Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8GFX	29987	2025-02-11	2023-03-08	3.0	3.31	3.10	3.3	0.004	0.53	0.0	0.04	13.47	0.00	2.248	3.22	0.00	2.2	97.8	0.0	0.67	0.64	0.88	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6725	896	6	0	2	1	0	logfile
✘	8DNY	27584	2025-02-11	2022-07-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4428	558	8	0	1	0	97	logfile
✘	8AZT	15771	2025-02-11	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	6HRE	0259	2025-02-11	2018-09-26	3.2	2.74	2.87	3.3	0.019	1.47	0.0	0.11	13.34	0.01	2.474	6.01	0.00	12.0	88.0	0.0	-4.17	0.32	0.80	4.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3522	462	6	0	0	0	0	logfile
✘	8BVS	16270	2025-02-11	2022-12-05	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4799	617	4	1	1	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2025-02-11	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8GFV	29985	2025-02-11	2023-03-08	3.1	3.40	3.19	3.4	0.004	0.58	0.0	0.04	14.48	0.00	2.278	2.46	0.00	1.7	98.3	0.0	1.20	0.67	0.89	4.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6702	892	8	0	2	3	0	logfile
✘	8WJQ	37589	2025-02-11	2023-09-26	3.8	4.16	3.84	4.3	0.010	1.47	1.0	0.07	15.62	0.02	2.216	9.81	0.48	3.6	96.4	0.0	0.80	0.41	0.60	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3999	530	2	0	1	0	0	logfile
✘	7RL4	24514	2025-02-11	2021-07-23	2.86	2.50	—	3.1	0.015	1.16	0.0	0.07	16.04	0.01	2.535	12.04	0.00	12.5	87.5	0.0	-4.62	0.39	0.82	4.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4620	680	20	0	0	0	0	logfile
✘	7YFQ	33797	2025-02-11	2022-07-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6719	733	4	41	2	0	0	logfile
✘	8Q8L	18254	2025-02-11	2023-08-18	3.04	3.14	2.87	3.3	0.011	2.07	2.0	0.11	11.49	0.01	2.539	0.29	0.00	5.3	94.5	0.2	-2.17	0.33	0.74	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3405	447	6	0	0	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2025-02-11	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2025-02-11	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	7SP1	25364	2025-02-11	2021-11-02	3.4	3.65	—	3.9	0.006	1.29	0.0	0.07	19.39	0.01	2.288	11.67	0.00	2.9	97.1	0.0	-2.42	0.41	0.72	4.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4343	540	17	20	0	0	0	logfile
✘	8DNX	27583	2025-02-11	2022-07-12	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4342	549	8	0	1	0	71	logfile
✘	8K18	36788	2025-02-11	2023-07-10	3.68	5.01	5.15	3.7	0.014	1.85	0.0	0.09	13.98	0.03	1.995	12.12	0.85	7.1	92.9	0.0	-1.91	0.53	0.34	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3246	414	3	0	0	0	0	logfile
✘	6UFR	20759	2025-02-11	2019-09-24	2.5	2.80	—	2.8	0.012	0.96	0.0	0.07	13.71	0.01	2.209	5.48	0.00	6.6	93.4	0.0	-1.99	0.50	0.87	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4420	630	20	0	0	90	0	logfile
✘	8H7Z	34526	2025-02-11	2022-10-21	3.07	3.23	3.02	3.2	0.003	0.63	0.0	0.04	12.59	0.00	2.210	6.35	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.04	0.60	0.72	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4885	631	3	0	0	0	0	logfile
✘	8HG0	34730	2025-02-11	2022-11-13	3.51	4.44	3.51	3.7	0.003	0.61	0.0	0.04	17.58	0.00	2.098	7.93	1.15	1.8	98.1	0.1	0.06	0.85	0.80	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6470	790	4	0	4	0	0	logfile
✘	8C07	16356	2025-02-11	2022-12-16	3.3	2.75	3.20	2.2	0.004	0.94	0.0	0.05	16.63	0.01	2.288	4.36	0.38	8.1	91.9	0.0	-3.00	0.77	0.72	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4974	644	5	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 13
• next →