Table showing results for November 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	7M7B	23709	2022-11-29	2021-03-27	2.95	3.73	2.93	3.1	0.012	1.87	5.0	0.11	13.09	0.02	2.512	0.31	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.73	0.62	0.86	4.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4898	635	4	0	2	0	0	logfile
✔	7ML0	23904	2022-11-29	2021-04-27	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64214	7986	40	132	139	0	0	logfile
✔	7MJL	23877	2022-11-29	2021-04-20	2.95	3.62	—	3.3	0.005	0.81	0.0	0.05	12.15	0.01	2.351	2.87	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.85	0.80	0.87	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4788	621	4	0	1	0	0	logfile
✔	7N0K	24107	2022-11-29	2021-05-25	3.5	4.16	—	4.1	0.003	0.56	0.0	0.03	18.36	0.00	2.238	8.16	7.46	1.0	99.0	0.0	-2.20	0.63	0.77	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5154	626	2	0	0	0	0	logfile
✔	7T4L	25679	2022-11-29	2021-12-10	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6062	755	2	0	0	0	0	logfile
✔	7AR8	11876	2022-11-29	2020-10-23	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61461	7676	64	0	55	0	0	logfile
✘	7SoC	25266	2022-11-29	2021-10-29	3.3	3.48	3.25	3.5	0.010	1.21	0.0	0.07	10.55	0.00	2.526	0.89	0.00	1.9	98.1	0.0	0.30	0.70	0.86	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3448	433	5	0	7	0	0	logfile
✘	7MLZ	23914	2022-11-29	2021-04-29	3.71	4.27	3.83	3.9	0.004	0.78	0.0	0.05	12.84	0.01	2.150	18.34	0.00	17.4	82.5	0.2	-4.08	0.80	0.62	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4864	624	4	0	5	0	0	logfile
✔	7P5M	13201	2022-11-29	2021-07-14	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6204	788	8	0	12	0	0	logfile
✔	7CXR	30495	2022-11-29	2020-09-02	3.4	3.32	3.43	3.7	0.007	0.87	1.0	0.06	16.56	0.00	2.199	12.99	3.39	6.6	93.1	0.3	-2.27	0.52	0.54	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5168	614	2	0	0	0	0	logfile
✔	7NPS	12518	2022-11-29	2021-02-28	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55350	3732	9	0	0	0	27681	logfile
✔	7RTo	24685	2022-11-29	2021-08-13	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6607	888	3	0	0	0	0	logfile
✘	7SoF	25269	2022-11-29	2021-10-29	3.6	3.79	3.59	3.8	0.010	1.28	1.0	0.07	8.50	0.01	2.563	1.26	0.00	3.4	96.6	0.0	0.64	0.67	0.78	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3735	488	5	0	9	0	0	logfile
✔	7EZV	31391	2022-11-29	2021-06-02	3.3	3.71	—	3.5	0.005	0.71	0.0	0.05	13.54	0.01	2.034	14.66	0.75	8.4	91.3	0.3	-0.96	0.74	0.85	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4937	632	5	0	0	0	0	logfile
✘	7ETW	31303	2022-11-29	2021-05-14	4.1	4.06	—	4.0	0.008	1.00	1.0	0.07	13.39	0.01	1.417	16.29	1.36	11.6	86.4	1.9	-5.46	0.53	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4952	680	4	0	6	0	0	logfile
✔	7PAG	13269	2022-11-29	2021-07-29	4.0	4.22	—	4.1	0.004	0.74	0.0	0.05	13.83	0.01	2.177	12.91	0.00	6.3	93.7	0.0	-1.70	0.30	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4040	509	1	0	4	0	0	logfile
✔	7QB9	13882	2022-11-29	2021-11-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5419	598	4	0	26	0	0	logfile
✔	7N0L	24108	2022-11-29	2021-05-25	2.8	2.17	—	3.1	0.003	0.52	0.0	0.04	18.50	0.00	1.169	9.49	9.23	2.0	98.0	0.0	-6.10	0.56	0.80	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✔	7oZG	13123	2022-11-29	2021-06-28	3.3	3.21	2.71	3.6	0.023	1.83	0.0	0.10	12.75	0.01	2.254	17.09	0.00	8.7	91.3	0.0	-4.01	0.40	0.73	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4960	730	10	0	0	0	0	logfile
✔	7QV6	14168	2022-11-29	2022-01-19	3.5	3.33	3.32	3.5	0.011	0.59	0.0	0.05	11.56	0.00	2.480	1.86	0.00	1.1	98.9	0.0	-1.85	0.39	0.86	5.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4842	306	18	0	0	0	2556	logfile

• ← previous
• Page 2 of 23
• next →