cryo-EM Re-Refine

Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6XZP	10664	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7Ni5	12351	2022-12-21	2021-02-11	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45052	5581	4	0	6	0	0	logfile
✘	6KFK	9974	2022-12-19	2019-07-08	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68034	9246	23	0	0	0	0	logfile
✔	5ZVS	6968	2022-12-19	2018-05-12	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99250	12872	12	0	0	0	0	logfile
✔	7BiN	12192	2022-12-19	2021-01-12	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81721	10887	56	0	0	0	0	logfile
✔	6W1Z	21519	2022-12-22	2020-03-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48536	6156	27	0	36	0	0	logfile
✘	3J06	5185	2022-12-19	2011-04-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64200	7750	100	150	0	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2022-12-19	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7oJ8	12939	2022-12-18	2021-05-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9148	1150	4	0	7	0	0	logfile
✔	7M2W	23635	2022-12-20	2021-03-17	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39366	4827	16	0	4	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2022-12-18	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✔	7CN2	30414	2022-12-18	2020-07-29	3.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32841	4233	18	0	0	0	0	logfile
✘	6Z3R	11063	2022-12-19	2020-05-21	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35481	2509	6	0	131	0	16494	logfile
✔	7RTM	24683	2022-12-18	2021-08-13	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9161	1142	6	0	12	0	0	logfile
✔	6UQo	20851	2022-12-22	2019-10-21	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48522	6156	28	0	30	0	0	logfile
✔	7EWQ	31361	2022-12-21	2021-05-25	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43232	5236	28	84	0	0	0	logfile
✘	7UEG	26474	2022-12-19	2022-03-21	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58296	7560	42	0	0	0	0	logfile
✔	6W1S	21514	2022-12-22	2020-03-04	4.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47275	6862	25	0	567	0	0	logfile
✘	7EK2	31166	2022-12-19	2021-04-03	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.00	—	—	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81240	10230	30	0	0	0	0	logfile
✔	7EA3	31038	2022-12-22	2021-03-06	4.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49714	6974	24	0	0	0	0	logfile