Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6oMB	20124	2023-02-24	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	7XL3	33271	2023-02-25	2022-04-21	3.13	3.20	—	3.2	0.002	0.39	0.0	0.04	12.03	0.00	2.263	4.77	1.08	2.9	97.1	0.0	-4.73	0.73	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25700	3480	8	0	3	0	0	logfile
✘	6JZo	9898	2023-02-23	2019-05-03	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21405	2657	8	0	12	0	0	logfile
✘	7DH0	30677	2023-02-23	2020-11-12	4.2	4.70	—	4.5	0.007	1.27	0.0	0.06	11.24	0.01	1.514	6.99	0.60	16.3	83.1	0.6	-5.67	0.84	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60091	7904	57	0	17	0	0	logfile
✘	7D44	30569	2023-02-26	2020-09-22	4.0	4.14	—	4.0	0.006	0.86	0.0	0.05	14.78	0.00	2.049	20.50	0.28	16.3	83.6	0.1	-5.25	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28391	3825	12	0	0	0	0	logfile
✘	6LBH	0869	2023-02-19	2019-11-14	3.7	3.79	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	13.62	0.00	2.079	18.56	0.20	7.7	92.2	0.2	-2.87	0.75	0.83	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9219	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	6DG7	7882	2023-02-22	2018-05-17	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16720	1955	29	0	40	5	0	logfile
✘	6AEi	9615	2023-02-23	2018-08-05	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21142	2568	8	0	13	0	0	logfile
✘	6PM5	20388	2023-02-21	2019-07-01	3.1	3.38	—	3.4	0.001	0.42	0.0	0.06	6.80	0.00	2.275	4.99	0.00	2.4	97.6	0.0	-4.42	0.52	0.78	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13975	1735	15	0	15	0	0	logfile
✘	6PPL	20442	2023-02-18	2019-07-08	3.02	3.14	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.25	14.17	0.01	1.917	3.20	0.23	2.7	97.3	0.0	-6.00	0.74	0.86	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8155	980	6	0	4	0	0	logfile
✘	6QEM	4538	2023-02-24	2019-01-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65750	4104	24	26	16	0	32652	logfile
✘	6iGM	9668	2023-02-24	2018-09-25	4.0	4.14	—	4.1	0.004	0.88	0.0	0.05	10.13	0.01	1.054	20.76	2.70	7.3	91.6	1.1	-4.30	0.70	0.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24257	3054	9	0	62	0	0	logfile
✘	7K20	22638	2023-02-20	2020-09-08	3.2	3.37	—	3.2	0.013	1.02	0.0	0.06	10.52	0.01	2.141	3.41	0.00	4.5	95.5	0.0	-5.12	0.72	0.87	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11828	1488	8	0	12	0	0	logfile
✘	6HZ7	0313	2023-02-26	2018-10-22	4.3	4.43	4.32	4.3	0.008	0.97	0.0	0.05	14.60	0.01	1.959	2.86	0.59	2.9	97.1	0.0	-0.47	0.81	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67582	4120	26	6	12	0	33368	logfile
✘	6RoH	4972	2023-02-20	2019-05-13	2.8	2.94	2.83	2.9	0.006	0.88	0.0	0.05	13.67	0.01	1.709	4.00	0.23	3.4	96.6	0.0	-4.73	0.68	0.79	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11758	1449	7	0	9	2	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2023-02-21	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	6RKo	4908	2023-02-18	2019-04-30	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7289	875	8	0	9	31	0	logfile
✘	8AYH	15713	2023-02-23	2022-09-02	3.35	3.45	3.40	3.4	0.007	0.91	0.0	0.06	14.44	0.01	2.114	5.00	0.65	6.5	93.4	0.1	-4.12	0.83	0.85	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19109	2414	5	0	2	0	0	logfile
✘	7ZUB	14971	2023-02-26	2022-05-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28082	1722	7	0	7	0	14035	logfile
✘	7JV4	22492	2023-02-25	2020-08-20	3.4	3.60	3.45	3.5	0.011	1.37	1.0	0.09	9.64	0.01	2.412	0.47	0.10	2.5	97.5	0.0	0.74	0.77	0.78	3.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25162	3568	23	0	58	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 353
• next →