cryo-EM Re-Refine

Table showing results for December 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	6VE3	21153	2021-12-02	2019-12-28	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22484	4578	14	0	0	0	0	logfile
✔	7LAB	23248	2021-12-02	2021-01-06	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65538	4194	26	0	59	0	32243	logfile
✘	6TM2	10517	2021-12-01	2019-12-03	2.95	3.12	—	3.1	0.008	1.01	0.0	0.06	10.00	0.01	2.181	3.02	0.10	11.3	88.7	0.0	-4.14	0.44	0.47	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55254	7230	60	0	54	138	0	logfile
✔	6LVF	0992	2021-12-02	2020-02-02	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12380	1586	4	0	6	0	0	logfile
✔	7K4N	22668	2021-12-02	2020-09-15	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25353	3654	27	0	63	0	0	logfile
✔	6PCT	20307	2021-12-02	2019-06-18	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72198	964	8	3015	1	0	0	logfile
✔	7DF3	30660	2021-12-02	2020-11-06	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26595	3264	30	0	78	0	0	logfile
✘	7D5i	30582	2021-12-01	2020-09-26	2.79	2.96	—	3.0	0.005	0.71	0.0	0.04	13.37	0.00	1.220	6.64	0.00	8.3	91.7	0.0	-1.65	0.65	0.88	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6232	793	3	0	3	0	0	logfile
✔	7JZ2	22528	2021-12-02	2020-09-01	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22866	2871	24	0	24	0	0	logfile
✘	7oP8	13014	2021-12-01	2021-05-31	3.5	3.85	—	3.8	0.004	0.86	0.0	0.05	14.44	0.01	1.950	6.24	0.00	5.6	94.4	0.0	-1.73	0.66	0.77	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8872	1118	1	0	2	0	0	logfile
✘	7D77	30603	2021-12-01	2020-10-03	2.9	3.25	—	3.2	0.029	1.07	0.0	0.08	13.47	0.00	2.107	8.42	0.21	3.7	96.3	0.0	-2.58	0.62	0.80	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8785	1105	7	0	7	1	0	logfile
✔	7KYB	23074	2021-12-02	2020-12-07	3.2	3.39	—	3.4	0.012	0.87	0.0	0.05	17.47	0.00	1.917	12.40	8.04	7.9	91.9	0.2	-2.75	0.69	0.86	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10814	1322	7	0	14	0	0	logfile
✔	6WL1	21815	2021-12-02	2020-04-17	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1872	52	0	0	0	0	logfile
✔	7JSW	22461	2021-12-02	2020-08-16	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	144808	5737	54	4655	0	0	0	logfile
✔	7JFo	22308	2021-12-02	2020-07-17	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38958	4832	40	0	0	1198	0	logfile
✔	7KAM	22775	2021-12-02	2020-10-01	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10916	1445	7	0	0	0	0	logfile
✔	7ND3	12274	2021-12-02	2021-01-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25050	3194	19	0	49	0	0	logfile
✔	7KAN	22776	2021-12-02	2020-10-01	3.7	4.55	3.92	4.2	0.004	0.72	0.0	0.04	12.73	0.00	2.197	6.18	0.00	3.3	96.7	0.0	-1.67	0.62	0.76	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10526	1371	7	0	2	0	0	logfile
✔	6PLT	20375	2021-12-02	2019-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14445	1725	15	0	60	0	0	logfile
✔	7DDD	30651	2021-12-02	2020-10-28	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25503	3264	3	0	0	0	0	logfile