cryo-EM Re-Refine

Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7R0E	14222	2023-02-22	2022-02-01	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18554	2162	14	49	4	114	0	logfile
✘	6YP7	10865	2023-02-28	2020-04-15	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71784	7002	77	0	325	0	0	logfile
✘	8ABZ	15328	2023-02-25	2022-07-05	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25739	3166	9	47	3	0	0	logfile
✘	8EE6	28047	2023-02-21	2022-09-06	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14475	1808	5	0	37	0	0	logfile
✘	7WST	32766	2023-02-19	2022-02-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9438	1202	4	0	8	0	0	logfile
✘	7VFW	31961	2023-02-23	2021-09-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19746	2383	8	0	39	0	0	logfile
✘	6U8Q	20689	2023-02-23	2019-09-05	4.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21129	2442	18	96	6	0	0	logfile
✘	6PLR	20373	2023-02-21	2019-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14685	1735	15	0	75	0	0	logfile
✘	7WTD	32779	2023-02-26	2022-02-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27137	3491	6	0	4	0	0	logfile
✘	8F68	28877	2023-02-19	2022-11-16	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9666	1198	6	0	6	0	0	logfile
✘	8AC0	15329	2023-02-26	2022-07-05	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27948	3188	9	143	3	0	0	logfile
✘	8AC2	15331	2023-02-25	2022-07-05	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25611	3184	8	36	3	0	0	logfile
✘	7UL4	26591	2023-02-16	2022-04-03	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2524	351	3	0	1	4	0	logfile
✘	6UiW	20789	2023-02-24	2019-10-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23617	3234	22	0	11	0	0	logfile
✘	6WLW	21844	2023-02-24	2020-04-20	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22145	2749	35	0	61	0	0	logfile
✘	7BYL	30244	2023-02-22	2020-04-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16332	2000	16	0	8	12	0	logfile
✘	6RWN	10043	2023-02-22	2019-06-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18346	2076	26	86	16	8	0	logfile
✘	6PLV	20377	2023-02-21	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14655	1725	15	0	75	0	0	logfile
✔	7SAM	24952	2023-02-17	2021-09-22	4.3	6.95	4.38	4.2	0.001	0.39	0.0	0.02	13.28	0.00	1.952	2.96	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.84	0.51	—	4.3	0.007	0.88	0.0	0.04	22.84	0.01	1.820	82.61	0.00	0.0	0.0	0.0	—	5.78	0.96	0.87	—	5399	0	1	169	0	0	1802	logfile
✘	7BKE	12212	2023-02-25	2021-01-15	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24816	3176	18	0	26	0	0	logfile