Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6DDE	7868	2025-02-13	2018-05-10	3.5	4.11	—	4.1	0.006	1.03	0.0	0.06	10.87	0.01	2.242	6.97	0.46	6.9	93.0	0.1	-3.56	0.72	0.74	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8489	1122	8	0	2	0	0	logfile
✘	7YPX	34017	2025-02-13	2022-08-04	3.12	4.18	3.16	3.7	0.004	0.57	0.0	0.04	10.61	0.00	2.092	12.71	0.00	3.7	96.3	0.0	-0.23	0.91	0.85	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8808	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	8HTT	35017	2025-02-11	2022-12-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3292	389	5	0	8	0	0	logfile
✘	6KPF	0744	2025-02-13	2019-08-15	2.9	3.03	—	3.0	0.007	0.91	0.0	0.05	14.93	0.01	2.215	5.40	0.00	4.4	95.4	0.2	-4.46	0.67	0.82	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8775	1135	6	0	1	0	0	logfile
✘	7oZV	13138	2025-02-13	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7XQi	33397	2025-02-13	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.030	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	7SWP	25478	2025-02-11	2021-11-20	3.8	3.74	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	12.87	0.01	2.202	40.14	0.00	12.1	87.9	0.0	-2.17	0.51	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3372	436	3	0	0	0	0	logfile
✘	7oZU	13135	2025-02-13	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7FJQ	31627	2025-02-12	2021-08-04	3.6	3.86	—	3.8	0.019	2.03	44.0	0.17	13.67	0.01	1.980	10.56	6.77	10.2	88.1	1.7	-3.67	0.64	0.75	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7086	973	2	0	1	0	0	logfile
✘	7XBD	33103	2025-02-13	2022-03-21	3.11	3.35	3.12	3.4	0.003	0.53	0.0	0.04	14.05	0.00	2.201	6.38	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.80	0.61	0.73	2.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8981	1153	6	0	0	0	0	logfile
✘	7N76	24221	2025-02-12	2021-06-09	2.9	3.57	2.96	3.3	0.005	0.64	0.0	0.07	12.16	0.00	2.074	5.80	0.00	3.3	96.7	0.0	0.22	0.70	0.83	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7399	1036	2	0	0	3	0	logfile
✘	7V6Z	31754	2025-02-12	2021-08-20	3.64	3.89	—	3.9	0.012	1.67	6.0	0.11	14.34	0.01	2.282	9.81	10.76	3.2	96.5	0.3	1.70	0.64	0.71	1.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7082	1008	3	0	6	0	0	logfile
✘	6oVH	20212	2025-02-14	2019-05-07	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10895	1272	36	0	68	171	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2025-02-14	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	14.79	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7Fii	31598	2025-02-14	2021-07-31	4.3	4.37	—	4.1	0.002	0.36	0.0	0.04	8.97	0.00	2.073	1.66	0.00	0.9	99.1	0.0	3.08	0.64	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8765	1522	6	0	0	0	0	logfile
✘	7LLL	23425	2025-02-13	2021-02-04	3.7	3.48	3.62	3.7	0.006	0.90	0.0	0.06	13.68	0.01	2.124	8.45	0.11	7.1	92.9	0.0	-4.22	0.68	0.82	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8940	1153	6	0	0	0	0	logfile
✘	7X5V	33016	2025-02-13	2022-03-05	2.83	3.04	—	3.1	0.007	0.87	1.0	0.05	14.75	0.01	1.891	19.22	1.40	5.7	94.3	0.0	-2.31	0.57	0.77	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9504	1176	5	0	0	0	0	logfile
✘	7F3T	31440	2025-02-11	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2025-02-12	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	6JBJ	9791	2025-02-13	2019-01-25	3.6	3.75	—	3.7	0.008	1.04	0.0	0.06	16.77	0.01	2.206	10.64	0.00	9.1	90.9	0.0	-6.19	0.65	0.83	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9166	1130	4	0	2	0	0	logfile

• Page 1 of 13
• next →