Table showing results for September 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7N62	24192	2023-09-28	2021-06-07	4.0	3.42	—	3.9	0.006	0.82	0.0	0.05	13.98	0.01	2.203	21.20	0.00	14.9	85.1	0.0	-2.74	0.73	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5613	712	4	0	5	0	0	logfile
✘	7XQi	33397	2023-09-29	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.304	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	5XNo	6744	2023-09-30	2017-05-23	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10020	854	8	0	72	0	0	logfile
✘	7WLM	32588	2023-09-28	2022-01-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7308	603	9	0	51	54	0	logfile
✘	8A01	15044	2023-09-28	2022-05-26	3.2	3.25	3.20	3.2	0.002	0.44	0.0	0.05	14.81	0.00	2.289	4.13	0.00	2.0	98.0	0.0	0.02	0.48	0.86	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5511	717	3	0	0	0	0	logfile
✘	6NT3	0500	2023-09-30	2019-01-28	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10934	1278	5	0	20	0	0	logfile
✘	6SG9	10175	2023-09-27	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104694	11989	60	146	837	3	0	logfile
✘	7XJZ	33238	2023-09-29	2022-04-19	3.9	4.23	3.91	4.0	0.004	0.59	0.0	0.04	12.64	0.00	2.218	6.48	3.13	4.2	95.8	0.0	-1.22	0.83	0.84	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9276	983	2	72	1	0	0	logfile
✘	7FiL	31602	2023-09-27	2021-07-31	3.0	2.84	—	3.6	0.008	1.05	2.0	0.06	18.46	0.01	2.213	19.35	8.76	7.7	91.1	1.2	-1.82	0.71	0.75	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3993	504	1	0	0	0	0	logfile
✘	7E0J	30934	2023-09-28	2021-01-28	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8140	672	6	0	56	0	0	logfile
✘	6RX4	10049	2023-09-28	2019-06-07	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7347	884	8	0	31	7	0	logfile
✘	7DW9	30877	2023-09-30	2021-01-15	2.6	3.41	—	3.1	0.006	0.77	0.0	0.10	12.06	0.01	2.306	1.39	0.09	2.4	97.6	0.0	-0.01	0.73	0.87	4.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10105	1283	8	0	4	0	0	logfile
✘	6UKN	20807	2023-09-27	2019-10-05	3.65	3.85	—	3.8	0.005	0.83	0.0	0.05	13.77	0.01	2.280	4.10	0.47	7.7	92.3	0.0	-2.59	0.70	0.82	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4109	536	4	0	8	0	0	logfile
✘	6A69	6987	2023-09-28	2018-06-27	4.11	4.21	—	4.1	0.011	1.48	0.0	0.07	11.86	0.01	2.275	7.51	1.81	13.5	86.4	0.1	-4.69	0.61	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1038	2	0	1	0	0	logfile
✘	6JSi	9882	2023-09-30	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile
✘	6NT5	0502	2023-09-27	2019-01-28	4.1	4.28	—	4.1	0.006	0.93	0.0	0.05	10.32	0.01	2.300	3.59	0.41	4.7	95.3	0.0	-2.40	0.73	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4586	584	2	0	0	0	0	logfile
✘	6WXV	21964	2023-09-30	2020-05-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	0	15	0	0	logfile
✘	7E32	30974	2023-09-29	2021-02-07	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8797	1117	5	0	2	0	0	logfile
✘	6WCZ	21618	2023-09-29	2020-03-31	4.0	4.24	—	4.0	0.009	1.22	0.0	0.06	12.53	0.01	2.085	14.60	2.55	12.9	87.1	0.0	-4.79	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9894	1231	2	0	2	0	0	logfile
✘	6oUA	20200	2023-09-28	2019-05-04	4.18	4.32	—	4.3	0.008	1.37	1.0	0.07	13.97	0.01	2.294	7.03	2.35	17.4	82.3	0.3	-5.89	0.72	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5208	637	3	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 206
• next →