Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7K9X	22755	2023-02-19	2020-09-29	3.8	3.44	—	3.7	0.008	0.96	0.0	0.05	15.20	0.01	2.254	6.36	6.12	3.8	96.2	0.0	-1.99	0.79	0.81	0.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1372	4	0	0	0	0	logfile
✘	6BBM	7076	2023-02-24	2017-10-18	4.1	4.24	—	4.1	0.008	1.20	0.0	0.06	16.70	0.01	2.231	9.86	0.58	13.8	86.1	0.2	-5.97	0.74	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23956	2662	15	0	623	0	0	logfile
✘	7MiY	23868	2023-02-23	2021-04-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21483	2598	10	0	28	0	0	logfile
✘	6QVC	4647	2023-02-19	2019-03-01	4.0	4.37	3.88	4.1	0.008	1.47	0.0	0.08	11.98	0.01	2.232	8.87	2.19	8.4	91.1	0.5	-3.90	0.67	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9272	1198	2	0	0	0	0	logfile
✘	6PW6	20500	2023-02-21	2019-07-22	4.5	4.56	4.36	4.5	0.021	1.78	0.0	0.11	10.80	0.01	2.200	1.61	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	7N7P	24230	2023-02-17	2021-06-10	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5400	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	5LJV	4062	2023-02-21	2016-07-21	3.64	3.75	—	3.7	0.030	2.85	85.0	0.16	18.81	0.02	2.070	21.28	11.82	7.4	89.7	2.9	-4.53	0.71	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15000	1950	12	0	12	0	0	logfile
✘	6WB0	21583	2023-02-18	2020-03-26	4.2	4.26	—	4.2	0.002	0.51	0.0	0.04	11.69	0.00	2.131	11.89	0.81	4.1	95.9	0.0	-4.46	0.79	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8518	948	4	77	0	0	0	logfile
✘	6oUA	20200	2023-02-17	2019-05-04	4.18	4.32	—	4.3	0.008	1.37	1.0	0.07	13.97	0.01	2.294	7.03	2.35	17.4	82.3	0.3	-5.89	0.72	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5208	637	3	0	0	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2023-02-24	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	7V7N	31775	2023-02-25	2021-08-21	2.9	3.77	—	3.2	0.004	0.55	0.0	0.05	13.44	0.00	2.171	6.62	0.00	5.4	94.4	0.1	0.11	0.89	0.87	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25430	3101	42	0	85	0	0	logfile
✘	6VM3	21237	2023-02-21	2020-01-27	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15180	1810	15	0	15	0	0	logfile
✘	7VKT	32018	2023-02-19	2021-10-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9100	1143	6	0	6	7	0	logfile
✘	7UL4	26591	2023-02-16	2022-04-03	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2524	351	3	0	1	4	0	logfile
✘	8DNC	27563	2023-02-20	2022-07-11	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10672	1300	6	0	5	0	0	logfile
✘	7RE1	24430	2023-02-24	2021-07-12	2.91	3.29	—	3.2	0.006	0.73	0.0	0.13	14.43	0.00	1.787	8.02	8.69	6.0	94.0	0.0	-1.74	0.70	0.74	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21825	2553	19	71	19	137	0	logfile
✘	7DXF	30907	2023-02-24	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22940	2740	8	0	40	0	0	logfile
✘	6PYH	20524	2023-02-20	2019-07-29	4.3	4.52	—	4.3	0.016	1.05	0.0	0.05	14.64	0.01	2.079	28.75	0.55	18.2	81.6	0.2	-5.21	0.84	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13187	1648	3	0	0	0	0	logfile
✘	8DJK	27460	2023-02-18	2022-06-30	3.33	3.77	3.32	3.7	0.029	1.52	1.0	1.03	15.27	0.01	1.327	7.25	0.82	5.0	95.0	0.0	-1.84	0.48	0.73	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7091	870	7	0	8	0	0	logfile
✘	6ZWo	11492	2023-02-25	2020-07-28	3.0	3.30	3.09	3.2	0.004	0.58	0.0	0.04	14.53	0.00	2.167	6.24	1.26	3.7	96.3	0.0	-2.70	0.70	0.84	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24994	3126	7	0	5	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 353
• next →