Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ZAH	14580	2024-09-28	2022-03-22	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69366	4289	59	1596	70	379	0	logfile
✘	7WV5	32846	2024-09-26	2022-02-09	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12958	1318	16	46	80	0	0	logfile
✘	7YQ4	34019	2024-09-25	2022-08-05	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10618	1243	5	24	0	0	0	logfile
✘	7XG0	33181	2024-09-28	2022-04-02	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19893	2280	12	118	1	0	0	logfile
✘	7KC0	22803	2024-09-28	2020-10-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19553	2334	10	47	4	0	0	logfile
✘	6VL6	21231	2024-09-29	2020-01-22	4.6	5.00	4.54	4.6	0.019	1.46	0.0	0.09	11.38	0.01	2.431	0.59	0.00	0.9	99.1	0.0	0.45	0.87	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21504	2640	24	0	0	0	0	logfile
✘	7YQ5	34020	2024-09-26	2022-08-05	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1673	5	24	0	0	0	logfile
✘	7ZHG	14731	2024-09-26	2022-04-06	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64278	3601	69	1533	96	2083	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-09-24	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	8CYi	27078	2024-09-27	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile
✘	7WV3	32844	2024-09-30	2022-02-09	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25386	2672	18	80	124	0	0	logfile
✘	6RE8	4845	2024-09-24	2019-04-12	3.8	3.75	—	3.8	0.006	0.86	0.0	0.05	14.61	0.01	1.985	5.76	0.21	4.3	95.5	0.2	-4.12	0.67	0.81	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	7YJN	33875	2024-09-24	2022-07-20	3.4	3.63	3.43	3.6	0.019	1.74	21.0	0.13	15.89	0.01	1.776	26.04	8.37	11.1	87.0	1.9	-2.39	0.70	0.83	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8528	1095	6	0	1	0	0	logfile
✘	6RE5	4842	2024-09-25	2019-04-12	3.2	3.28	—	3.3	0.010	0.94	0.0	0.06	14.50	0.01	2.163	5.75	0.27	4.8	95.0	0.2	-3.94	0.72	0.85	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	6RD8	4809	2024-09-27	2019-04-12	3.08	3.22	3.08	3.2	0.008	0.90	0.0	0.05	14.78	0.01	1.790	6.40	0.45	2.3	97.5	0.1	-2.59	0.58	0.86	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17312	2309	26	0	1	18	0	logfile
✘	6RD9	4810	2024-09-25	2019-04-12	3.0	3.00	—	3.1	0.014	1.11	0.0	0.07	14.33	0.01	1.876	6.07	0.69	4.7	95.0	0.2	-5.13	0.71	0.84	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53776	7103	41	0	11	28	0	logfile
✘	7QTQ	14145	2024-09-25	2022-01-15	3.3	3.53	—	3.4	0.008	0.83	4.0	0.06	15.29	0.01	2.045	9.61	0.20	10.6	89.4	0.0	-2.27	0.72	0.82	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54960	3577	10	0	24	0	26827	logfile
✘	7UoP	26652	2024-09-27	2022-04-13	2.8	3.24	2.81	3.1	0.004	0.59	0.0	0.05	12.28	0.00	2.126	2.36	1.02	2.4	97.6	0.0	0.45	0.81	0.83	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15702	2010	12	0	12	0	0	logfile
✘	6XS6	22301	2024-09-28	2020-07-15	3.7	2.21	—	2.2	0.004	0.83	0.0	0.05	14.26	0.01	2.240	4.49	0.00	6.1	93.9	0.0	-1.99	0.57	0.59	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18294	2357	3	0	0	0	0	logfile
✘	7SPB	24769	2024-09-26	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.19	—	—	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.89	—	—	—	2.08	57408	7488	78	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →