Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6Q6i	4468	2023-04-21	2018-12-11	3.7	3.77	—	3.8	0.009	1.22	0.0	0.06	17.03	0.01	2.244	8.63	1.89	16.7	83.0	0.3	-5.81	0.70	0.74	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57200	7490	10	0	10	0	0	logfile
✘	7W4L	32307	2023-04-23	2021-11-28	3.1	3.14	—	3.1	0.007	0.82	2.0	0.05	17.34	0.01	2.198	8.90	0.28	4.2	95.6	0.1	0.78	0.79	0.88	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66469	8140	65	0	36	0	0	logfile
✘	6M32	30069	2023-04-26	2020-03-02	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23566	2523	13	0	67	0	0	logfile
✘	7E32	30974	2023-04-21	2021-02-07	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8797	1117	5	0	2	0	0	logfile
✘	6RX4	10049	2023-04-20	2019-06-07	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7347	884	8	0	31	7	0	logfile
✘	6TM5	10518	2023-04-22	2019-12-03	3.9	4.07	—	4.1	0.010	1.11	0.0	0.05	15.92	0.01	1.619	28.83	0.76	11.9	87.8	0.3	-4.46	0.36	0.48	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63885	8117	23	0	3	0	0	logfile
✘	6RKV	4912	2023-04-23	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	12.80	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	7ND4	12275	2023-04-29	2021-01-30	3.6	3.31	—	3.2	0.004	0.62	3.0	0.05	11.02	0.00	2.233	3.79	0.28	4.1	95.6	0.2	-0.12	0.74	0.79	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29848	3729	30	0	71	0	0	logfile
✘	6VL5	21230	2023-04-23	2020-01-22	4.5	4.57	4.20	4.4	0.019	1.72	0.0	0.10	10.23	0.01	2.242	0.64	0.20	1.2	98.8	0.0	0.88	0.79	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15039	1719	42	0	105	0	0	logfile
✘	7W2Z	32268	2023-04-21	2021-11-24	2.8	3.01	—	3.0	0.009	1.13	1.0	0.06	14.53	0.01	2.078	8.01	0.82	3.6	96.3	0.1	-4.01	0.60	0.80	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9080	1154	7	0	3	0	0	logfile
✘	6Po1	20406	2023-04-19	2019-07-03	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53244	3407	20	0	18	0	26717	logfile
✘	6SG9	10175	2023-04-19	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104694	11989	60	146	837	3	0	logfile
✘	7o85	12761	2023-04-28	2021-04-14	3.3	3.50	—	3.5	0.002	0.48	0.0	0.04	13.51	0.00	1.470	7.44	0.00	3.3	96.7	0.0	-0.25	0.71	0.75	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28525	3843	28	0	14	0	0	logfile
✘	6ZDG	11173	2023-04-28	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.50	0.0	0.04	8.99	0.00	1.891	7.24	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	8DE8	27387	2023-04-20	2022-06-20	2.82	3.75	2.73	3.6	0.006	1.63	0.0	0.05	17.71	0.01	2.200	6.01	0.43	2.6	97.4	0.0	2.28	0.67	0.81	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4498	552	4	0	8	0	0	logfile
✘	6HU7	0273	2023-04-20	2018-10-05	2.8	2.82	2.83	2.9	0.008	0.78	0.0	0.05	9.81	0.01	2.130	10.26	0.36	2.7	96.8	0.5	-3.47	0.49	0.84	4.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4890	609	7	0	0	0	0	logfile
✘	6U2K	20621	2023-04-20	2019-08-20	2.93	3.31	3.29	3.3	0.010	0.99	0.0	0.06	10.06	0.01	2.354	3.34	0.19	9.7	90.3	0.0	-4.70	0.70	0.83	4.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4719	604	3	0	4	0	0	logfile
✘	6JSi	9882	2023-04-22	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile
✘	7DR0	30820	2023-04-26	2020-12-25	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22745	2171	20	0	111	0	0	logfile
✘	7F4V	31455	2023-04-24	2021-06-21	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67641	6336	78	0	453	402	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 372
• next →