Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6XPE	22286	2025-02-11	2020-07-08	4.1	4.23	—	4.2	0.006	0.82	0.0	0.04	14.30	0.00	1.492	20.11	2.08	10.6	88.1	1.3	-5.36	0.60	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4292	554	4	0	8	0	0	logfile
✘	7DTD	30851	2025-02-14	2021-01-04	3.3	3.36	—	3.4	0.004	0.85	0.0	0.05	15.19	0.00	2.107	13.84	2.23	7.8	91.4	0.9	-3.18	0.52	0.71	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10190	1249	3	0	5	0	0	logfile
✘	8F7W	28911	2025-02-13	2022-11-20	3.19	3.44	3.14	3.4	0.004	0.80	0.0	0.06	8.29	0.01	2.282	3.96	0.10	1.9	98.1	0.0	-1.80	0.58	0.75	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9087	1145	7	0	5	0	0	logfile
✘	8A03	15046	2025-02-11	2022-05-26	3.2	3.30	3.21	3.3	0.002	0.44	0.0	0.04	14.18	0.00	2.399	3.41	0.00	2.4	97.6	0.0	0.63	0.51	0.84	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5511	717	3	0	0	0	0	logfile
✘	7DV5	30870	2025-02-13	2021-01-12	3.7	3.37	—	3.7	0.011	1.46	6.0	0.08	14.00	0.01	1.936	9.61	2.23	11.7	88.2	0.1	-6.60	0.63	0.79	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9319	1189	2	0	2	0	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2025-02-11	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile
✘	7VUY	32131	2025-02-13	2021-11-04	2.84	3.26	—	3.2	0.010	1.12	0.0	0.07	13.83	0.01	1.806	6.64	0.42	4.5	95.5	0.0	-1.74	0.62	0.81	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8708	1112	6	0	1	0	0	logfile
✘	7YG9	33812	2025-02-13	2022-07-11	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8630	0	4	404	8	0	0	logfile
✘	6JBJ	9791	2025-02-13	2019-01-25	3.6	3.75	—	3.7	0.008	1.04	0.0	0.06	16.77	0.01	2.206	10.64	0.00	9.1	90.9	0.0	-6.19	0.65	0.83	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9166	1130	4	0	2	0	0	logfile
✘	7V6Z	31754	2025-02-12	2021-08-20	3.64	3.89	—	3.9	0.012	1.67	6.0	0.11	14.34	0.01	2.282	9.81	10.76	3.2	96.5	0.3	1.70	0.64	0.71	1.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7082	1008	3	0	6	0	0	logfile
✘	6DDE	7868	2025-02-13	2018-05-10	3.5	4.11	—	4.1	0.006	1.03	0.0	0.06	10.87	0.01	2.242	6.97	0.46	6.9	93.0	0.1	-3.56	0.72	0.74	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8489	1122	8	0	2	0	0	logfile
✘	7YPX	34017	2025-02-13	2022-08-04	3.12	4.18	3.16	3.7	0.004	0.57	0.0	0.04	10.61	0.00	2.092	12.71	0.00	3.7	96.3	0.0	-0.23	0.91	0.85	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8808	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	8HTT	35017	2025-02-11	2022-12-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3292	389	5	0	8	0	0	logfile
✘	7PRo	13609	2025-02-13	2021-09-22	3.0	3.28	3.20	3.2	0.012	1.09	0.0	0.06	13.80	0.01	2.192	7.00	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.61	0.84	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7oZV	13138	2025-02-13	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7XQi	33397	2025-02-13	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.030	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	7SWP	25478	2025-02-11	2021-11-20	3.8	3.74	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	12.87	0.01	2.202	40.14	0.00	12.1	87.9	0.0	-2.17	0.51	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3372	436	3	0	0	0	0	logfile
✘	7oZU	13135	2025-02-13	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7FJQ	31627	2025-02-12	2021-08-04	3.6	3.86	—	3.8	0.019	2.03	44.0	0.17	13.67	0.01	1.980	10.56	6.77	10.2	88.1	1.7	-3.67	0.64	0.75	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7086	973	2	0	1	0	0	logfile
✘	5M5H	4155	2025-02-10	2016-10-21	4.5	2.29	—	2.2	0.007	1.50	0.0	0.08	12.37	0.01	2.186	39.89	0.00	8.7	88.9	2.4	-5.94	0.14	0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1086	132	1	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 13
• next →