Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7VC4	31888	2024-09-27	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7K57	22676	2024-09-28	2020-09-16	3.7	4.17	3.78	4.0	0.007	1.03	0.0	0.06	15.81	0.01	2.107	6.10	0.94	5.9	94.1	0.0	-4.46	0.85	0.83	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70104	8892	12	0	0	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2024-09-29	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	6NY3	8980	2024-09-25	2019-02-10	3.7	4.08	—	4.0	0.009	1.13	0.0	0.06	22.55	0.01	2.251	4.71	0.33	16.9	82.5	0.6	-5.86	0.76	0.84	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10214	794	6	164	121	0	0	logfile
✘	8DW3	27750	2024-09-25	2022-07-30	4.26	4.66	4.43	4.4	0.013	0.95	0.0	0.05	17.59	0.01	1.895	15.23	0.10	5.7	94.2	0.1	-0.89	0.75	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9351	1223	7	0	3	0	0	logfile
✘	9AYX	44001	2024-09-30	2024-03-08	3.0	3.22	3.09	3.3	0.004	0.71	0.0	0.05	13.83	0.01	2.313	3.10	0.00	4.0	96.0	0.0	-1.09	0.66	0.79	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24813	3123	6	0	30	0	0	logfile
✘	6LQH	0945	2024-09-27	2020-01-13	2.94	3.06	2.73	3.0	0.008	0.83	0.0	0.05	17.09	0.00	2.268	12.84	9.05	9.3	90.7	0.0	-2.73	0.72	0.85	3.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16623	2160	18	0	0	0	0	logfile
✘	7F3T	31440	2024-09-23	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	6VXZ	21453	2024-09-26	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.07	0.0	0.06	23.66	0.01	1.959	12.61	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	5LMQ	4076	2024-09-25	2016-08-01	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55841	2635	29	1612	66	0	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2024-09-24	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	7Y80	33676	2024-09-25	2022-06-22	2.71	2.92	2.77	3.0	0.005	0.90	3.0	0.05	20.87	0.01	2.031	8.90	3.77	1.8	98.2	0.0	-1.49	0.59	0.75	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10572	1218	3	35	5	0	0	logfile
✘	7XCT	33127	2024-09-29	2022-03-25	2.72	3.02	—	3.0	0.012	1.11	0.0	0.06	22.81	0.01	2.220	3.84	0.59	5.3	94.3	0.4	-5.11	0.73	0.82	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18633	1575	16	290	2	0	0	logfile
✘	7N0L	24108	2024-09-23	2021-05-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2024-09-29	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	7T02	25577	2024-09-27	2021-11-29	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1752	4	25	5	0	0	logfile
✘	7FFL	31568	2024-09-30	2021-07-23	3.1	3.25	—	3.2	0.007	0.96	4.0	0.07	9.55	0.01	2.092	5.13	0.35	6.7	93.2	0.2	-3.39	0.46	0.81	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25767	3336	18	0	3	0	0	logfile
✘	7L1U	23118	2024-09-24	2020-12-15	3.2	3.71	—	3.7	0.011	1.00	0.0	0.06	13.51	0.01	2.202	3.03	0.78	3.6	96.4	0.0	-3.21	0.67	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8723	1148	7	0	1	0	0	logfile
✘	7XiB	33201	2024-09-24	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile
✘	7TKT	25981	2024-09-26	2022-01-17	3.6	3.75	3.75	3.7	0.007	1.26	0.0	0.04	21.05	0.01	2.224	6.30	0.00	4.7	95.3	0.0	0.63	0.72	0.81	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13252	1560	8	0	56	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →