cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6VM0	21234	2023-08-14	2020-01-27	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✘	8CUZ	27003	2023-08-19	2022-05-17	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27791	1850	4	0	2	0	13711	logfile
✘	6TRC	10558	2023-08-18	2019-12-18	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile
✘	6VVX	21406	2023-08-20	2020-02-18	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29858	3508	12	128	4	0	0	logfile
✘	7ZG7	14705	2023-08-24	2022-04-02	1.77	1.79	1.79	1.8	0.004	0.74	0.0	0.04	14.44	0.01	1.952	3.06	0.00	1.8	98.2	0.0	3.49	0.77	0.86	9.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39086	4128	72	0	382	2680	0	logfile
✘	7CQ7	30438	2023-08-13	2020-08-08	3.55	3.95	—	4.0	0.008	1.07	0.0	0.06	10.33	0.01	1.915	5.84	0.07	9.3	90.7	0.0	-4.47	0.39	0.42	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13810	1766	8	0	9	0	0	logfile
✘	7o7Q	12753	2023-08-25	2021-04-13	3.6	4.18	—	4.0	0.010	1.54	10.0	0.08	14.43	0.01	1.769	11.99	0.63	14.5	84.1	1.4	-4.14	0.83	0.76	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40530	5126	16	0	40	0	0	logfile
✘	5ZGB	6929	2023-08-23	2018-03-08	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35011	3102	31	0	215	0	0	logfile
✘	8GF5	29978	2023-08-15	2023-03-07	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19127	2515	9	0	3	0	0	logfile
✘	7RJE	24486	2023-08-10	2021-07-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57232	3818	24	0	10	0	27924	logfile
✘	7DXF	30907	2023-08-17	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22940	2740	8	0	40	0	0	logfile
✘	5oJQ	3566	2023-08-11	2017-07-22	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113346	14364	54	0	0	0	0	logfile
✘	6L35	0821	2023-08-23	2019-10-09	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34822	3260	30	0	205	0	0	logfile
✘	7LUM	23522	2023-08-12	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.15	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	0	logfile
✘	8G1F	29669	2023-08-22	2023-02-02	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32911	4148	12	0	22	253	0	logfile
✘	7DXC	30904	2023-08-17	2021-01-18	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22896	2808	8	0	20	0	0	logfile
✘	5ZJi	6932	2023-08-26	2018-03-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44708	4087	40	0	271	0	0	logfile
✘	7TLB	25986	2023-08-17	2022-01-18	3.06	3.26	—	3.2	0.012	1.74	1.0	0.09	13.14	0.01	2.531	0.11	0.82	5.3	94.7	0.1	-1.00	0.54	0.56	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22806	2916	3	0	0	0	0	logfile
✘	6UZZ	20965	2023-08-14	2019-11-16	3.1	3.48	—	3.4	0.009	0.92	0.0	0.06	10.61	0.01	2.325	2.53	0.24	1.8	98.0	0.2	-4.22	0.60	0.81	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15832	1984	12	0	8	0	0	logfile
✘	5W9J	8785	2023-08-22	2017-06-23	4.8	4.91	5.09	4.7	0.013	1.57	0.0	0.07	11.98	0.02	1.881	5.79	0.90	4.0	94.8	1.2	0.53	0.78	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile