Table showing results for November 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	6WJJ	21694	2022-11-29	2020-04-13	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56908	7076	24	0	24	0	0	logfile
✔	7M05	23609	2022-11-29	2021-03-10	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57228	3636	12	0	4	0	28264	logfile
✔	7KKL	22910	2022-11-29	2020-10-27	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53325	3360	27	0	63	0	26301	logfile
✔	6XHi	22186	2022-11-29	2020-06-18	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61807	8987	19	0	19	0	0	logfile
✔	7MJL	23877	2022-11-29	2021-04-20	2.95	3.62	—	3.3	0.005	0.81	0.0	0.05	12.15	0.01	2.351	2.87	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.85	0.80	0.87	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4788	621	4	0	1	0	0	logfile
✔	7NPS	12518	2022-11-29	2021-02-28	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55350	3732	9	0	0	0	27681	logfile
✔	6Yo0	10862	2022-11-29	2020-04-14	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55840	3598	17	0	10	0	28162	logfile
✔	6W4S	21539	2022-11-29	2020-03-11	3.2	3.63	—	3.6	0.004	0.57	0.0	0.04	14.38	0.00	2.176	8.30	4.45	5.6	94.4	0.0	-1.13	0.61	0.85	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4986	650	3	0	0	0	0	logfile
✘	7MLZ	23914	2022-11-29	2021-04-29	3.71	4.27	3.83	3.9	0.004	0.78	0.0	0.05	12.84	0.01	2.150	18.34	0.00	17.4	82.5	0.2	-4.08	0.80	0.62	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4864	624	4	0	5	0	0	logfile
✔	7D1T	30547	2022-11-29	2020-09-15	1.95	1.88	1.89	1.9	0.020	1.91	31.0	0.10	18.53	0.02	1.200	3.45	2.40	1.9	97.9	0.2	-0.93	0.77	0.85	6.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52994	5312	108	0	196	2432	0	logfile
✔	6XL6	22235	2022-11-29	2020-06-28	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5456	536	6	46	4	0	0	logfile
✔	6PZT	20537	2022-11-29	2019-08-01	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6062	932	2	0	0	0	0	logfile
✔	6XLA	22237	2022-11-29	2020-06-28	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5403	536	6	46	2	0	0	logfile
✔	7N0K	24107	2022-11-29	2021-05-25	3.5	4.16	—	4.1	0.003	0.56	0.0	0.03	18.36	0.00	2.238	8.16	7.46	1.0	99.0	0.0	-2.20	0.63	0.77	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5154	626	2	0	0	0	0	logfile
✔	7EZV	31391	2022-11-29	2021-06-02	3.3	3.71	—	3.5	0.005	0.71	0.0	0.05	13.54	0.01	2.034	14.66	0.75	8.4	91.3	0.3	-0.96	0.74	0.85	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4937	632	5	0	0	0	0	logfile
✔	7RTo	24685	2022-11-29	2021-08-13	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6607	888	3	0	0	0	0	logfile
✘	7SoC	25266	2022-11-29	2021-10-29	3.3	3.48	3.25	3.5	0.010	1.21	0.0	0.07	10.55	0.00	2.526	0.89	0.00	1.9	98.1	0.0	0.30	0.70	0.86	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3448	433	5	0	7	0	0	logfile
✘	7SoF	25269	2022-11-29	2021-10-29	3.6	3.79	3.59	3.8	0.010	1.28	1.0	0.07	8.50	0.01	2.563	1.26	0.00	3.4	96.6	0.0	0.64	0.67	0.78	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3735	488	5	0	9	0	0	logfile
✘	3A5X	1641	2022-11-29	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile
✔	8A8M	15233	2022-11-29	2022-06-23	4.0	5.84	4.31	4.3	0.004	0.89	0.0	0.05	17.75	0.00	2.218	29.38	1.56	8.5	91.4	0.2	-2.63	0.78	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5244	647	4	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 23
• next →