Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8GJN	40095	2025-02-11	2023-03-16	3.6	2.60	3.37	3.3	0.013	1.65	0.0	0.09	14.17	0.01	2.431	9.25	1.10	8.7	91.3	0.0	-2.73	0.60	0.68	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3319	421	4	0	1	0	0	logfile
✘	8JTT	36652	2025-02-10	2023-06-22	3.87	4.32	3.71	4.4	0.006	0.87	0.0	0.05	12.93	0.02	2.250	7.82	0.00	4.0	96.0	0.0	-2.01	0.51	0.57	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	454	2	0	1	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2025-02-11	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7YH6	33820	2025-02-11	2022-07-12	3.4	3.90	3.35	3.7	0.005	0.64	0.0	0.05	13.19	0.00	2.161	8.14	0.00	7.1	92.7	0.2	-0.87	0.66	0.86	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3343	430	4	0	1	0	0	logfile
✘	7WSC	32753	2025-02-11	2022-01-28	3.78	4.01	—	4.0	0.013	1.67	5.0	0.10	15.34	0.01	1.600	41.09	4.99	14.7	81.6	3.6	-4.09	0.65	0.78	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3369	422	4	0	2	0	0	logfile
✘	7SWP	25478	2025-02-11	2021-11-20	3.8	3.74	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	12.87	0.01	2.202	40.14	0.00	12.1	87.9	0.0	-2.17	0.51	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3372	436	3	0	0	0	0	logfile
✘	8H9K	34570	2025-02-11	2022-10-25	3.51	3.83	3.65	3.7	0.006	0.91	0.0	0.05	15.47	0.01	2.169	13.42	0.00	5.8	94.2	0.0	-2.34	0.39	0.77	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3381	421	3	0	0	0	0	logfile
✘	8Q8L	18254	2025-02-11	2023-08-18	3.04	3.14	2.87	3.3	0.011	2.07	2.0	0.11	11.49	0.01	2.539	0.29	0.00	5.3	94.5	0.2	-2.17	0.33	0.74	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3405	447	6	0	0	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2025-02-11	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	8B7Q	15899	2025-02-11	2022-09-30	4.02	4.26	3.86	4.2	0.003	0.60	0.0	0.04	9.87	0.00	2.234	4.41	2.94	3.9	95.6	0.5	0.29	0.66	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3511	441	4	0	1	0	0	logfile
✘	6HRE	0259	2025-02-11	2018-09-26	3.2	2.74	2.87	3.3	0.019	1.47	0.0	0.11	13.34	0.01	2.474	6.01	0.00	12.0	88.0	0.0	-4.17	0.32	0.80	4.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3522	462	6	0	0	0	0	logfile
✘	8XUU	38684	2025-02-11	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	3A5X	1641	2025-02-11	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile
✘	8VX4	43607	2025-02-11	2024-02-03	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3650	311	3	60	0	0	0	logfile
✘	7YHP	33835	2025-02-11	2022-07-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3815	374	4	38	1	0	0	logfile
✘	7SoA	25264	2025-02-11	2021-10-29	3.1	3.33	3.14	3.3	0.011	1.27	0.0	0.08	10.15	0.01	2.194	1.06	0.24	2.0	98.0	0.0	0.99	0.68	0.84	4.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3850	477	5	0	6	0	0	logfile
✘	7XoS	33358	2025-02-11	2022-05-01	3.2	3.54	3.05	3.3	0.003	0.58	0.0	0.04	13.12	0.00	2.109	10.85	0.00	1.5	98.5	0.0	1.37	0.54	0.84	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3855	524	1	0	0	0	0	logfile
✘	9B1K	44082	2025-02-11	2024-03-13	3.3	3.55	3.32	3.5	0.006	0.74	0.0	0.04	10.55	0.00	2.265	1.26	0.00	1.8	98.2	0.0	0.11	0.55	0.79	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3911	512	2	0	1	0	0	logfile
✘	8WJG	37579	2025-02-11	2023-09-25	3.0	3.18	2.87	3.3	0.005	1.21	0.0	0.06	15.28	0.01	2.211	6.71	2.03	2.6	97.4	0.0	0.84	0.51	0.73	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3952	533	1	0	0	0	0	logfile
✘	8i6Q	35203	2025-02-11	2023-01-29	4.23	7.65	4.17	4.2	0.005	0.73	0.0	0.04	6.12	0.00	2.031	15.78	0.00	7.3	92.6	0.1	-1.63	0.70	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3975	810	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 13
• next →