Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7X76	33033	2024-09-27	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	5A2Q	3019	2024-09-30	2015-05-21	3.9	4.01	—	3.9	0.008	1.23	0.0	0.05	24.76	0.01	1.830	13.38	12.93	4.3	95.5	0.2	-3.44	0.89	0.88	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80749	4931	45	1922	115	144	0	logfile
✘	7KEJ	22839	2024-09-26	2020-10-11	3.8	3.55	—	3.6	0.021	1.73	0.0	0.11	11.82	0.01	1.201	0.59	0.00	0.4	99.6	0.0	1.20	0.82	0.84	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13806	1740	18	0	24	0	0	logfile
✘	7Y5A	33614	2024-09-30	2022-06-16	3.5	4.25	3.40	3.6	0.003	0.60	0.0	0.04	15.01	0.00	1.986	6.54	0.04	2.7	97.3	0.0	0.45	0.90	0.85	1.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23975	3164	12	0	10	0	0	logfile
✘	5GW4	9540	2024-09-27	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	6PZA	20530	2024-09-25	2019-07-31	3.74	3.92	—	3.9	0.008	1.06	0.0	0.06	11.13	0.01	2.252	3.22	0.00	8.0	92.0	0.0	-4.29	0.51	0.50	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9659	1441	3	0	2	0	0	logfile
✘	5GW5	9541	2024-09-26	2016-09-08	4.6	4.75	—	4.7	0.002	0.58	0.0	0.04	7.37	0.00	2.136	6.87	0.01	4.5	95.4	0.1	-3.73	0.74	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	7EWL	31351	2024-09-26	2021-05-25	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13784	994	2	0	0	0	6756	logfile
✘	6HZ5	0311	2024-09-28	2018-10-22	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6HZ8	0314	2024-09-28	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6HZ9	0315	2024-09-28	2018-10-22	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6HZ6	0312	2024-09-28	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6HZ7	0313	2024-09-28	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	7S9V	24938	2024-09-26	2021-09-21	3.3	3.25	—	3.4	0.007	0.86	0.0	0.05	13.96	0.01	2.257	2.04	0.00	5.1	94.9	0.0	-1.75	0.83	0.82	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14286	1825	3	0	1	0	0	logfile
✘	7MR3	23955	2024-09-29	2021-05-07	3.6	4.01	—	3.9	0.005	0.83	0.0	0.05	16.47	0.01	2.250	5.33	0.00	6.5	93.5	0.0	-1.62	0.83	0.82	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23615	2854	5	40	0	0	0	logfile
✘	6K0A	30036	2024-09-29	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.003	0.70	0.0	0.04	22.49	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	8DBE	27281	2024-09-27	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14982	1896	18	0	30	42	0	logfile
✘	7RFH	24442	2024-09-25	2021-07-14	3.7	3.44	—	3.5	0.013	1.86	36.0	0.10	16.78	0.01	2.192	5.28	2.73	8.7	90.2	1.1	-3.02	0.54	0.77	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55141	3595	16	0	16	0	27603	logfile
✘	7KY9	23072	2024-09-25	2020-12-07	4.05	4.67	—	4.5	0.004	1.14	0.0	0.05	14.17	0.00	2.206	15.79	0.00	8.3	91.7	0.0	-1.25	0.67	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10354	1275	7	0	14	0	0	logfile
✘	6UXB	20932	2024-09-25	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →