Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8FC8	28976	2023-08-24	2022-12-01	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39152	2468	8	0	8	0	19384	logfile
✘	7ZK8	14758	2023-08-11	2022-04-12	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9331	1181	1	0	7	4	0	logfile
✘	8D85	27247	2023-08-10	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	11.75	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	7ZKA	14760	2023-08-11	2022-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9406	1177	1	0	9	4	0	logfile
✘	8HG6	34736	2023-08-10	2022-11-13	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7259	593	6	0	60	0	0	logfile
✘	7WT7	32770	2023-08-20	2022-02-04	3.4	3.87	—	3.8	0.005	0.92	15.0	0.06	13.84	0.01	2.132	9.81	0.91	7.1	92.6	0.3	-1.79	0.78	0.77	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28322	3523	12	0	50	0	0	logfile
✘	8EX4	28650	2023-08-09	2022-10-24	2.93	3.19	2.90	3.2	0.005	0.73	0.0	0.04	13.95	0.00	2.165	9.46	0.00	1.9	98.1	0.0	0.40	0.59	0.80	4.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3226	417	1	0	1	0	0	logfile
✘	8CGi	16644	2023-08-15	2023-02-04	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17553	841	20	460	43	948	0	logfile
✘	7R47	14282	2023-08-16	2022-02-08	2.3	2.29	—	2.3	0.008	0.81	0.0	0.85	17.14	0.01	1.921	2.60	1.15	2.1	97.9	0.0	0.85	0.73	0.90	6.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68578	8089	116	0	51	1836	0	logfile
✘	8C95	16502	2023-08-25	2023-01-21	4.92	6.10	5.53	4.8	0.002	0.42	0.0	0.03	14.45	0.00	1.886	8.94	0.09	5.1	94.9	0.0	0.20	0.84	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40172	1460	16	1339	0	0	0	logfile
✘	7Y7B	33659	2023-08-11	2022-06-22	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60515	5082	55	0	562	0	0	logfile
✘	5Go9	9528	2023-08-26	2016-07-26	4.4	4.59	—	4.4	0.020	1.79	36.0	0.11	12.27	0.01	2.185	7.55	0.88	8.7	90.7	0.6	-4.90	0.78	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105068	13692	8	0	4	0	0	logfile
✘	8HG5	34735	2023-08-10	2022-11-13	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	627	6	0	64	0	0	logfile
✘	8G1A	29665	2023-08-13	2023-02-01	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13725	1574	7	0	37	0	0	logfile
✘	8G3V	29710	2023-08-16	2023-02-08	2.2	2.84	2.21	2.7	0.014	1.61	4.0	0.09	13.68	0.01	2.257	0.54	0.00	3.9	95.8	0.3	-0.74	0.83	0.93	6.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20045	2500	28	0	61	0	0	logfile
✘	7Q3L	13793	2023-08-16	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.22	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7ZK5	14755	2023-08-11	2022-04-12	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9435	1177	1	0	10	33	0	logfile
✘	7ZK7	14757	2023-08-11	2022-04-12	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9112	1158	1	0	3	0	0	logfile
✘	8HG3	34733	2023-08-10	2022-11-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7456	604	6	0	62	0	0	logfile
✘	7YCA	33737	2023-08-12	2022-07-01	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64832	5632	60	0	450	4	0	logfile

• Page 1 of 542
• next →