Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XNo	33321	2024-09-27	2022-04-29	2.54	2.96	2.54	2.8	0.002	0.53	0.0	0.04	12.89	0.00	2.215	5.72	0.12	4.5	95.4	0.1	1.92	0.69	0.85	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15888	2085	15	0	3	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-09-24	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	6SWC	10322	2024-09-28	2019-09-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70744	4519	49	1593	41	42	0	logfile
✘	6SWE	10324	2024-09-29	2019-09-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1523	21	486	9	18	0	logfile
✘	8F4R	28857	2024-09-29	2022-11-11	3.06	3.36	3.18	3.3	0.004	0.56	0.0	0.04	11.50	0.00	2.212	7.54	3.22	1.2	98.7	0.0	1.85	0.75	0.81	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23675	3097	4	0	1	0	0	logfile
✘	6SW9	10320	2024-09-28	2019-09-20	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	48	1593	41	42	0	logfile
✘	7BH9	12187	2024-09-23	2021-01-11	2.9	3.58	2.91	3.4	0.007	0.77	0.0	0.05	13.18	0.00	2.021	5.17	0.33	4.9	95.1	0.0	-3.10	0.85	0.88	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5876	730	3	0	4	0	0	logfile
✘	6UQK	20849	2024-09-24	2019-10-20	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51567	8032	20	0	188	0	0	logfile
✘	7XC6	33113	2024-09-27	2022-03-23	2.79	2.93	2.77	3.0	0.006	0.72	0.0	0.05	17.67	0.00	2.003	7.10	7.75	7.1	92.9	0.0	-2.40	0.63	0.67	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16176	2026	5	0	0	0	0	logfile
✘	8E70	27932	2024-09-29	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	7EWP	31360	2024-09-30	2021-05-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20179	1816	4	0	0	0	6804	logfile
✘	7DNY	30790	2024-09-25	2020-12-11	3.4	4.13	—	4.0	0.009	1.25	1.0	0.07	15.29	0.01	2.203	9.38	1.04	5.4	94.6	0.0	-1.83	0.56	0.74	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9221	1146	4	0	6	0	0	logfile
✘	8DEV	27400	2024-09-30	2022-06-21	3.08	3.33	3.11	3.3	0.006	0.91	0.0	0.04	16.80	0.00	1.991	18.31	0.16	4.3	95.7	0.0	0.81	0.76	0.85	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24245	3131	8	0	25	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2024-09-23	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	2	0	1	0	231	logfile
✘	7AoD	11841	2024-09-26	2020-10-14	4.5	4.61	—	4.5	0.007	0.89	0.0	0.05	14.84	0.01	1.858	27.36	1.95	10.7	88.9	0.3	-4.20	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59256	7466	34	0	12	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2024-09-25	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.12	—	—	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.71	—	—	—	2.05	10791	1397	4	0	2	0	0	logfile
✘	8CQC	16795	2024-09-24	2023-03-05	2.82	2.92	2.78	3.0	0.006	0.72	0.0	0.04	10.91	0.00	2.406	6.26	0.34	2.0	98.0	0.0	0.69	0.60	0.80	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8735	1085	15	0	5	30	0	logfile
✘	8ADi	15363	2024-09-29	2022-07-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23152	1505	6	0	0	0	11364	logfile
✘	7WVF	32852	2024-09-26	2022-02-10	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14249	1546	5	46	46	0	0	logfile
✘	7C2K	30275	2024-09-25	2020-05-07	2.93	3.24	3.00	3.1	0.007	0.67	0.0	0.04	15.54	0.00	2.256	7.20	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.91	0.78	0.89	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10692	1256	8	31	3	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →