Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7A6B	11669	2024-09-29	2020-08-25	1.33	1.21	—	1.3	0.015	1.60	24.0	0.12	16.78	0.01	1.893	4.97	4.17	1.2	98.8	0.0	2.52	0.52	0.65	9.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41494	4152	72	0	32	3854	0	logfile
✘	7N5G	24189	2024-09-23	2021-06-05	2.4	2.16	2.42	1.5	0.022	1.51	0.0	0.09	10.57	0.01	2.386	0.17	0.00	0.8	99.2	0.0	1.84	0.40	0.79	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2926	371	2	0	1	0	0	logfile
✘	8TXR	41704	2024-09-28	2023-08-24	3.8	3.13	—	1.5	0.004	0.46	0.0	0.04	11.55	0.00	1.930	3.65	0.59	1.8	98.2	0.0	0.92	0.88	0.81	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19020	2388	20	0	0	0	0	logfile
✘	8RAS	19023	2024-09-25	2023-12-01	2.62	2.31	—	1.7	0.003	0.51	0.0	0.04	17.48	0.00	1.980	7.95	0.93	3.1	96.9	0.1	0.61	0.78	0.80	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57315	6830	45	81	4	254	0	logfile
✘	9AVG	43901	2024-09-27	2024-03-02	3.6	2.11	—	1.8	0.005	0.69	0.0	0.04	12.94	0.01	2.112	8.93	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.83	0.76	0.75	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17498	2210	13	0	25	0	0	logfile
✘	8QMA	18496	2024-09-24	2023-09-21	3.5	2.52	—	1.8	0.004	0.69	0.0	0.05	13.65	0.01	1.997	5.82	0.74	4.0	95.7	0.2	-1.28	0.80	0.74	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52064	6421	23	0	4	0	0	logfile
✘	8P6X	17510	2024-09-23	2023-05-30	1.9	1.85	1.92	1.9	0.005	0.63	0.0	0.04	16.39	0.00	2.211	7.57	0.72	2.3	97.6	0.2	1.71	0.68	0.78	5.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5284	631	7	0	2	144	0	logfile
✘	8DZP	27804	2024-09-24	2022-08-08	2.71	2.09	2.70	1.9	0.004	0.68	0.0	0.05	13.62	0.01	2.216	5.26	0.11	3.6	96.4	0.0	-0.46	0.78	0.78	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8657	1120	6	0	1	0	0	logfile
✘	8JZ7	36736	2024-09-25	2023-07-04	2.6	2.26	—	1.9	0.006	0.85	0.0	0.05	13.85	0.01	2.197	15.42	0.61	7.0	93.0	0.0	-2.16	0.75	0.73	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9042	1144	6	0	1	0	0	logfile
✘	8BQV	16188	2024-09-24	2023-01-18	2.0	1.96	1.89	1.9	0.008	1.01	0.0	0.07	8.75	0.00	0.000	15.13	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.59	0.54	0.77	8.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1155	45	0	105	120	0	logfile
✘	8KFX	37207	2024-09-24	2023-08-16	2.96	2.23	3.09	2.0	0.004	0.61	0.0	0.04	16.55	0.00	2.189	11.28	0.51	2.5	97.5	0.0	0.90	0.79	0.79	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9001	1139	6	0	1	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2024-09-25	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	14.79	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7VUG	32127	2024-09-25	2021-11-02	3.2	2.20	—	2.0	0.004	0.61	0.0	0.04	13.56	0.00	2.099	11.94	0.00	6.3	93.7	0.0	-0.75	0.73	0.72	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8924	1127	6	0	1	0	0	logfile
✘	8FoZ	29357	2024-09-29	2023-01-03	2.0	2.03	2.09	2.0	0.009	0.92	0.0	0.06	15.79	0.01	2.238	2.94	1.31	0.5	99.5	0.0	0.22	0.80	0.91	7.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23648	3072	16	0	16	0	0	logfile
✘	7EZM	31389	2024-09-24	2021-06-01	2.9	2.20	—	2.0	0.011	1.07	1.0	0.07	13.16	0.01	2.228	4.78	0.94	3.8	96.2	0.0	-0.87	0.76	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9008	1171	6	0	0	0	0	logfile
✘	8U63	41942	2024-09-24	2023-09-13	3.01	2.25	2.99	2.0	0.003	0.56	0.0	0.04	17.94	0.00	2.151	8.88	0.48	2.8	97.2	0.0	-0.74	0.77	0.79	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7758	984	4	0	2	0	0	logfile
✘	7KBB	22788	2024-09-24	2020-10-01	4.02	2.37	4.07	2.0	0.006	1.16	0.0	0.06	14.88	0.01	2.073	14.81	1.58	5.4	94.1	0.5	-1.59	0.57	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6422	812	7	0	0	0	0	logfile
✘	8P2C	17360	2024-09-29	2023-05-15	2.59	2.23	2.67	2.0	0.003	0.49	0.0	0.04	13.17	0.00	1.935	5.71	2.68	6.8	93.0	0.1	-0.71	0.81	0.80	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21173	2588	8	0	16	0	0	logfile
✘	8H8J	34549	2024-09-24	2022-10-23	3.2	2.26	3.27	2.1	0.003	0.66	0.0	0.04	10.44	0.00	1.939	9.85	2.59	2.3	97.6	0.1	-0.78	0.71	0.72	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1139	6	0	5	0	0	logfile
✘	7WYB	32890	2024-09-24	2022-02-15	2.97	2.33	—	2.1	0.005	0.80	0.0	0.05	12.35	0.00	2.176	5.06	0.00	7.0	93.0	0.0	-1.33	0.66	0.61	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8757	1115	5	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →