Table showing results for December 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	6WHX	21679	2021-12-02	2020-04-08	4.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22925	3154	8	0	4	0	0	logfile
✔	6UTJ	20881	2021-12-02	2019-10-29	2.9	3.16	3.00	3.2	0.009	1.34	0.0	0.07	10.47	0.01	2.212	7.86	1.01	5.1	94.7	0.3	-2.93	0.74	0.79	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58359	7546	35	0	0	0	0	logfile
✘	6TED	10480	2021-12-01	2019-11-11	3.1	3.20	3.00	3.1	0.025	1.39	2.0	0.08	16.34	0.01	1.961	19.26	2.09	7.9	91.5	0.6	-4.77	0.68	0.72	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57142	7357	31	106	10	0	0	logfile
✔	6UTH	20879	2021-12-02	2019-10-29	3.4	3.68	3.48	3.7	0.008	1.19	0.0	0.06	10.45	0.01	2.199	5.16	0.67	4.4	95.3	0.3	-2.57	0.46	0.61	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58394	7553	35	0	0	0	0	logfile
✔	6WPK	21863	2021-12-02	2020-04-27	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33229	4376	8	0	0	0	0	logfile
✔	6WHT	21675	2021-12-02	2020-04-08	4.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20532	3082	10	0	8	0	0	logfile
✘	6XQN	22290	2021-12-01	2020-07-09	3.3	3.76	—	3.7	0.005	0.67	1.0	0.04	14.56	0.00	1.922	7.08	2.87	2.5	97.5	0.0	0.13	0.65	0.69	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9433	1290	10	0	1	0	0	logfile
✔	7C2K	30275	2021-12-02	2020-05-07	2.93	3.24	3.00	3.1	0.007	0.67	0.0	0.04	13.79	0.00	2.256	7.20	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.91	0.78	0.89	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10692	1256	7	31	3	0	0	logfile
✔	6WUC	21910	2021-12-02	2020-05-04	3.23	3.36	—	3.3	0.004	0.73	1.0	0.05	13.18	0.00	1.351	17.80	2.97	9.0	90.4	0.6	-3.18	0.71	0.85	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10284	1266	5	0	0	0	0	logfile
✘	6WTi	21897	2021-12-01	2020-05-02	2.38	2.42	—	2.5	0.010	1.20	5.0	0.07	19.47	0.01	1.179	9.07	11.79	4.6	95.3	0.1	-3.48	0.60	0.74	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✔	6PMi	20394	2021-12-01	2019-07-02	3.86	4.66	—	4.1	0.012	1.26	0.0	0.06	15.81	0.01	1.949	12.35	0.24	10.7	88.9	0.4	-4.48	0.69	0.51	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57985	3453	10	110	4	0	28610	logfile
✔	6VJM	21219	2021-12-02	2020-01-16	3.97	4.44	—	4.1	0.005	0.91	0.0	0.06	14.29	0.01	2.297	6.77	0.19	8.3	91.7	0.0	-4.38	0.81	0.79	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10629	1369	8	0	11	0	0	logfile
✘	6VFi	21173	2021-12-02	2020-01-05	4.54	4.63	4.96	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.449	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58488	7560	48	0	0	0	0	logfile
✔	6V7B	21094	2021-12-02	2019-12-08	3.4	3.51	—	3.4	0.008	0.84	0.0	0.05	16.15	0.01	2.234	4.02	0.11	3.1	96.9	0.0	-6.34	0.58	0.88	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58277	5635	48	646	0	0	0	logfile
✔	7BWR	30234	2021-12-02	2020-04-15	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14450	2064	5	0	2	0	0	logfile
✔	6VM0	21234	2021-12-02	2020-01-27	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✔	6VM2	21236	2021-12-02	2020-01-27	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✔	6YXR	10995	2021-12-02	2020-05-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31910	2783	20	0	194	0	0	logfile
✔	7JZ6	22530	2021-12-02	2020-09-01	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20842	2646	12	0	4	18	0	logfile
✔	7Ao8	11837	2021-12-02	2020-10-14	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10905	1350	9	0	8	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 85
• next →