Table showing results for August 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5TR1	8454	2021-08-08	2016-10-25	3.95	2.78	—	3.8	0.016	1.80	44.0	0.18	13.33	0.01	2.107	5.25	2.23	4.6	95.2	0.2	-0.26	0.65	0.69	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12678	1648	8	0	2	0	0	logfile
✘	6DQV	7984	2021-08-12	2018-06-11	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	140358	8752	8	0	8	0	70218	logfile
✘	5XTH	6775	2021-08-09	2017-06-19	3.9	4.09	—	3.9	0.011	1.52	12.0	0.16	11.54	0.01	1.048	23.69	2.22	6.1	91.8	2.2	-1.71	0.70	0.59	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115642	14193	113	0	63	0	0	logfile
✘	6oF4	20042	2021-08-08	2019-03-28	3.2	2.71	—	3.6	0.010	1.19	0.0	0.06	15.12	0.01	2.091	11.17	2.54	19.6	76.8	3.5	-4.99	0.79	0.82	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10998	1422	4	0	0	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2021-08-10	2019-04-24	3.7	4.08	—	3.7	0.010	1.05	4.0	0.06	14.10	0.02	1.515	5.04	0.09	8.2	91.1	0.7	-4.20	0.79	0.71	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	4CE4	2490	2021-08-09	2013-11-08	4.9	5.03	—	5.0	0.004	0.79	0.0	0.04	14.48	0.00	1.398	13.79	2.64	5.3	94.5	0.2	-2.30	0.47	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	40	1437	984	0	0	logfile
✘	6FBS	4225	2021-08-08	2017-12-19	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13421	1665	5	8	3	0	0	logfile
✘	6o1N	0593	2021-08-09	2019-02-21	2.9	3.21	—	3.8	0.011	1.37	12.0	0.07	11.02	0.01	1.856	9.06	1.51	6.4	93.1	0.5	-6.01	0.60	0.73	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19608	2448	4	0	0	0	0	logfile
✘	6GYo	0094	2021-08-08	2018-06-30	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17540	2004	8	0	48	0	0	logfile
✘	6NWA	0524	2021-08-11	2019-02-06	3.48	3.70	—	3.6	0.005	0.89	0.0	0.05	19.31	0.01	1.223	8.17	0.28	4.1	95.9	0.0	-4.64	0.75	0.82	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137509	12666	96	0	771	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2021-08-08	2013-10-28	3.8	4.64	—	7.1	0.010	1.45	0.0	0.09	20.92	0.01	0.275	102.90	29.72	6.4	93.1	0.5	-0.53	0.58	0.44	-0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18264	2324	8	0	168	0	0	logfile
✘	4V8Y	2421	2021-08-20	2013-07-20	4.3	4.35	—	4.3	0.026	1.73	246.0	0.10	19.96	0.02	0.030	35.19	23.07	10.6	82.9	6.5	-4.49	0.62	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	221288	12072	110	5354	711	0	7033	logfile
✘	5oJQ	3566	2021-08-09	2017-07-22	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113346	14364	54	0	0	0	0	logfile
✘	5XJY	6724	2021-08-08	2017-05-04	4.1	4.17	—	4.1	0.010	1.29	0.0	0.07	12.18	0.01	2.200	9.20	1.27	14.1	85.8	0.2	-6.01	0.64	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12785	1901	1	0	12	0	0	logfile
✘	5H1R	9571	2021-08-11	2016-10-11	3.6	4.23	—	4.2	0.014	1.36	0.0	0.07	13.16	0.01	1.968	29.64	0.94	12.9	85.7	1.4	-6.24	0.54	0.74	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47440	5760	16	0	0	0	0	logfile
✘	6FE8	4241	2021-08-08	2017-12-30	3.7	3.80	3.71	3.8	0.004	0.90	0.0	0.05	10.19	0.01	2.283	4.13	0.45	5.5	94.4	0.1	-3.46	0.72	0.78	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12479	1547	4	0	0	0	0	logfile
✘	5GUP	9539	2021-08-08	2016-08-30	4.0	4.09	—	3.9	0.013	1.65	11.0	0.15	11.76	0.01	1.023	25.20	1.78	6.9	90.4	2.6	-2.02	0.70	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109982	13895	107	0	77	0	0	logfile
✘	6RKD	4907	2021-08-09	2019-04-30	3.2	3.12	3.18	3.1	0.010	1.18	0.0	0.07	9.16	0.01	0.176	14.15	0.24	3.1	96.9	0.0	-3.60	0.69	0.82	4.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25290	3234	24	0	90	0	0	logfile
✘	6DQJ	7978	2021-08-12	2018-06-11	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138477	8724	8	0	4	0	69265	logfile
✘	6DR2	7988	2021-08-12	2018-06-11	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile

• Page 1 of 276
• next →