Table showing results for May 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6N4Q	0341	2022-05-14	2018-11-20	3.6	4.01	3.86	4.0	0.008	1.03	0.0	0.06	10.17	0.01	2.288	4.10	0.11	7.9	92.1	0.0	-3.41	0.57	0.73	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16358	2052	12	0	0	0	0	logfile
✘	6CRV	7573	2022-05-14	2018-03-19	3.2	3.31	3.17	3.3	0.013	1.07	0.0	0.06	8.91	0.01	2.170	4.43	0.26	4.1	95.9	0.0	-3.09	0.74	0.81	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21036	2643	6	0	39	0	0	logfile
✔	3J4P	5681	2022-05-05	2013-09-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	254580	31020	60	0	180	60	0	logfile
✘	5ZJi	6932	2022-05-17	2018-03-20	3.3	3.39	—	3.4	0.012	1.45	0.0	0.11	16.67	0.01	1.204	8.01	0.45	6.4	93.6	0.0	-3.56	0.68	0.84	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44708	4087	40	0	271	0	0	logfile
✘	6DR2	7988	2022-05-17	2018-06-11	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	6CP5	7547	2022-05-13	2018-03-13	4.2	4.19	—	4.2	0.004	0.84	0.0	0.04	10.90	0.00	1.205	24.08	2.24	7.2	92.0	0.8	-4.36	0.50	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9413	1234	19	0	4	0	0	logfile
✘	6P7N	20267	2022-05-17	2019-06-06	4.9	9.02	6.14	4.9	0.002	0.53	0.0	0.04	14.46	0.00	2.152	6.68	1.33	5.6	94.4	0.0	-3.30	0.81	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20356	2352	10	52	4	0	0	logfile
✘	5ooD	3837	2022-05-13	2017-08-07	3.7	3.73	3.79	3.7	0.016	1.63	0.0	0.07	12.61	0.02	1.149	8.01	0.00	5.5	92.0	2.5	-1.71	0.63	0.81	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14910	1855	10	0	20	0	0	logfile
✘	6J6G	0686	2022-05-15	2019-01-15	3.2	3.37	—	3.2	0.007	0.94	0.0	0.06	14.13	0.01	1.463	15.59	3.03	4.6	94.9	0.5	-3.38	0.67	0.71	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79042	8981	47	550	14	0	0	logfile
✘	6o2P	0611	2022-05-13	2019-02-24	3.3	3.80	—	3.8	0.014	1.82	0.0	0.09	14.02	0.00	1.403	1.52	1.16	4.5	95.5	0.0	-3.17	0.51	0.72	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9767	1179	3	0	29	0	0	logfile
✘	6PZZ	20541	2022-05-14	2019-08-01	3.6	4.09	3.67	3.9	0.024	1.88	0.0	0.11	10.23	0.01	2.292	1.95	0.00	2.8	97.0	0.2	0.57	0.80	0.85	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19772	2464	16	0	48	0	0	logfile
✘	5MPS	3539	2022-05-13	2016-12-18	3.85	4.03	—	3.9	0.008	1.40	13.0	0.09	15.52	0.01	1.421	7.76	2.50	8.5	90.6	0.9	-2.11	0.73	0.82	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58929	6718	36	339	99	0	0	logfile
✔	6V1Z	21020	2022-05-05	2019-11-21	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	250920	31260	120	120	0	0	0	logfile
✘	5W9o	8790	2022-05-16	2017-06-23	4.5	4.59	4.45	4.5	0.013	1.66	0.0	0.08	10.49	0.01	1.325	8.19	0.08	3.9	95.4	0.7	1.29	0.73	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile
✘	5MM2	3528	2022-05-12	2016-12-08	2.7	12.53	1.51	—	0.011	1.29	0.0	0.07	10.78	0.01	1.325	19.80	0.54	12.1	87.0	0.8	-3.96	-0.08	-0.03	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6605	854	3	0	0	0	0	logfile
✘	6i7T	4428	2022-05-17	2018-11-17	4.61	4.75	4.92	4.6	0.006	1.17	6.0	0.07	13.63	0.01	2.245	7.14	2.54	12.0	87.5	0.4	-4.32	0.74	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	4682	16	0	0	0	0	logfile
✘	6N7R	0361	2022-05-17	2018-11-28	3.2	3.34	—	3.3	0.017	1.37	6.0	0.08	15.58	0.01	1.205	6.64	4.50	4.8	94.8	0.4	-2.74	0.75	0.84	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35750	2908	19	568	91	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2022-05-14	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.71	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	6PNJ	20397	2022-05-14	2019-07-02	3.19	3.33	—	3.3	0.032	3.36	0.0	0.10	20.00	0.02	1.200	8.95	0.94	6.1	93.8	0.1	-5.97	0.76	0.86	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71511	6660	60	0	420	0	0	logfile
✘	6JGZ	9824	2022-05-13	2019-02-16	4.6	4.96	—	4.6	0.007	1.13	0.0	0.06	11.54	0.01	2.171	12.08	0.73	11.3	88.3	0.4	-4.06	0.78	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109824	14368	12	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 376
• next →