Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6X0U	21984	2025-02-10	2020-05-17	3.6	3.62	—	3.6	0.004	0.62	0.0	0.04	14.50	0.00	2.277	5.74	0.00	3.7	96.1	0.3	-5.79	0.26	0.78	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3091	398	4	0	0	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2025-02-11	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	8EX5	28651	2025-02-10	2022-10-24	3.47	3.76	3.31	3.7	0.004	0.71	0.0	0.04	12.11	0.00	2.141	9.78	0.00	2.2	97.8	0.0	0.88	0.48	0.70	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3177	414	1	0	0	0	0	logfile
✘	8K18	36788	2025-02-11	2023-07-10	3.68	5.01	5.15	3.7	0.014	1.85	0.0	0.09	13.98	0.03	1.995	12.12	0.85	7.1	92.9	0.0	-1.91	0.53	0.34	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3246	414	3	0	0	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2025-02-10	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	7UGV	26497	2025-02-11	2022-03-25	2.94	3.59	2.94	3.4	0.003	0.57	0.0	0.04	9.13	0.00	2.111	3.29	0.00	0.7	99.3	0.0	2.34	0.50	0.85	4.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3107	418	2	0	3	0	0	logfile
✘	8UBW	42107	2025-02-12	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8QRV	18627	2025-02-10	2023-10-09	2.9	3.28	2.88	3.3	0.004	0.57	0.0	0.04	14.31	0.00	2.373	6.73	0.61	1.2	98.8	0.0	2.08	0.55	0.83	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3111	419	2	0	1	0	0	logfile
✘	8UBX	42108	2025-02-11	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	7K45	22660	2025-02-10	2020-09-14	3.7	3.90	3.76	3.9	0.014	1.42	0.0	0.08	9.35	0.01	2.568	0.35	0.00	2.2	97.8	0.0	0.92	0.79	0.78	4.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3038	419	4	0	2	0	0	logfile
✘	8GJN	40095	2025-02-11	2023-03-16	3.6	2.60	3.37	3.3	0.013	1.65	0.0	0.09	14.17	0.01	2.431	9.25	1.10	8.7	91.3	0.0	-2.73	0.60	0.68	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3319	421	4	0	1	0	0	logfile
✘	8H9K	34570	2025-02-11	2022-10-25	3.51	3.83	3.65	3.7	0.006	0.91	0.0	0.05	15.47	0.01	2.169	13.42	0.00	5.8	94.2	0.0	-2.34	0.39	0.77	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3381	421	3	0	0	0	0	logfile
✘	7WSC	32753	2025-02-11	2022-01-28	3.78	4.01	—	4.0	0.013	1.67	5.0	0.10	15.34	0.01	1.600	41.09	4.99	14.7	81.6	3.6	-4.09	0.65	0.78	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3369	422	4	0	2	0	0	logfile
✘	9C0i	45085	2025-02-12	2024-05-25	2.91	2.56	2.89	2.8	0.006	1.03	0.0	0.06	21.52	0.01	2.090	1.50	0.80	1.4	98.6	0.0	-0.39	0.67	0.89	5.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7676	425	5	197	2	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2025-02-11	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2025-02-11	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2025-02-11	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7YH6	33820	2025-02-11	2022-07-12	3.4	3.90	3.35	3.7	0.005	0.64	0.0	0.05	13.19	0.00	2.161	8.14	0.00	7.1	92.7	0.2	-0.87	0.66	0.86	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3343	430	4	0	1	0	0	logfile
✘	8XUU	38684	2025-02-11	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	7SWP	25478	2025-02-11	2021-11-20	3.8	3.74	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	12.87	0.01	2.202	40.14	0.00	12.1	87.9	0.0	-2.17	0.51	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3372	436	3	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 13
• next →