Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6LMK	0917	2022-12-18	2019-12-26	3.7	3.89	—	3.8	0.009	0.96	0.0	0.06	15.10	0.01	2.283	7.19	0.62	6.5	93.5	0.0	-4.19	0.68	0.82	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9240	1178	6	0	0	0	0	logfile
✘	6LiD	0904	2022-12-18	2019-12-10	2.7	2.74	—	2.7	0.007	0.99	0.0	0.06	14.33	0.01	1.890	3.70	1.96	4.8	95.1	0.1	-4.84	0.62	0.74	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17964	2162	22	0	26	246	0	logfile
✘	6WBX	21600	2022-12-18	2020-03-27	3.5	3.82	3.55	3.7	0.012	1.07	0.0	0.06	13.49	0.01	2.190	4.07	0.11	7.9	92.0	0.1	-5.51	0.77	0.87	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9170	1264	1	0	2	0	0	logfile
✘	6WTi	21897	2022-12-18	2020-05-02	2.38	2.42	—	2.5	0.010	1.20	5.0	0.07	19.47	0.01	1.179	9.26	11.79	4.6	95.3	0.1	-3.48	0.60	0.74	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✘	7B5N	12041	2022-12-18	2020-12-05	3.6	3.39	3.52	3.7	0.007	0.79	0.0	0.05	15.39	0.00	1.998	13.51	0.09	9.3	90.7	0.0	-1.35	0.78	0.81	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9965	1229	9	0	10	0	0	logfile
✘	6UD3	20731	2022-12-18	2019-09-18	3.5	4.06	3.46	3.8	0.018	1.60	0.0	0.11	11.84	0.01	2.293	7.52	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.90	0.79	0.78	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14346	1765	10	0	6	0	0	logfile
✔	6UQE	20845	2022-12-22	2019-10-18	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48402	6140	28	0	33	0	0	logfile
✘	6PW6	20500	2022-12-18	2019-07-22	4.5	4.56	4.36	4.5	0.021	1.78	0.0	0.11	10.80	0.01	2.200	1.86	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✔	6U5B	20643	2022-12-19	2019-08-27	3.5	3.46	—	3.4	0.005	0.95	0.0	0.06	10.09	0.01	2.206	5.76	0.17	8.9	91.1	0.0	-5.11	0.63	0.81	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103392	13608	60	0	0	0	0	logfile
✘	6YMX	10847	2022-12-22	2020-04-10	3.17	3.73	3.27	3.6	0.010	1.11	0.0	0.06	15.99	0.01	1.201	7.02	0.39	6.1	93.9	0.1	-5.84	0.76	0.85	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47034	5759	47	0	38	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2022-12-18	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	7C2K	30275	2022-12-18	2020-05-07	2.93	3.24	3.00	3.1	0.007	0.67	0.0	0.04	13.79	0.00	2.256	7.24	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.91	0.78	0.89	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10692	1256	7	31	3	0	0	logfile
✘	6VWK	21419	2022-12-18	2020-02-20	3.3	3.56	—	3.5	0.010	1.30	4.0	0.07	12.71	0.01	2.355	0.98	0.59	0.9	99.1	0.0	-0.35	0.65	0.83	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8423	1133	13	0	0	0	0	logfile
✘	6SL5	10236	2022-12-22	2019-08-18	2.84	2.97	2.83	3.0	0.026	2.96	9.0	0.14	20.93	0.02	1.187	20.83	0.73	7.3	92.0	0.7	-3.12	0.71	0.77	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43789	3744	36	0	292	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2022-12-18	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	6YMY	10848	2022-12-18	2020-04-10	3.41	3.81	3.50	3.7	0.008	1.25	0.0	0.06	16.55	0.01	0.424	7.47	0.27	8.9	91.0	0.1	-6.00	0.68	0.82	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1766	19	0	16	0	0	logfile
✔	6W21	21521	2022-12-22	2020-03-04	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48327	6123	27	0	36	0	0	logfile
✘	7BNo	12231	2022-12-18	2021-01-22	4.2	4.76	4.36	4.4	0.007	0.99	0.0	0.06	14.04	0.02	2.216	13.19	0.72	9.3	90.7	0.0	-3.77	0.88	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25480	3197	7	0	33	0	0	logfile
✘	6XZR	10666	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TRA	10557	2022-12-18	2019-12-18	2.85	3.02	—	3.0	0.006	0.96	0.0	0.04	18.82	0.02	1.225	8.56	0.05	4.7	95.3	0.0	-3.41	0.73	0.83	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25197	2283	33	0	134	217	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 443
• next →