Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8H0Y	34418	2022-12-18	2022-09-30	2.85	3.06	2.88	3.0	0.008	0.82	0.0	0.06	13.16	0.01	2.274	2.64	0.00	3.2	96.8	0.0	-1.19	0.81	0.86	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24999	3094	6	0	52	0	0	logfile
✘	7XL3	33271	2022-12-18	2022-04-21	3.13	3.20	—	3.2	0.002	0.39	0.0	0.04	12.03	0.00	2.263	4.81	1.08	2.9	97.1	0.0	-4.73	0.73	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25700	3480	8	0	3	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2022-12-19	2022-03-09	3.67	3.90	3.77	3.7	0.005	0.76	0.0	0.04	20.04	0.01	1.977	6.87	0.29	3.6	96.4	0.0	0.06	0.80	0.72	1.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	8E70	27932	2022-12-18	2022-08-23	4.1	8.52	6.00	7.4	0.004	0.69	0.0	0.05	14.45	0.00	1.287	29.26	1.63	1.3	98.4	0.3	-0.83	0.64	0.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	7Z10	14436	2022-12-18	2022-02-24	3.87	4.12	—	4.0	0.008	1.14	0.0	0.05	16.28	0.02	1.333	7.11	9.08	7.5	92.5	0.0	-3.98	0.58	0.77	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12574	1556	13	0	9	0	0	logfile
✘	7VF9	31948	2022-12-18	2021-09-10	4.04	4.13	—	4.1	0.001	0.38	0.0	0.04	9.65	0.00	2.176	3.71	0.05	1.5	98.5	0.0	-4.44	0.74	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24247	3425	7	0	3	0	0	logfile
✘	7UY8	26867	2022-12-18	2022-05-06	4.5	8.56	4.38	4.2	0.003	0.63	1.0	0.05	14.55	0.00	2.207	8.85	0.00	6.1	93.9	0.0	-0.66	0.79	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9552	1161	5	0	1	0	0	logfile
✘	8DJM	27461	2022-12-18	2022-07-01	3.23	3.66	3.31	3.6	0.029	1.53	2.0	1.04	15.98	0.00	1.844	8.38	0.82	3.7	96.3	0.0	-2.26	0.49	0.75	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7032	862	7	0	8	0	0	logfile
✘	7USF	26737	2022-12-18	2022-04-25	3.5	4.07	3.62	3.9	0.003	0.55	0.0	0.04	19.58	0.00	2.016	11.09	0.12	2.5	97.5	0.0	0.79	0.60	0.57	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28482	2976	33	228	15	0	0	logfile
✘	7XTC	33446	2022-12-18	2022-05-16	3.2	3.40	3.31	3.4	0.006	0.59	0.0	0.04	12.99	0.00	1.913	4.53	0.00	1.4	98.6	0.0	1.71	0.54	0.70	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16301	1038	5	0	2	0	8097	logfile
✘	7VY1	32191	2022-12-20	2021-11-13	3.3	3.60	—	3.6	0.007	0.82	0.0	0.04	17.76	0.00	2.061	9.23	0.20	4.4	95.6	0.0	1.76	0.77	0.89	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38899	4652	44	0	24	0	0	logfile
✘	7WAF	32384	2022-12-18	2021-12-14	2.52	2.97	2.47	2.8	0.003	0.58	0.0	0.05	13.61	0.00	1.339	7.52	0.11	3.7	96.3	0.1	0.15	0.80	0.87	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24842	3226	16	0	20	0	0	logfile
✘	7ZUB	14971	2022-12-18	2022-05-12	2.85	2.68	2.85	2.8	0.003	0.54	0.0	0.04	17.29	0.00	1.246	5.52	1.10	4.3	95.7	0.0	0.60	0.81	0.84	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28082	1722	7	0	7	0	14035	logfile
✘	7UZE	26886	2022-12-18	2022-05-09	2.4	2.27	2.42	2.3	0.003	0.58	0.0	0.04	15.32	0.00	2.040	3.82	0.68	3.0	96.6	0.4	1.69	0.66	0.88	6.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14969	988	12	0	4	113	7392	logfile
✔	7PSD	13612	2022-12-18	2021-09-22	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7Y1R	33571	2022-12-18	2022-06-08	4.01	2.49	4.09	3.9	0.002	0.62	0.0	0.04	13.34	0.00	2.227	8.96	0.00	5.8	94.2	0.0	-2.79	0.59	0.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8565	1041	11	0	20	0	0	logfile
✘	7XYA	33515	2022-12-18	2022-06-01	3.3	3.39	3.24	3.2	0.004	0.68	1.0	0.04	18.79	0.00	1.962	11.61	1.00	4.0	95.9	0.0	-0.19	0.81	0.84	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26550	3479	11	126	1	0	0	logfile
✘	7XYB	33516	2022-12-18	2022-06-01	3.7	4.48	3.71	3.3	0.005	0.75	1.0	0.05	16.21	0.00	1.956	17.43	0.62	4.8	95.0	0.2	-0.49	0.87	0.82	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22525	3187	10	65	1	0	0	logfile
✘	8D9M	27266	2022-12-18	2022-06-10	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18248	2064	8	0	64	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2022-12-18	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.58	0.0	0.05	11.19	0.01	2.200	9.38	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 443
• next →