6Z43	11068	2023-04-27	2020-05-22	3.3	3.43	—	3.4	0.006	0.61	0.0	0.05	10.89	0.00	2.094	4.31	0.68	3.5	96.5	0.0	-0.78	0.78	0.84	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26725	3351	29	0	66	0	0	logfile
✘	7UPX	26677	2023-04-20	2022-04-18	3.2	3.46	—	3.4	0.013	1.88	4.0	0.11	13.52	0.01	2.176	5.28	2.20	5.4	93.2	1.4	-0.66	0.64	0.88	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4930	635	4	0	3	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2023-04-20	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7F9o	31498	2023-04-23	2021-07-04	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	106329	11553	82	0	461	0	0	logfile
✘	6KNG	0731	2023-04-20	2019-08-05	2.85	3.15	—	3.1	0.005	0.65	0.0	0.05	14.34	0.00	2.093	4.97	3.68	0.9	99.1	0.0	-2.31	0.83	0.91	4.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7749	1002	6	0	6	0	0	logfile
✘	6XM3	22254	2023-04-27	2020-06-29	2.9	3.02	2.92	3.0	0.013	1.03	3.0	0.07	14.51	0.01	2.233	3.36	0.66	7.4	92.5	0.2	-4.38	0.66	0.86	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25384	3143	23	0	60	0	0	logfile
✘	6ZNL	11313	2023-04-19	2020-07-06	3.8	4.07	3.64	3.8	0.014	1.87	3.0	0.09	14.11	0.00	1.790	2.76	0.02	5.8	94.0	0.2	-2.54	0.78	0.70	1.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52864	7001	34	0	13	0	0	logfile
✘	7UND	26621	2023-04-27	2022-04-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	129454	8269	40	269	10	0	61541	logfile
✘	7AMY	11827	2023-04-27	2020-10-09	3.75	3.87	3.71	3.8	0.010	0.89	0.0	0.05	14.93	0.00	2.177	20.18	0.66	13.8	85.9	0.3	-5.40	0.82	0.86	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24849	3177	9	0	0	0	0	logfile
✘	6Y5R	10703	2023-04-22	2020-02-25	3.76	3.87	3.73	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	11.47	0.00	2.147	7.90	0.07	4.4	95.6	0.0	-2.26	0.68	0.85	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13592	1758	6	0	8	0	0	logfile
✘	5WP6	8871	2023-04-28	2017-08-03	3.8	4.03	—	3.8	0.062	4.81	0.0	0.06	10.88	0.01	2.083	3.10	0.30	6.7	93.3	0.0	-3.61	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29036	3908	8	0	8	0	0	logfile
✘	7M6F	23694	2023-04-27	2021-03-25	3.9	4.35	—	4.1	0.006	1.00	4.0	0.07	10.47	0.01	1.869	10.66	0.00	3.9	96.1	0.0	0.42	0.78	0.76	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24304	3446	25	0	63	0	0	logfile
✘	7BKE	12212	2023-04-27	2021-01-15	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24816	3176	18	0	26	0	0	logfile
✘	7R8o	24320	2023-04-29	2021-06-26	3.5	3.86	—	3.9	0.008	1.48	13.0	0.09	12.90	0.02	1.876	11.98	1.03	3.6	96.3	0.1	-0.25	0.71	0.80	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29964	3804	20	0	48	0	0	logfile
✘	8APC	15565	2023-04-27	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	59	0	36	0	62392	logfile
✘	7WK0	32554	2023-04-21	2022-01-08	3.32	2.37	—	2.2	0.004	0.65	0.0	0.04	11.04	0.01	2.233	9.59	7.71	12.2	87.5	0.2	-4.96	0.75	0.75	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9724	1264	8	0	2	0	0	logfile

• Page 1 of 372
• next →