Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7UGN	26490	2024-09-30	2022-03-25	3.4	3.60	3.35	3.4	0.004	0.65	0.0	0.19	15.93	0.01	0.844	6.76	0.11	4.5	95.5	0.0	-3.47	0.83	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25698	3150	49	0	87	0	0	logfile
✘	5AJ3	2913	2024-09-27	2015-02-20	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66363	4665	49	1102	1006	118	0	logfile
✘	6SWC	10322	2024-09-28	2019-09-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70744	4519	49	1593	41	42	0	logfile
✘	4CE4	2490	2024-09-27	2013-11-08	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	48	1437	984	0	0	logfile
✘	8GJE	40088	2024-09-29	2023-03-15	3.4	3.94	3.46	3.8	0.007	1.06	0.0	0.07	14.03	0.01	1.626	1.63	0.29	2.4	97.6	0.0	1.00	0.79	0.83	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20613	2379	48	0	129	0	0	logfile
✘	6VFi	21173	2024-09-25	2020-01-05	4.54	4.63	4.96	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.023	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58488	7560	48	0	0	0	0	logfile
✘	6SW9	10320	2024-09-28	2019-09-20	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	48	1593	41	42	0	logfile
✘	6G90	4364	2024-09-27	2018-04-10	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65050	6796	48	474	223	0	0	logfile
✘	6ZXG	11520	2024-09-30	2020-07-29	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79865	5625	47	1651	135	0	0	logfile
✘	6KS6	0758	2024-09-27	2019-08-23	2.99	3.11	—	3.1	0.002	0.49	0.0	0.04	8.47	0.00	2.071	8.81	0.01	3.4	96.4	0.2	-3.34	0.59	0.68	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65514	8502	46	0	46	14	0	logfile
✘	8EJJ	28184	2024-09-27	2022-09-16	3.22	3.73	3.20	3.6	0.024	1.80	0.0	0.15	13.95	0.01	2.394	1.97	0.00	2.8	97.2	0.0	0.28	0.83	0.84	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14862	1743	46	0	87	0	0	logfile
✘	8RT8	19482	2024-09-25	2024-01-25	3.05	4.11	3.09	3.4	0.006	0.81	0.0	0.05	13.74	0.01	1.973	17.21	0.07	3.8	96.2	0.0	-0.89	0.79	0.86	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55802	7184	46	0	0	0	0	logfile
✘	7PWF	13680	2024-09-26	2021-10-06	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60466	3965	45	1355	303	0	0	logfile
✘	8RAS	19023	2024-09-25	2023-12-01	2.62	2.31	—	1.7	0.003	0.51	0.0	0.04	17.48	0.00	1.980	7.95	0.93	3.1	96.9	0.1	0.61	0.78	0.80	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57315	6830	45	81	4	254	0	logfile
✘	6PW6	20500	2024-09-27	2019-07-22	4.5	4.56	4.36	4.5	0.022	1.83	0.0	0.11	13.61	0.01	2.200	1.61	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	8BQV	16188	2024-09-24	2023-01-18	2.0	1.96	1.89	1.9	0.008	1.01	0.0	0.07	8.75	0.00	0.000	15.13	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.59	0.54	0.77	8.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1155	45	0	105	120	0	logfile
✘	6ZXH	11521	2024-09-30	2020-07-29	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76979	5195	45	1651	135	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2024-09-28	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.91	—	—	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3.24	—	—	—	1.40	20475	2720	45	0	0	0	0	logfile
✘	5A2Q	3019	2024-09-30	2015-05-21	3.9	4.01	—	3.9	0.008	1.23	0.0	0.05	24.76	0.01	1.830	13.38	12.93	4.3	95.5	0.2	-3.44	0.89	0.88	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80749	4931	45	1922	115	144	0	logfile
✘	8CSS	26969	2024-09-28	2022-05-13	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67466	6062	44	847	46	104	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →