Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7Z8V	14564	2024-06-29	2022-03-18	2.7	2.20	2.73	1.9	0.003	0.51	0.0	0.04	13.97	0.00	1.989	4.21	0.00	1.7	98.3	0.0	1.51	0.80	0.81	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18313	2417	6	0	3	0	0	logfile
✘	7X8A	33056	2024-06-28	2022-03-11	2.8	3.34	2.83	3.2	0.003	0.53	0.0	0.04	15.01	0.00	2.145	9.18	0.00	5.5	94.4	0.1	0.22	0.79	0.83	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16031	1940	4	33	4	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2024-06-26	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7X6Q	33025	2024-06-26	2022-03-08	4.5	4.41	4.61	4.3	0.009	0.73	0.0	0.06	9.96	0.00	2.197	0.93	0.01	3.2	96.7	0.2	-0.87	0.78	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64472	8440	16	0	0	0	0	logfile
✘	7U6V	26381	2024-06-28	2022-03-06	4.1	3.17	4.21	6.8	0.002	0.52	0.0	0.04	13.79	0.00	1.948	13.74	1.57	4.7	95.3	0.0	-0.16	0.64	0.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9997	637	14	0	0	23	4901	logfile
✘	7Z37	14472	2024-06-28	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Z10	14436	2024-06-27	2022-02-24	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12574	1556	13	0	9	0	0	logfile
✘	7YZP	14393	2024-06-29	2022-02-21	4.0	4.15	4.02	4.0	0.003	0.62	1.0	0.04	17.72	0.00	1.593	8.32	0.00	4.2	95.8	0.0	0.73	0.83	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14107	1633	9	59	8	0	0	logfile
✘	7U1Q	26303	2024-06-30	2022-02-21	3.9	4.05	—	4.0	0.003	0.58	0.0	0.04	19.08	0.00	2.228	6.87	0.00	6.6	93.4	0.0	-1.11	0.53	0.75	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21013	2791	11	0	25	0	0	logfile
✘	7YZK	14389	2024-06-28	2022-02-20	3.57	2.84	3.44	3.9	0.004	0.68	0.0	0.04	13.49	0.01	1.698	8.76	0.77	1.2	98.2	0.6	0.96	0.62	0.69	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15144	990	6	0	6	0	7522	logfile
✘	7WZ3	32903	2024-06-25	2022-02-16	4.1	3.52	—	3.4	0.003	0.58	0.0	0.04	11.64	0.00	2.022	2.41	0.06	2.8	97.2	0.0	-4.27	0.62	0.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58551	7652	22	0	6	0	0	logfile
✘	7WY8	32887	2024-06-25	2022-02-15	2.83	2.24	—	2.0	0.007	0.81	0.0	0.05	12.03	0.01	2.220	1.00	0.00	4.1	95.9	0.0	-0.39	0.76	0.76	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8049	1015	5	0	0	0	0	logfile
✘	7WVW	32860	2024-06-25	2022-02-11	3.1	3.26	—	3.2	0.002	0.50	0.0	0.04	13.51	0.00	2.197	9.35	0.00	1.5	98.5	0.0	0.78	0.62	0.77	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7169	924	5	0	0	0	0	logfile
✘	7R5M	14331	2024-06-27	2022-02-11	3.3	3.09	3.20	3.2	0.006	0.94	0.0	0.06	14.64	0.00	2.411	1.26	0.80	4.6	95.4	0.0	-0.79	0.70	0.80	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11295	1491	9	0	0	0	0	logfile
✘	7R46	14277	2024-06-28	2022-02-08	2.4	2.44	—	2.5	0.008	0.81	0.0	0.85	16.85	0.01	1.964	3.47	0.01	2.9	97.1	0.0	0.30	0.70	0.90	5.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67614	8100	113	0	51	859	0	logfile
✘	7WU3	32818	2024-06-25	2022-02-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7877	1013	5	0	1	0	0	logfile
✘	7WU4	32819	2024-06-25	2022-02-05	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6887	888	4	0	2	0	0	logfile
✘	7WU5	32820	2024-06-25	2022-02-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6948	888	4	0	2	0	0	logfile
✘	7WTG	32785	2024-06-24	2022-02-04	3.8	3.93	—	3.9	0.006	1.20	0.0	0.07	14.44	0.01	2.297	4.61	0.00	9.1	90.9	0.0	-2.94	0.67	0.73	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3318	425	3	0	0	0	0	logfile
✘	7R1D	14239	2024-06-24	2022-02-02	3.5	3.51	—	3.5	0.005	0.80	0.0	0.05	13.61	0.01	2.097	17.88	0.00	7.1	92.9	0.0	-1.31	0.77	0.79	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5183	653	3	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 18 of 36
• next →