Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5X1G	6701	2025-02-10	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2025-02-10	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	2	0	1	0	231	logfile
✘	5M5H	4155	2025-02-10	2016-10-21	4.5	2.29	—	2.2	0.007	1.50	0.0	0.08	12.37	0.01	2.186	39.89	0.00	8.7	88.9	2.4	-5.94	0.14	0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1086	132	1	0	0	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2025-02-10	2019-04-29	3.2	4.49	2.14	10.0	0.007	0.94	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	8AZ0	15728	2025-02-10	2022-09-05	3.4	3.10	3.36	3.6	0.006	0.74	0.0	0.05	8.05	0.01	2.611	0.94	0.00	7.7	92.3	0.0	-4.46	0.50	0.87	5.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2180	280	20	0	10	0	0	logfile
✘	7B6E	12053	2025-02-10	2020-12-07	4.5	2.79	—	5.1	0.005	1.03	0.0	0.05	15.04	0.01	2.129	36.05	0.00	10.9	89.1	0.0	-3.88	0.62	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2205	269	1	0	0	0	0	logfile
✘	9B3o	44147	2025-02-10	2024-03-19	3.18	3.36	3.13	3.3	0.003	0.60	0.0	0.04	16.77	0.00	2.295	10.17	0.00	2.5	97.5	0.0	2.11	0.61	0.85	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2630	363	1	0	0	0	0	logfile
✘	8XoA	38524	2025-02-10	2023-12-31	3.03	3.24	3.01	3.3	0.007	1.00	1.0	0.06	11.52	0.01	2.346	6.05	0.00	1.3	98.7	0.0	0.90	0.57	0.77	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2713	376	2	0	1	0	0	logfile
✘	8XSM	38622	2025-02-10	2024-01-09	3.01	3.31	3.04	3.3	0.008	0.93	0.0	0.05	13.81	0.01	2.161	5.27	1.40	3.8	96.2	0.0	-1.76	0.54	0.81	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2788	375	2	0	2	0	0	logfile
✘	8CAQ	16532	2025-02-10	2023-01-24	2.3	2.91	2.61	2.7	0.007	1.18	0.0	0.07	12.14	0.01	2.606	1.37	1.52	5.5	94.5	0.0	-3.61	0.48	0.92	7.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2870	375	5	0	0	0	0	logfile
✘	7K45	22660	2025-02-10	2020-09-14	3.7	3.90	3.76	3.9	0.014	1.42	0.0	0.08	9.35	0.01	2.568	0.35	0.00	2.2	97.8	0.0	0.92	0.79	0.78	4.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3038	419	4	0	2	0	0	logfile
✘	8Z7Y	39832	2025-02-10	2024-04-21	3.02	3.16	2.95	3.2	0.013	0.80	0.0	0.04	16.15	0.00	2.215	10.80	0.00	2.6	97.4	0.0	1.07	0.48	0.67	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3083	382	2	0	1	0	0	logfile
✘	6X0U	21984	2025-02-10	2020-05-17	3.6	3.62	—	3.6	0.004	0.62	0.0	0.04	14.50	0.00	2.277	5.74	0.00	3.7	96.1	0.3	-5.79	0.26	0.78	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3091	398	4	0	0	0	0	logfile
✘	8Z7W	39830	2025-02-10	2024-04-21	3.09	3.32	3.05	3.4	0.007	1.03	3.0	0.07	17.01	0.02	2.241	20.67	3.30	3.7	96.3	0.0	-0.06	0.59	0.82	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3107	387	2	0	1	0	0	logfile
✘	7UGV	26497	2025-02-11	2022-03-25	2.94	3.59	2.94	3.4	0.003	0.57	0.0	0.04	9.13	0.00	2.111	3.29	0.00	0.7	99.3	0.0	2.34	0.50	0.85	4.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3107	418	2	0	3	0	0	logfile
✘	8QRV	18627	2025-02-10	2023-10-09	2.9	3.28	2.88	3.3	0.004	0.57	0.0	0.04	14.31	0.00	2.373	6.73	0.61	1.2	98.8	0.0	2.08	0.55	0.83	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3111	419	2	0	1	0	0	logfile
✘	8EX5	28651	2025-02-10	2022-10-24	3.47	3.76	3.31	3.7	0.004	0.71	0.0	0.04	12.11	0.00	2.141	9.78	0.00	2.2	97.8	0.0	0.88	0.48	0.70	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3177	414	1	0	0	0	0	logfile
✘	8K18	36788	2025-02-11	2023-07-10	3.68	5.01	5.15	3.7	0.014	1.85	0.0	0.09	13.98	0.03	1.995	12.12	0.85	7.1	92.9	0.0	-1.91	0.53	0.34	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3246	414	3	0	0	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2025-02-10	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8HTT	35017	2025-02-11	2022-12-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3292	389	5	0	8	0	0	logfile

• Page 1 of 13
• next →