Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6G1K	4339	2023-07-10	2018-03-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21428	2592	8	0	8	0	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2023-07-08	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	7WU3	32818	2023-07-04	2022-02-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7877	1013	5	0	1	0	0	logfile
✘	7VFF	31951	2023-07-06	2021-09-13	4.1	3.76	3.90	4.0	0.007	0.72	0.0	0.05	13.87	0.00	2.334	2.40	0.41	3.6	96.4	0.0	-0.82	0.79	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12579	1581	3	0	0	0	0	logfile
✘	6PP5	20419	2023-07-15	2019-07-05	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32118	2063	13	0	18	0	16112	logfile
✘	6QUM	4640	2023-07-19	2019-02-27	3.25	3.47	—	3.4	0.007	1.10	0.0	0.06	10.75	0.01	2.095	4.88	0.82	6.7	93.2	0.0	-3.78	0.83	0.87	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44900	5874	27	0	3	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2023-07-11	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24990	2610	12	3	6	0	4452	logfile
✘	8DDX	27345	2023-07-16	2022-06-19	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35500	4295	14	0	81	0	0	logfile
✘	6oSQ	20187	2023-07-21	2019-05-02	3.5	3.55	—	3.5	0.008	0.89	1.0	0.05	14.48	0.02	2.007	4.45	0.37	6.0	94.0	0.1	-4.90	0.83	0.87	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	146756	5966	68	4642	438	0	0	logfile
✘	7YPA	33997	2023-07-12	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	14.85	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-07-03	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	6S5T	10100	2023-07-04	2019-07-02	4.15	4.28	4.17	4.2	0.007	1.48	3.0	0.09	17.31	0.00	2.450	5.08	3.93	7.1	92.4	0.6	-4.05	0.75	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6958	896	3	0	1	0	0	logfile
✘	7KSQ	23023	2023-07-16	2020-11-23	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36553	3347	42	0	219	45	0	logfile
✘	6oES	20036	2023-07-08	2019-03-27	3.06	3.17	—	3.1	0.005	0.77	2.0	0.05	19.56	0.01	2.226	4.56	2.87	3.4	96.4	0.2	-3.12	0.81	0.83	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16829	1784	14	128	4	2	0	logfile
✘	3JC6	6534	2023-07-11	2015-11-24	3.7	4.01	—	3.9	0.009	1.54	0.0	0.06	12.91	0.01	1.203	39.73	0.87	9.8	89.0	1.1	-3.87	0.79	0.76	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23732	2953	12	0	1	0	0	logfile
✘	6D6R	7809	2023-07-14	2018-04-22	3.45	2.80	—	3.3	0.008	0.68	0.0	0.04	10.12	0.00	1.816	9.28	0.03	10.0	90.0	0.0	-4.48	0.83	0.79	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31639	3889	17	61	3	0	0	logfile
✘	6PSX	20467	2023-07-06	2019-07-14	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.01	—	—	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11074	1372	4	0	4	0	0	logfile
✘	5VKQ	8702	2023-07-18	2017-04-22	3.55	3.85	3.58	3.6	0.008	1.18	0.0	0.05	11.89	0.01	2.057	11.24	0.72	8.9	90.8	0.3	-5.28	0.83	0.77	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41900	5996	8	0	32	0	0	logfile
✘	6RHZ	4883	2023-07-15	2019-04-23	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53055	2783	20	0	193	0	21167	logfile
✘	6JSi	9882	2023-07-06	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile

• ← previous
• Page 8 of 500
• next →