Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7TPJ	26057	2023-04-20	2022-01-25	3.46	3.68	—	3.7	0.004	0.70	0.0	0.04	14.42	0.01	2.159	9.09	0.00	5.0	95.0	0.0	-0.01	0.57	0.69	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4758	626	3	0	0	0	0	logfile
✘	7EVZ	31342	2023-04-22	2021-05-24	3.07	3.81	—	3.7	0.004	0.58	0.0	0.04	13.30	0.00	2.160	7.10	0.30	3.2	96.8	0.0	-1.99	0.54	0.75	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9078	1144	6	0	5	0	0	logfile
✘	7LX0	23563	2023-04-27	2021-03-02	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72462	6699	60	0	447	0	0	logfile
✘	6NR3	0488	2023-04-27	2019-01-22	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25180	3232	8	0	196	0	0	logfile
✘	8FE1	29019	2023-04-23	2022-12-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15445	1772	10	0	48	0	0	logfile
✘	6NT3	0500	2023-04-21	2019-01-28	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10934	1278	5	0	20	0	0	logfile
✘	8C8Q	16491	2023-04-23	2023-01-20	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14787	1798	17	0	37	0	0	logfile
✘	7Z10	14436	2023-04-22	2022-02-24	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12574	1556	13	0	9	0	0	logfile
✘	6NT4	0501	2023-04-22	2019-01-28	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11924	1406	5	0	20	0	0	logfile
✘	7F3T	31440	2023-04-20	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	8B4o	15851	2023-04-20	2022-09-20	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6156	772	2	0	3	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2023-04-21	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	11.12	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	6iRS	9721	2023-04-20	2018-11-14	3.3	3.44	—	3.4	0.011	1.36	0.0	0.07	12.69	0.01	2.150	13.11	3.66	8.8	90.3	0.9	-5.69	0.62	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7337	926	7	0	10	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2023-04-23	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	6WHG	21672	2023-04-24	2020-04-08	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17116	2092	8	0	12	0	0	logfile
✘	6oo3	20143	2023-04-24	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	9.99	0.01	2.495	2.15	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✘	8EL7	28223	2023-04-20	2022-09-23	2.8	3.11	2.95	3.1	0.006	0.61	0.0	0.04	13.13	0.00	2.295	2.43	0.00	1.7	98.3	0.0	0.97	0.57	0.80	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4562	604	2	0	0	5	0	logfile
✘	7AR8	11876	2023-04-22	2020-10-23	3.53	3.65	3.41	3.6	0.004	0.73	0.0	0.07	14.85	0.00	2.002	12.79	0.03	7.3	92.7	0.0	-0.59	0.78	0.83	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61461	7676	64	0	55	0	0	logfile
✘	7MKE	23893	2023-04-29	2021-04-23	3.7	4.27	3.78	4.0	0.009	0.86	0.0	0.05	17.32	0.01	2.077	8.96	7.42	8.8	91.1	0.1	-2.11	0.88	0.86	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30641	3675	11	81	7	0	0	logfile
✘	7S9Y	24941	2023-04-20	2021-09-21	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7395	901	1	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 372
• next →