Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6H3i	0133	2023-07-10	2018-07-18	3.5	3.59	—	3.5	0.009	0.92	0.0	0.05	10.08	0.01	2.012	39.59	0.40	21.4	78.4	0.2	-5.64	0.78	0.86	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20599	2597	3	0	0	0	53	logfile
✘	8B5L	15860	2023-07-19	2022-09-23	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145148	7621	64	3890	183	0	0	logfile
✘	6Zoo	11326	2023-07-17	2020-07-07	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38497	3341	33	0	243	2	0	logfile
✘	6FYY	4328	2023-07-19	2018-03-12	3.02	3.15	3.09	3.1	0.008	1.36	57.0	0.10	20.78	0.02	0.817	7.39	10.74	8.2	89.1	2.7	-1.95	0.63	0.83	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104316	8066	54	1886	200	0	0	logfile
✔	7ZFW	14704	2023-07-06	2022-04-01	3.8	4.62	3.46	3.0	0.006	0.83	0.0	0.05	17.92	0.03	2.266	2.77	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.32	0.81	—	3.0	0.009	0.90	0.0	0.04	20.26	0.01	1.952	38.01	0.00	0.0	0.0	0.0	—	2.55	0.33	0.85	—	13188	0	1	615	0	0	0	logfile
✘	6YEZ	10798	2023-07-17	2020-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39217	3438	35	0	244	2	0	logfile
✘	5W9o	8790	2023-07-15	2017-06-23	4.5	4.59	4.45	4.5	0.013	1.66	0.0	0.08	10.49	0.01	1.325	7.98	0.08	3.9	95.4	0.7	1.29	0.73	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile
✘	6LYU	30018	2023-07-06	2020-02-15	4.2	4.46	—	4.2	0.009	1.16	6.0	0.06	15.38	0.01	1.986	57.04	1.18	23.1	76.2	0.7	-6.16	0.86	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11118	1430	5	0	0	0	0	logfile
✘	6VPV	21320	2023-07-14	2020-02-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72192	6753	60	0	384	0	0	logfile
✘	7KVE	23048	2023-07-06	2020-11-27	3.3	3.69	3.38	3.6	0.005	0.82	2.0	0.05	14.67	0.00	2.204	17.32	0.57	18.2	81.4	0.4	-5.88	0.75	0.73	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11142	1374	1	0	0	0	0	logfile
✘	8AG4	15415	2023-07-06	2022-07-19	2.46	2.04	2.48	1.7	0.003	0.49	0.0	0.04	13.59	0.00	2.170	5.34	0.00	3.9	96.1	0.0	0.77	0.82	0.83	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11155	1384	4	0	0	0	0	logfile
✘	5W9J	8785	2023-07-15	2017-06-23	4.8	4.91	5.09	4.7	0.013	1.57	0.0	0.07	11.98	0.02	1.881	5.79	0.90	4.0	94.8	1.2	0.53	0.78	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile
✘	6ADQ	9610	2023-07-19	2018-08-01	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48946	6026	44	0	74	0	0	logfile
✘	7KVF	23049	2023-07-06	2020-11-28	3.6	4.39	3.76	3.6	0.005	0.82	2.0	0.05	14.67	0.00	2.204	17.32	0.57	18.2	81.4	0.4	-5.88	0.82	0.66	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11142	1374	1	0	0	0	0	logfile
✘	7ZJE	14746	2023-07-09	2022-04-10	3.12	3.70	3.28	3.6	0.002	0.57	0.0	0.04	11.99	0.00	2.254	7.29	0.19	8.3	91.1	0.5	0.64	0.66	0.80	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19284	2380	4	0	0	0	0	logfile
✘	6WEK	21650	2023-07-08	2020-04-02	2.7	3.19	—	3.1	0.019	1.56	24.0	0.08	15.78	0.01	1.988	10.13	4.95	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.63	0.81	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17616	2048	8	0	32	0	0	logfile
✘	7XiC	33202	2023-07-14	2022-04-12	3.3	3.72	3.48	3.6	0.009	1.14	0.0	0.08	11.36	0.01	1.933	11.05	1.40	5.6	92.5	1.8	-2.01	0.67	0.65	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29941	3706	31	0	71	0	0	logfile
✘	6UZZ	20965	2023-07-08	2019-11-16	3.1	3.48	—	3.4	0.009	0.92	0.0	0.06	10.61	0.01	2.325	2.53	0.24	1.8	98.0	0.2	-4.22	0.60	0.81	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15832	1984	12	0	8	0	0	logfile
✔	7YGD	33816	2023-07-04	2022-07-11	3.41	4.13	3.42	3.3	0.002	0.49	0.0	0.03	15.33	0.00	2.100	14.25	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.90	0.81	—	3.3	0.007	0.75	0.0	0.04	17.38	0.01	1.823	32.82	0.00	0.0	0.0	0.0	—	1.50	0.91	0.89	—	8313	0	3	389	6	0	0	logfile
✘	6KAF	9957	2023-07-19	2019-06-22	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104363	9607	104	0	552	0	0	logfile

• Page 1 of 500
• next →