Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7X2C	32964	2025-02-14	2022-02-25	3.2	3.88	—	3.8	0.006	0.71	0.0	0.05	13.49	0.00	2.102	9.59	0.48	2.0	98.0	0.0	0.97	0.58	0.72	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7953	1031	6	0	3	0	0	logfile
✘	7D77	30603	2025-02-13	2020-10-03	2.9	3.25	—	3.2	0.008	0.78	0.0	0.06	13.72	0.00	2.107	8.48	0.21	3.7	96.3	0.0	-2.58	0.62	0.80	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8785	1105	7	0	7	1	0	logfile
✘	6S8G	10121	2025-02-14	2019-07-10	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7530	957	7	0	3	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2025-02-14	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	5M5H	4155	2025-02-10	2016-10-21	4.5	2.29	—	2.2	0.007	1.50	0.0	0.08	12.37	0.01	2.186	39.89	0.00	8.7	88.9	2.4	-5.94	0.14	0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1086	132	1	0	0	0	0	logfile
✘	3J9S	6272	2025-02-14	2015-02-19	2.6	3.83	—	3.5	0.020	1.80	0.0	0.12	18.55	0.01	0.216	25.10	6.86	1.3	98.0	0.8	1.97	0.68	0.76	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9813	1191	6	0	15	315	0	logfile
✘	6NT9	0506	2025-02-14	2019-01-28	3.3	3.42	—	3.3	0.010	0.89	0.0	0.06	9.66	0.01	2.250	1.52	0.18	3.5	96.5	0.0	-2.03	0.81	0.86	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9906	1228	4	0	0	0	0	logfile
✘	6X0U	21984	2025-02-10	2020-05-17	3.6	3.62	—	3.6	0.004	0.62	0.0	0.04	14.50	0.00	2.277	5.74	0.00	3.7	96.1	0.3	-5.79	0.26	0.78	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3091	398	4	0	0	0	0	logfile
✘	6TAR	10425	2025-02-11	2019-10-30	2.8	2.81	—	3.7	0.005	0.91	0.0	0.06	14.53	0.01	2.319	5.38	0.69	8.5	91.5	0.0	-3.91	0.62	0.81	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6715	820	5	0	0	0	0	logfile
✘	6R3Q	4719	2025-02-14	2019-03-20	3.4	3.77	—	3.5	0.011	1.24	0.0	0.07	12.61	0.01	2.080	5.88	0.58	6.7	93.3	0.0	-3.70	0.79	0.81	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9529	1182	3	0	2	0	0	logfile
✘	6ZD0	11172	2025-02-12	2020-06-13	4.6	4.62	2.80	3.7	0.004	0.91	0.0	0.05	7.55	0.00	2.207	10.05	0.00	10.1	89.8	0.1	-4.73	0.59	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7962	1611	6	0	0	0	0	logfile
✘	7KY9	23072	2025-02-14	2020-12-07	4.05	4.67	—	4.5	0.004	1.14	0.0	0.05	14.17	0.00	2.206	15.79	0.00	8.3	91.7	0.0	-1.25	0.67	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10354	1275	7	0	14	0	0	logfile
✘	7NSC	12564	2025-02-13	2021-03-05	3.3	3.46	3.32	3.4	0.005	0.71	0.0	0.04	14.50	0.00	1.732	9.65	0.10	8.3	91.7	0.0	-1.46	0.77	0.81	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9327	1230	4	0	0	0	0	logfile
✘	7STX	25438	2025-02-13	2021-11-15	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8611	1049	5	0	30	0	0	logfile
✘	7NKD	12438	2025-02-14	2021-02-17	3.12	3.57	—	3.2	0.003	0.45	0.0	0.04	14.50	0.00	2.134	6.59	0.00	1.7	98.3	0.0	2.45	0.85	0.81	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9555	643	8	0	0	0	4768	logfile
✘	7XGY	33189	2025-02-11	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	0	logfile
✘	6UXB	20932	2025-02-14	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	8DL7	27498	2025-02-12	2022-07-07	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6586	909	9	0	4	1	0	logfile
✘	7CFN	30345	2025-02-12	2020-06-27	3.0	3.32	—	3.3	0.008	1.04	0.0	0.06	10.75	0.01	1.979	7.47	0.12	2.6	97.4	0.0	-2.77	0.62	0.79	4.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8112	1031	6	0	4	1	0	logfile
✘	7SL9	25195	2025-02-11	2021-10-23	3.5	3.79	—	3.7	0.005	0.95	0.0	0.06	13.95	0.01	2.259	4.68	0.40	5.9	94.1	0.0	-6.01	0.64	0.82	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4712	619	3	0	1	0	0	logfile

• Page 1 of 13
• next →