Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7VAV	31866	2023-02-27	2021-08-30	2.8	2.66	3.31	3.2	0.002	0.49	0.0	0.04	13.26	0.00	2.035	3.96	0.00	1.5	98.5	0.0	1.80	0.63	0.80	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29520	3787	14	0	4	0	0	logfile
✘	6UMM	20820	2023-02-24	2019-10-09	3.7	6.74	4.15	4.0	0.006	0.79	0.0	0.04	13.23	0.00	2.203	11.97	0.17	4.8	95.2	0.0	-2.07	0.55	0.56	-0.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23658	3184	10	0	0	0	0	logfile
✘	8DDT	27341	2023-02-28	2022-06-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	0	logfile
✘	7WST	32766	2023-02-19	2022-02-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9438	1202	4	0	8	0	0	logfile
✘	7Q9K	13872	2023-02-26	2021-11-12	4.5	7.17	—	4.5	0.004	0.85	1.0	0.05	11.02	0.01	1.447	5.50	0.44	3.7	95.9	0.4	0.13	0.82	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27225	3388	25	0	60	0	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2023-02-18	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	7SPi	24771	2023-02-22	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7MGW	23830	2023-02-17	2021-04-13	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6223	765	5	0	18	0	0	logfile
✘	6XP5	22284	2023-02-23	2020-07-08	4.2	4.73	—	4.3	0.004	0.90	0.0	0.05	14.32	0.00	2.131	14.85	0.27	15.9	83.2	0.9	-5.23	0.79	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21065	2707	15	0	221	0	0	logfile
✘	7PY4	13711	2023-02-20	2021-10-08	3.1	3.52	3.18	3.5	0.004	0.57	0.0	0.05	12.73	0.00	1.650	4.90	0.08	3.1	96.9	0.0	0.83	0.65	0.82	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11835	1439	5	0	11	0	0	logfile
✘	6UZA	20954	2023-02-24	2019-11-14	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23284	2936	8	0	20	0	0	logfile
✘	7AMY	11827	2023-02-25	2020-10-09	3.75	3.87	3.71	3.8	0.010	0.89	0.0	0.05	14.93	0.00	2.177	20.18	0.66	13.8	85.9	0.3	-5.40	0.82	0.86	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24849	3177	9	0	0	0	0	logfile
✘	7BKE	12212	2023-02-25	2021-01-15	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24816	3176	18	0	26	0	0	logfile
✘	7LiA	23365	2023-02-17	2021-01-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6279	767	5	0	27	0	0	logfile
✘	7NVL	12605	2023-02-25	2021-03-15	2.5	2.63	2.55	2.6	0.005	0.78	0.0	0.05	16.49	0.00	1.915	8.72	1.56	3.2	96.7	0.0	-2.02	0.60	0.73	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66477	8626	50	0	48	27	0	logfile
✘	7N1Y	24127	2023-02-25	2021-05-28	4.3	2.48	—	2.0	0.015	2.09	23.0	0.15	15.16	0.01	1.099	10.84	1.91	8.5	90.8	0.6	-2.82	0.78	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26636	3242	31	0	91	0	0	logfile
✘	5Y88	6817	2023-02-28	2017-08-20	3.46	3.56	—	3.5	0.011	1.45	25.0	0.11	15.50	0.01	1.112	25.55	5.35	6.2	92.6	1.2	-2.93	0.54	0.64	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72347	9113	50	337	14	0	0	logfile
✘	5WP6	8871	2023-02-26	2017-08-03	3.8	4.03	—	3.8	0.062	4.81	0.0	0.06	10.88	0.01	2.083	3.10	0.30	6.7	93.3	0.0	-3.61	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29036	3908	8	0	8	0	0	logfile
✘	7T4K	25678	2023-02-17	2021-12-10	3.25	3.56	3.27	3.4	0.005	0.88	0.0	0.05	12.76	0.01	2.287	3.74	0.15	2.3	97.7	0.0	0.51	0.73	0.84	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6180	782	2	0	0	0	0	logfile
✘	7CFS	30346	2023-02-19	2020-06-28	3.56	3.72	—	3.7	0.008	0.93	0.0	0.06	15.88	0.01	1.835	5.64	0.60	5.9	94.1	0.0	-5.35	0.79	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9974	1278	6	0	10	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 353
• next →