Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6U9V	20702	2023-02-26	2019-09-09	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26701	1680	15	3	54	0	12634	logfile
✘	8DJM	27461	2023-02-18	2022-07-01	3.23	3.66	3.31	3.6	0.029	1.53	2.0	1.04	15.98	0.00	1.844	8.23	0.82	3.7	96.3	0.0	-2.26	0.49	0.75	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7032	862	7	0	8	0	0	logfile
✘	6VFi	21173	2023-02-22	2020-01-05	4.54	4.63	4.96	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.449	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58488	7560	48	0	0	0	0	logfile
✘	6U9W	20703	2023-02-26	2019-09-09	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26919	1686	12	3	42	0	12885	logfile
✘	7TLB	25986	2023-02-24	2022-01-18	3.06	3.26	—	3.2	0.012	1.74	1.0	0.09	13.14	0.01	2.531	0.11	0.82	5.3	94.7	0.1	-1.00	0.54	0.56	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22806	2916	3	0	0	0	0	logfile
✘	7ZMD	14795	2023-02-26	2022-04-19	2.93	3.18	2.97	3.2	0.002	0.52	0.0	0.08	13.13	0.01	2.146	3.80	0.00	2.5	97.5	0.0	0.93	0.68	0.78	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18400	1191	2	0	0	0	9106	logfile
✘	7KSR	23024	2023-02-20	2020-11-24	4.1	4.28	—	4.2	0.004	0.70	0.0	0.05	11.74	0.00	2.200	1.91	0.00	5.5	94.5	0.0	-4.46	0.65	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11863	1524	5	0	7	0	0	logfile
✘	7LD5	23282	2023-02-21	2021-01-12	3.07	3.46	—	3.4	0.006	0.67	0.0	0.05	16.01	0.00	2.102	8.95	6.51	4.3	95.7	0.0	-2.06	0.77	0.82	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13542	1761	9	15	6	0	0	logfile
✘	7RWA	24712	2023-02-22	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7QFQ	13947	2023-02-19	2021-12-06	3.6	3.83	3.58	4.0	0.002	0.54	0.0	0.04	12.93	0.00	2.177	8.31	0.00	5.4	94.6	0.0	-0.70	0.65	0.70	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10659	1291	1	0	0	0	0	logfile
✘	7DX4	30895	2023-02-18	2021-01-18	3.6	3.96	—	3.8	0.007	0.99	0.0	0.06	10.06	0.01	0.766	7.21	0.23	6.0	93.7	0.3	-4.20	0.71	0.79	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8234	1027	6	0	5	0	0	logfile
✘	6H3i	0133	2023-02-23	2018-07-18	3.5	3.59	—	3.5	0.009	0.92	0.0	0.05	10.08	0.01	2.012	39.59	0.40	21.4	78.4	0.2	-5.64	0.78	0.86	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20599	2597	3	0	0	0	53	logfile
✘	8EoE	28373	2023-02-25	2022-10-03	3.2	3.93	3.21	3.5	0.003	0.63	0.0	0.05	22.19	0.01	1.984	5.34	17.34	9.0	90.4	0.5	-3.14	0.88	0.86	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25301	3030	10	88	3	0	0	logfile
✘	6ZWo	11492	2023-02-25	2020-07-28	3.0	3.30	3.09	3.2	0.004	0.58	0.0	0.04	14.53	0.00	2.167	6.24	1.26	3.7	96.3	0.0	-2.70	0.70	0.84	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24994	3126	7	0	5	0	0	logfile
✘	7KE6	22832	2023-02-24	2020-10-10	3.1	3.68	—	3.6	0.013	1.75	4.0	0.10	13.65	0.01	2.558	0.17	1.02	6.5	93.2	0.3	-1.42	0.78	0.77	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23688	2916	21	0	63	0	0	logfile
✘	7XVE	33484	2023-02-21	2022-05-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13659	1569	8	0	42	0	0	logfile
✘	7K9i	22749	2023-02-17	2020-09-29	3.3	3.72	3.48	3.6	0.005	0.71	0.0	0.05	12.68	0.00	2.118	12.07	0.00	3.6	96.4	0.0	-0.86	0.55	0.82	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3295	423	4	0	1	0	0	logfile
✘	7K9X	22755	2023-02-19	2020-09-29	3.8	3.44	—	3.7	0.008	0.96	0.0	0.05	15.20	0.01	2.254	6.36	6.12	3.8	96.2	0.0	-1.99	0.79	0.81	0.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1372	4	0	0	0	0	logfile
✘	8E6W	27928	2023-02-23	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	6KNG	0731	2023-02-18	2019-08-05	2.85	3.15	—	3.1	0.005	0.65	0.0	0.05	14.34	0.00	2.093	4.97	3.68	0.9	99.1	0.0	-2.31	0.83	0.91	4.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7749	1002	6	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 353
• next →