Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9C4o	45192	2025-02-14	2024-06-04	1.99	2.17	2.04	2.2	0.004	0.65	0.0	0.04	16.53	0.00	2.208	5.77	0.18	1.7	98.3	0.0	-0.01	0.61	0.81	6.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10166	661	2	0	2	111	4883	logfile
✘	8BQV	16188	2025-02-12	2023-01-18	2.0	1.96	1.89	1.9	0.008	1.01	0.0	0.07	8.75	0.00	0.000	15.13	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.59	0.54	0.77	8.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1155	45	0	105	120	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2025-02-11	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile
✘	7XiB	33201	2025-02-12	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile
✘	8VBi	43126	2025-02-13	2023-12-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8514	944	4	38	3	0	0	logfile
✘	8CAQ	16532	2025-02-10	2023-01-24	2.3	2.91	2.61	2.7	0.007	1.18	0.0	0.07	12.14	0.01	2.606	1.37	1.52	5.5	94.5	0.0	-3.61	0.48	0.92	7.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2870	375	5	0	0	0	0	logfile
✘	8K69	36919	2025-02-12	2023-07-25	2.33	2.41	2.31	2.4	0.007	0.94	0.0	0.06	17.64	0.01	2.040	9.84	5.85	2.9	96.9	0.2	0.30	0.57	0.77	5.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7744	916	6	0	18	126	0	logfile
✘	7YGA	33813	2025-02-13	2022-07-11	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8692	0	4	407	8	0	0	logfile
✘	7TRP	26100	2025-02-13	2022-01-30	2.4	3.12	2.45	2.9	0.006	0.82	0.0	0.06	11.23	0.01	2.287	2.62	0.21	2.0	98.0	0.0	-0.43	0.75	0.88	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8681	1122	6	0	2	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2025-02-13	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile
✘	6UFR	20759	2025-02-11	2019-09-24	2.5	2.80	—	2.8	0.012	0.96	0.0	0.07	13.71	0.01	2.209	5.48	0.00	6.6	93.4	0.0	-1.99	0.50	0.87	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4420	630	20	0	0	90	0	logfile
✘	7XCK	33123	2025-02-14	2022-03-24	2.5	2.98	2.85	3.0	0.004	0.71	0.0	0.05	12.63	0.01	2.179	4.89	0.00	4.6	95.3	0.1	-0.89	0.61	0.81	4.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5488	704	4	0	3	0	0	logfile
✘	7T2G	25612	2025-02-12	2021-12-04	2.5	1.71	—	1.4	0.007	0.88	0.0	0.05	12.03	0.01	2.214	13.39	1.00	3.5	96.5	0.0	0.61	0.80	0.81	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6922	898	5	0	3	8	0	logfile
✘	8UBX	42108	2025-02-11	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	7Xi9	33200	2025-02-12	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	8H87	34531	2025-02-12	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8H86	34530	2025-02-12	2022-10-21	2.56	2.71	2.58	2.7	0.014	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile
✘	9B3K	44143	2025-02-12	2024-03-19	2.56	2.75	2.56	2.9	0.004	0.59	0.0	0.04	17.05	0.00	2.195	8.40	4.35	3.6	96.4	0.0	1.63	0.69	0.85	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6063	797	3	0	0	0	0	logfile
✘	8UBW	42107	2025-02-12	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	9BKJ	44642	2025-02-11	2024-04-29	2.59	2.90	2.70	2.9	0.005	0.75	0.0	0.05	12.93	0.00	2.260	9.17	0.71	2.0	97.8	0.2	1.02	0.61	0.68	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6795	891	6	0	1	0	0	logfile

• Page 1 of 13
• next →