Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8oTD	17175	2024-09-23	2023-04-20	2.6	2.53	2.39	2.8	0.008	1.48	4.0	0.10	16.82	0.01	2.073	4.15	4.76	8.3	91.7	0.0	-3.89	0.48	0.88	6.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4340	540	4	0	0	0	0	logfile
✘	8ZAM	39880	2024-09-23	2024-04-25	2.5	2.87	2.53	2.8	0.007	0.87	0.0	0.04	22.82	0.01	2.265	9.50	2.46	5.3	94.7	0.0	1.70	0.60	0.88	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4000	492	4	0	2	0	0	logfile
✘	8JXo	36707	2024-09-23	2023-07-01	2.7	3.04	2.81	3.0	0.009	1.33	6.0	0.09	22.33	0.02	1.645	18.53	24.41	6.9	91.2	1.9	-2.50	0.65	0.84	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6294	786	9	0	21	9	0	logfile
✘	8P6X	17510	2024-09-23	2023-05-30	1.9	1.85	1.92	1.9	0.005	0.63	0.0	0.04	16.39	0.00	2.211	7.57	0.72	2.3	97.6	0.2	1.71	0.68	0.78	5.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5284	631	7	0	2	144	0	logfile
✘	8XB4	38210	2024-09-23	2023-12-05	2.92	3.16	2.96	3.2	0.005	0.61	0.0	0.04	14.47	0.00	2.258	7.33	0.00	1.9	98.1	0.0	-1.88	0.61	0.81	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4307	536	2	0	1	0	0	logfile
✘	8ZAN	39881	2024-09-23	2024-04-25	2.4	2.80	2.50	2.7	0.003	0.65	0.0	0.04	17.05	0.01	2.309	9.70	2.96	5.3	93.4	1.2	1.81	0.65	0.89	4.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3938	492	4	0	2	0	0	logfile
✘	8X64	38079	2024-09-23	2023-11-20	3.4	4.16	3.79	4.1	0.006	0.79	1.0	0.05	14.11	0.01	2.290	13.75	0.42	7.5	92.5	0.0	-0.76	0.45	0.61	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2189	263	2	0	1	0	0	logfile
✘	8K1D	36792	2024-09-23	2023-07-10	3.53	3.93	3.62	4.0	0.003	0.71	0.0	0.04	16.89	0.00	2.230	11.65	0.57	1.4	98.6	0.0	1.26	0.46	0.68	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4902	610	2	0	0	0	0	logfile
✘	8TTH	41608	2024-09-23	2023-08-13	3.54	3.67	3.52	3.7	0.003	0.69	0.0	0.04	16.67	0.00	2.174	12.41	0.20	2.9	97.1	0.0	0.88	0.60	0.75	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4620	603	3	0	0	0	0	logfile
✘	8VGT	43224	2024-09-23	2023-12-27	2.9	3.22	2.90	3.2	0.011	1.30	1.0	0.07	10.51	0.01	2.374	2.03	0.70	3.9	95.6	0.5	-0.41	0.68	0.77	5.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4714	629	4	0	5	0	0	logfile
✘	8QYo	18760	2024-09-23	2023-10-26	2.84	3.26	2.99	3.2	0.006	0.66	0.0	0.05	13.09	0.00	2.208	3.23	0.02	2.6	97.4	0.0	0.66	0.75	0.84	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47940	6174	28	0	0	0	0	logfile
✘	8JXP	36708	2024-09-23	2023-07-01	2.7	3.07	2.80	3.0	0.009	1.33	6.0	0.09	22.33	0.02	1.644	18.04	24.41	6.9	91.2	1.9	-2.49	0.65	0.81	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6294	786	9	0	21	9	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2024-09-23	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	8Y2E	38852	2024-09-23	2024-01-25	3.03	3.33	3.15	3.3	0.005	0.61	0.0	0.04	17.53	0.00	2.283	3.56	0.00	4.4	95.6	0.0	1.57	0.65	0.86	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4214	528	2	0	3	0	0	logfile
✘	8WoZ	37703	2024-09-23	2023-10-08	3.25	2.47	3.32	2.2	0.003	0.70	1.0	0.04	16.32	0.01	2.147	10.00	0.15	5.8	94.2	0.0	-0.58	0.75	0.72	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6244	768	3	0	1	0	0	logfile
✘	8HFi	34721	2024-09-23	2022-11-10	2.5	2.71	2.52	2.7	0.003	0.63	0.0	0.04	15.56	0.00	2.008	3.64	1.08	2.2	97.8	0.0	1.51	0.75	0.88	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4443	548	2	0	2	39	0	logfile
✘	8SEK	40419	2024-09-23	2023-04-10	3.5	3.55	3.07	3.8	0.032	2.39	0.0	0.14	10.43	0.01	2.397	1.27	0.00	20.0	80.0	0.0	-3.19	0.49	0.76	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2380	320	10	0	0	0	0	logfile
✘	8XUU	38684	2024-09-23	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2024-09-23	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	7XGY	33189	2024-09-23	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →