Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7YSH	34075	2024-09-26	2022-08-12	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12480	1525	7	0	11	0	0	logfile
✘	7YSU	34082	2024-09-26	2022-08-13	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12430	1521	7	0	12	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2024-09-29	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	6ACC	9588	2024-09-30	2018-07-26	3.6	3.90	—	3.8	0.005	0.95	1.0	0.06	9.62	0.01	2.139	6.04	0.43	12.0	87.4	0.6	-4.74	0.69	0.73	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24906	3195	3	0	0	0	0	logfile
✘	7RAS	24385	2024-09-28	2021-07-02	3.64	4.18	—	4.1	0.010	1.33	0.0	0.05	11.93	0.01	2.283	4.29	1.11	6.3	93.2	0.5	-6.09	0.67	0.82	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20000	2440	8	0	8	0	0	logfile
✘	7F9W	31499	2024-09-23	2021-07-05	3.2	3.72	—	3.6	0.005	0.68	0.0	0.04	12.99	0.00	2.114	9.28	0.63	4.5	95.5	0.0	0.24	0.76	0.80	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4217	547	3	0	0	0	0	logfile
✘	7UAQ	26430	2024-09-23	2022-03-13	3.1	3.91	2.90	3.7	0.006	1.19	2.0	0.07	13.13	0.01	2.101	25.20	0.22	11.5	88.5	0.0	-2.56	0.57	0.74	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4362	533	8	0	10	0	0	logfile
✘	6VFi	21173	2024-09-25	2020-01-05	4.54	4.63	4.96	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.023	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58488	7560	48	0	0	0	0	logfile
✘	7ZFW	14704	2024-09-26	2022-04-01	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13188	0	1	615	0	0	0	logfile
✘	6CNo	7539	2024-09-27	2018-03-08	4.7	4.91	—	4.8	0.006	1.03	0.0	0.05	9.24	0.01	1.936	5.57	0.26	3.5	96.5	0.0	-2.70	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15428	2024	12	0	12	0	0	logfile
✘	9AVG	43901	2024-09-27	2024-03-02	3.6	2.11	—	1.8	0.005	0.69	0.0	0.04	12.94	0.01	2.112	8.93	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.83	0.76	0.75	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17498	2210	13	0	25	0	0	logfile
✘	6X2C	22001	2024-09-29	2020-05-20	3.2	3.70	3.21	3.6	0.013	1.81	6.0	0.09	13.39	0.02	2.550	0.20	3.17	5.3	94.4	0.3	-1.74	0.79	0.81	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22800	2913	3	0	0	0	0	logfile
✘	7T6X	25730	2024-09-25	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	1.97	0.0	0.13	15.96	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7YQ6	34021	2024-09-27	2022-08-05	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13990	1592	4	48	0	0	0	logfile
✘	5oYB	3860	2024-09-26	2017-09-08	3.75	3.87	3.90	3.8	0.007	1.18	8.0	0.10	12.85	0.01	1.771	8.87	3.12	7.6	92.4	0.0	-3.98	0.65	0.84	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11770	1436	4	0	4	0	0	logfile
✘	7TAP	25780	2024-09-29	2021-12-21	2.8	3.00	—	3.0	0.013	1.47	4.0	0.07	15.28	0.01	2.225	8.19	1.37	1.3	98.6	0.1	0.26	0.64	0.81	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22520	2915	22	0	8	0	0	logfile
✘	7AiP	11801	2024-09-26	2020-09-28	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13535	1734	10	0	14	4	0	logfile
✘	7RWA	24712	2024-09-27	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7LWL	23549	2024-09-30	2021-03-01	2.84	3.04	—	3.0	0.013	1.79	2.0	0.10	12.81	0.01	2.505	0.04	0.53	4.2	95.6	0.2	-0.78	0.72	0.83	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23847	3003	6	0	30	0	0	logfile
✘	7YGA	33813	2024-09-24	2022-07-11	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8692	0	4	407	8	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →