Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6PCS	20306	2024-09-28	2019-06-18	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72169	967	8	3015	1	0	0	logfile
✘	6PCT	20307	2024-09-28	2019-06-18	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72198	964	8	3015	1	0	0	logfile
✘	6PCH	20300	2024-09-28	2019-06-17	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72134	964	8	3015	1	0	0	logfile
✘	6PCQ	20304	2024-09-28	2019-06-18	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72125	963	8	3015	1	0	0	logfile
✘	7Q3L	13793	2024-09-29	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.89	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	8SXA	40829	2024-09-28	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8HMZ	34905	2024-09-26	2022-12-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11542	1367	9	82	6	0	0	logfile
✘	8EJJ	28184	2024-09-27	2022-09-16	3.22	3.73	3.20	3.6	0.024	1.80	0.0	0.15	13.95	0.01	2.394	1.97	0.00	2.8	97.2	0.0	0.28	0.83	0.84	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14862	1743	46	0	87	0	0	logfile
✘	8F7C	28902	2024-09-27	2022-11-18	3.92	4.16	3.93	4.2	0.002	0.52	0.0	0.04	13.95	0.00	1.675	4.95	0.00	3.2	96.8	0.0	0.02	0.64	0.82	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15925	2009	7	0	0	0	0	logfile
✘	7RBU	24402	2024-09-23	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.81	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	8D85	27247	2024-09-24	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	19.55	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	7Yi4	33851	2024-09-30	2022-07-14	3.96	8.09	3.85	2.7	0.004	0.61	0.0	0.04	23.49	0.00	2.041	12.68	0.10	3.9	96.1	0.0	1.12	0.85	0.82	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25351	2359	18	302	5	0	0	logfile
✘	8A8J	15231	2024-09-23	2022-06-23	3.1	3.35	3.16	3.3	0.005	0.71	0.0	0.04	19.60	0.00	2.009	4.14	0.19	4.4	95.6	0.0	0.13	0.72	0.84	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6159	682	6	38	4	0	0	logfile
✘	8DZP	27804	2024-09-24	2022-08-08	2.71	2.09	2.70	1.9	0.004	0.68	0.0	0.05	13.62	0.01	2.216	5.26	0.11	3.6	96.4	0.0	-0.46	0.78	0.78	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8657	1120	6	0	1	0	0	logfile
✘	8P3X	17398	2024-09-27	2023-05-18	3.36	3.85	3.33	3.6	0.013	1.66	2.0	0.11	14.28	0.01	2.232	7.73	1.68	4.4	95.4	0.2	-1.65	0.62	0.66	1.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17035	2293	8	0	0	0	0	logfile
✘	7YiY	33866	2024-09-25	2022-07-18	2.7	2.84	2.66	2.8	0.008	0.98	0.0	0.06	16.23	0.01	2.205	6.16	4.77	5.2	94.2	0.6	-1.48	0.71	0.87	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9257	1164	7	0	2	0	0	logfile
✘	8X2L	38016	2024-09-24	2023-11-09	2.99	2.32	2.96	3.0	0.006	0.80	0.0	0.05	13.83	0.01	2.102	3.36	0.14	2.6	97.4	0.0	-0.31	0.74	0.76	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7099	885	6	0	9	1	0	logfile
✘	8SL0	40570	2024-09-23	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8D2X	27153	2024-09-24	2022-05-30	3.4	3.58	3.42	3.5	0.012	1.40	0.0	0.06	30.54	0.01	2.260	6.47	0.34	6.7	93.2	0.1	-1.77	0.70	0.78	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6813	864	4	0	14	4	0	logfile
✘	7XG0	33181	2024-09-28	2022-04-02	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19893	2280	12	118	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →