Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7o3C	12703	2023-07-19	2021-04-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48532	5967	51	0	41	0	0	logfile
✘	8A5E	15166	2023-07-07	2022-06-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13611	1769	8	0	19	0	0	logfile
✘	7SiD	25141	2023-07-19	2021-10-13	2.53	2.17	—	2.7	0.003	0.53	0.0	0.04	14.33	0.01	2.072	4.12	0.77	1.7	98.3	0.0	2.49	0.61	0.61	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44650	5566	6	0	4	0	0	logfile
✘	7DBH	30631	2023-07-05	2020-10-20	3.6	4.18	—	3.4	0.007	0.74	1.0	0.05	28.88	0.00	1.451	11.99	0.17	3.2	96.8	0.0	0.54	0.91	0.85	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10631	697	10	252	0	0	0	logfile
✘	6ioL	9696	2023-07-20	2018-10-30	3.76	3.62	3.77	3.8	0.005	0.97	0.0	0.06	10.77	0.01	2.201	5.12	0.33	5.6	94.4	0.0	-4.06	0.63	0.80	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49077	6450	12	0	0	0	0	logfile
✘	6RKo	4908	2023-07-04	2019-04-30	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7289	875	8	0	9	31	0	logfile
✘	7E2Y	30972	2023-07-04	2021-02-07	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6987	868	4	0	6	0	0	logfile
✘	7LHG	23339	2023-07-06	2021-01-23	3.8	4.27	—	4.2	0.008	1.67	1.0	0.08	14.92	0.01	2.325	7.96	0.00	5.3	94.6	0.1	-4.42	0.73	0.76	1.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11592	1492	4	0	0	0	0	logfile
✘	7DEG	30657	2023-07-06	2020-11-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12852	1520	12	0	18	0	0	logfile
✘	8DQ0	27645	2023-07-10	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	15.88	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile
✘	6PVN	20494	2023-07-10	2019-07-21	4.07	4.15	—	4.1	0.006	1.33	0.0	0.06	12.87	0.01	2.256	4.31	1.23	14.2	85.3	0.5	-6.84	0.68	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20874	2576	6	0	2	0	0	logfile
✘	6oLL	20116	2023-07-10	2019-04-16	4.1	4.59	—	4.4	0.004	1.05	0.0	0.06	6.94	0.01	2.400	0.40	0.00	2.0	97.8	0.2	-0.51	0.67	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10426	2114	6	0	0	0	0	logfile
✘	6MN7	9166	2023-07-10	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	10.62	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	7QHo	13977	2023-07-17	2021-12-13	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93446	5870	54	0	78	10	44952	logfile
✘	6PPL	20442	2023-07-04	2019-07-08	3.02	3.14	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.25	14.17	0.01	1.917	3.20	0.23	2.7	97.3	0.0	-6.00	0.74	0.86	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8155	980	6	0	4	0	0	logfile
✘	7JPT	22422	2023-07-05	2020-08-09	3.2	3.54	3.50	3.5	0.002	0.55	0.0	0.04	13.65	0.00	2.267	8.72	3.48	6.8	93.2	0.1	-4.02	0.66	0.71	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10220	1327	3	0	5	0	0	logfile
✘	5UK2	8564	2023-07-16	2017-01-19	4.8	4.64	—	4.6	0.012	1.36	0.0	0.07	11.26	0.01	2.083	3.96	0.16	8.7	91.1	0.1	-4.11	0.80	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	5ZAK	6904	2023-07-06	2018-02-07	4.4	3.52	—	3.2	0.009	1.61	1.0	0.07	11.72	0.01	2.185	17.87	0.72	17.3	82.4	0.3	-5.20	0.80	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11112	1389	2	0	0	0	0	logfile
✘	6RBE	4794	2023-07-11	2019-04-10	3.8	4.03	3.73	40.0	0.007	1.27	0.0	0.06	18.44	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.25	0.02	0.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	5BK4	9400	2023-07-06	2017-09-12	3.9	4.14	—	4.1	0.008	1.24	0.0	0.06	14.44	0.01	2.234	5.12	1.24	12.2	87.6	0.2	-4.81	0.81	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62482	7636	22	120	8	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 500
• next →