Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8JWi	36684	2024-09-25	2023-06-29	2.94	3.38	3.21	3.4	0.005	0.81	0.0	0.04	9.61	0.00	2.035	1.42	0.00	6.7	93.3	0.0	-3.73	0.65	0.78	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9431	1164	2	0	4	0	0	logfile
✘	8H87	34531	2024-09-24	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8KA8	37006	2024-09-24	2023-08-02	2.96	2.36	3.03	2.2	0.003	0.64	0.0	0.04	13.59	0.00	2.017	5.93	0.15	6.2	93.8	0.0	-0.68	0.79	0.79	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6481	790	5	0	7	0	0	logfile
✘	8iP9	35635	2024-09-29	2023-03-14	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73028	4393	41	1773	86	0	0	logfile
✘	8DUL	27722	2024-09-26	2022-07-27	4.17	4.34	4.24	4.7	0.005	1.04	0.0	0.07	13.09	0.02	2.317	6.11	0.06	5.3	94.7	0.0	-2.03	0.56	0.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14203	1802	15	0	10	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2024-09-23	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	7YSW	34084	2024-09-26	2022-08-13	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12407	1517	7	0	12	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2024-09-23	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	3A5X	1641	2024-09-23	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2024-09-23	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8JMM	36423	2024-09-28	2023-06-05	3.75	8.01	3.82	3.2	0.002	0.50	0.0	0.04	8.68	0.00	2.196	6.60	3.80	3.7	96.3	0.0	-3.47	0.68	0.41	0.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70631	9100	18	0	0	0	0	logfile
✘	8H4L	34480	2024-09-24	2022-10-10	3.07	2.31	3.09	3.0	0.007	0.90	0.0	0.05	12.79	0.01	2.069	4.07	0.23	4.4	95.6	0.0	-0.34	0.77	0.81	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8171	1059	6	0	1	0	0	logfile
✘	7YVU	34138	2024-09-25	2022-08-19	3.2	2.47	3.22	2.2	0.004	0.64	0.0	0.05	14.81	0.01	2.103	6.82	0.29	5.5	94.0	0.5	-0.60	0.76	0.80	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6456	791	4	0	4	0	0	logfile
✘	8J6i	36005	2024-09-24	2023-04-26	2.92	2.81	2.83	3.0	0.006	0.63	0.0	0.04	16.60	0.01	2.167	8.17	0.00	3.7	96.2	0.1	1.37	0.53	0.71	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8801	1131	6	0	1	0	0	logfile
✘	8H7Z	34526	2024-09-23	2022-10-21	3.07	3.23	3.02	3.2	0.003	0.63	0.0	0.04	12.59	0.00	2.210	6.35	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.04	0.60	0.72	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4885	631	3	0	0	0	0	logfile
✘	9CX6	45979	2024-09-23	2024-07-30	3.2	3.35	3.13	3.5	0.009	1.46	0.0	0.07	12.63	0.01	0.182	28.34	0.00	5.0	95.0	0.0	-4.11	0.47	0.62	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49250	7200	200	0	0	250	0	logfile
✘	6XXD	10647	2024-09-26	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.033	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	8BXF	16317	2024-09-26	2022-12-08	3.4	3.97	3.47	3.9	0.004	0.95	0.0	0.06	13.47	0.01	1.507	5.27	0.38	4.3	95.7	0.0	-2.13	0.67	0.81	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12692	1630	10	0	5	0	0	logfile
✘	7PM7	13523	2024-09-25	2021-09-02	3.5	3.92	3.46	3.4	0.004	0.85	1.0	0.05	15.67	0.01	1.732	5.26	0.09	0.2	99.8	0.0	-1.31	0.90	0.84	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10149	1260	7	0	5	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2024-09-26	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.033	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →