Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8ED8	28032	2023-08-21	2022-09-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	0	logfile
✘	7SQ7	25378	2023-08-14	2021-11-04	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15305	1852	16	0	13	8	0	logfile
✘	6L35	0821	2023-08-23	2019-10-09	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34822	3260	30	0	205	0	0	logfile
✘	8DDT	27341	2023-08-21	2022-06-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	0	logfile
✘	6VAD	21137	2023-08-18	2019-12-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37613	2321	2	0	0	0	19096	logfile
✘	6oo7	20148	2023-08-14	2019-04-22	3.8	4.25	3.77	4.0	0.013	1.08	0.0	0.06	9.52	0.01	2.273	4.27	0.00	3.5	96.5	0.0	-1.41	0.75	0.78	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16860	2394	8	0	4	0	0	logfile
✘	7VoY	32062	2023-08-17	2021-10-15	4.2	3.14	—	3.1	0.009	0.97	0.0	0.10	14.41	0.01	2.056	16.17	1.25	4.6	95.4	0.0	0.99	0.45	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22119	2479	71	0	44	0	0	logfile
✘	7MD3	23764	2023-08-14	2021-04-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45992	3133	13	0	8	0	22961	logfile
✘	6PCV	20308	2023-08-11	2019-06-18	3.2	2.93	3.33	3.3	0.006	0.98	0.0	0.06	14.31	0.01	2.235	6.90	0.71	4.0	96.0	0.0	-3.37	0.71	0.72	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9035	1155	3	0	0	0	0	logfile
✘	7Z10	14436	2023-08-12	2022-02-24	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12574	1556	13	0	9	0	0	logfile
✘	7CH8	30371	2023-08-14	2020-07-05	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16213	2122	17	0	12	0	0	logfile
✘	6BBM	7076	2023-08-18	2017-10-18	4.1	4.24	—	4.1	0.008	1.20	0.0	0.06	16.70	0.01	2.231	9.86	0.58	13.8	86.1	0.2	-5.97	0.74	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23956	2662	15	0	623	0	0	logfile
✘	7oGR	12886	2023-08-13	2021-05-07	3.0	3.10	2.89	3.1	0.003	0.69	0.0	0.05	13.65	0.01	2.309	3.41	0.00	5.2	94.8	0.0	-4.69	0.68	0.80	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14135	1775	7	0	1	0	0	logfile
✘	7KDV	22830	2023-08-27	2020-10-09	4.59	8.08	5.28	6.0	0.005	0.85	0.0	0.05	12.44	0.01	2.109	12.96	0.98	5.4	94.2	0.4	-1.39	0.88	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51696	6312	42	0	72	0	0	logfile
✘	7VDD	31914	2023-08-12	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	6oo5	20146	2023-08-15	2019-04-22	4.2	4.30	4.10	4.2	0.012	1.05	0.0	0.06	9.23	0.01	2.246	3.18	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.65	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17548	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	6LMK	0917	2023-08-11	2019-12-26	3.7	3.89	—	3.8	0.009	0.96	0.0	0.06	15.10	0.01	2.283	7.02	0.62	6.5	93.5	0.0	-4.19	0.68	0.82	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9240	1178	6	0	0	0	0	logfile
✘	8B4o	15851	2023-08-09	2022-09-20	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6156	772	2	0	3	0	0	logfile
✘	7LWJ	23547	2023-08-17	2021-03-01	3.24	3.45	—	3.3	0.014	1.83	2.0	0.10	13.55	0.01	2.482	0.34	0.84	7.0	92.8	0.2	-1.78	0.70	0.68	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23840	3003	6	0	30	0	0	logfile
✘	7XLB	33276	2023-08-15	2022-04-21	3.44	3.67	3.47	3.7	0.003	0.64	0.0	0.04	19.23	0.01	2.236	8.13	0.19	7.7	92.3	0.0	-3.68	0.63	0.71	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19138	2352	7	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 542
• next →