cryo-EM Re-Refine

Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8i5Y	35198	2023-11-15	2023-01-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13617	1565	9	0	39	6	0	logfile
✘	7Yi2	33849	2023-11-15	2022-07-14	3.4	2.75	3.37	2.7	0.003	0.59	0.0	0.04	18.17	0.01	2.062	9.71	0.23	6.9	93.1	0.0	-0.99	0.75	0.77	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12140	1397	9	33	5	0	0	logfile
✘	8G9F	29864	2023-11-22	2023-02-21	3.2	3.77	3.13	3.2	0.003	0.50	0.0	0.04	16.16	0.00	2.257	2.77	0.00	3.1	96.9	0.0	0.34	0.89	0.83	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37540	2321	7	0	4	0	18758	logfile
✘	7RMP	24577	2023-11-21	2021-07-28	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32519	4128	12	0	19	41	0	logfile
✘	8GHV	40052	2023-11-17	2023-03-12	2.8	3.09	2.84	3.1	0.005	0.92	0.0	0.05	14.04	0.01	2.190	3.46	0.76	3.3	96.7	0.0	0.26	0.59	0.79	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15874	1125	6	0	1	0	7637	logfile
✘	8CU8	26996	2023-11-21	2022-05-16	1.91	2.52	1.91	2.2	0.005	0.65	0.0	0.05	13.91	0.01	2.043	0.74	0.00	0.6	99.4	0.0	1.28	0.87	0.93	5.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35271	4032	72	0	24	2271	0	logfile
✘	8oPo	17078	2023-11-20	2023-04-07	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28965	3585	18	0	57	0	0	logfile
✘	7RKZ	24511	2023-11-21	2021-07-22	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32610	4126	12	0	16	162	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2023-11-14	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8EU9	28609	2023-11-20	2022-10-18	3.48	2.61	3.59	2.9	0.006	1.06	0.0	0.06	17.26	0.01	1.528	5.67	0.00	3.6	96.4	0.0	-1.81	0.73	0.77	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28517	3660	16	0	6	0	0	logfile
✘	7Y7B	33659	2023-11-14	2022-06-22	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60515	5082	55	0	562	0	0	logfile
✘	8T1E	40961	2023-11-18	2023-06-02	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22115	2516	12	0	43	36	0	logfile
✘	8G1E	29668	2023-11-21	2023-02-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32649	4148	12	0	18	90	0	logfile
✘	8C29	16389	2023-11-18	2022-12-21	2.785	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71174	6772	117	0	358	280	0	logfile
✘	8i6S	35205	2023-11-14	2023-01-29	4.4	4.82	4.39	4.4	0.006	1.39	2.0	0.06	15.97	0.01	2.073	4.55	0.97	4.1	95.7	0.2	-5.18	0.73	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8641	1125	7	0	4	0	0	logfile
✘	8oiT	16899	2023-11-15	2023-03-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113095	9412	79	1704	265	0	0	logfile
✘	7ZVT	14986	2023-11-14	2022-05-17	2.74	3.38	2.78	3.2	0.004	0.57	0.0	0.04	19.17	0.00	2.192	7.49	2.94	1.6	98.4	0.0	1.55	0.83	0.89	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1022	4	30	1	0	0	logfile
✘	8oiS	16898	2023-11-18	2023-03-23	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72671	6150	48	1034	173	3	0	logfile
✘	7EK1	31165	2023-11-13	2021-04-03	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53500	6720	20	0	0	0	0	logfile
✘	8SA2	40262	2023-11-14	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile