Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ND4	0441	2024-09-27	2018-12-13	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63993	9225	37	551	1306	0	0	logfile
✘	5AJ3	2913	2024-09-27	2015-02-20	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66363	4665	49	1102	1006	118	0	logfile
✘	4CE4	2490	2024-09-27	2013-11-08	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	48	1437	984	0	0	logfile
✘	8TUG	41623	2024-09-27	2023-08-16	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65461	3748	22	103	512	0	31025	logfile
✘	8TVS	41650	2024-09-25	2023-08-18	4.4	4.59	4.48	4.1	0.004	0.77	0.0	0.05	15.19	0.00	1.713	10.23	0.00	4.5	95.5	0.1	-0.62	0.83	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56913	3697	22	104	443	0	24971	logfile
✘	8TVQ	41648	2024-09-26	2023-08-18	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57734	3424	20	100	443	0	26880	logfile
✘	8TVP	41647	2024-09-27	2023-08-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63938	3748	22	103	443	0	29847	logfile
✘	6E11	8952	2024-09-26	2018-07-08	4.23	4.35	—	4.2	0.007	1.11	6.0	0.06	10.08	0.01	1.079	10.29	0.49	7.9	91.8	0.3	-4.77	0.79	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57401	6820	34	0	373	0	0	logfile
✘	7PWF	13680	2024-09-26	2021-10-06	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60466	3965	45	1355	303	0	0	logfile
✘	7L8Y	23240	2024-09-27	2021-01-01	4.2	4.30	4.00	4.2	0.021	1.67	1.0	0.14	11.27	0.02	2.188	2.09	0.00	2.4	97.6	0.0	1.02	0.71	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15903	1739	27	0	292	0	0	logfile
✘	5ZCS	6913	2024-09-24	2018-02-20	4.9	5.50	—	6.9	0.003	0.77	0.0	0.05	9.66	0.01	2.281	3.31	0.05	5.6	94.3	0.1	-5.28	0.85	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49176	6644	10	0	278	0	0	logfile
✘	8BQW	16189	2024-09-27	2023-01-18	2.3	2.12	2.14	2.2	0.008	1.14	0.0	0.07	8.96	0.00	0.052	12.77	0.00	9.6	90.4	0.0	-3.78	0.46	0.75	7.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17385	2310	90	0	270	135	0	logfile
✘	6G90	4364	2024-09-27	2018-04-10	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65050	6796	48	474	223	0	0	logfile
✘	8J1Z	35939	2024-09-30	2023-04-13	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79520	2835	57	2632	210	664	0	logfile
✘	6MN7	9166	2024-09-29	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	6UQK	20849	2024-09-24	2019-10-20	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51567	8032	20	0	188	0	0	logfile
✘	7NAX	12251	2024-09-24	2021-01-25	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51345	2342	22	1526	182	0	0	logfile
✘	4V19	2787	2024-09-28	2014-09-25	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69409	4361	42	1583	171	204	0	logfile
✘	7BoH	12243	2024-09-24	2021-01-25	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52154	2445	25	1527	157	0	0	logfile
✘	7BoE	12240	2024-09-24	2021-01-25	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51969	2400	23	1534	153	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →