Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6CoY	7544	2024-09-24	2018-03-13	3.36	3.52	3.38	3.6	0.020	1.43	0.0	0.09	10.54	0.01	2.242	1.72	0.00	2.8	96.7	0.4	-0.30	0.70	0.86	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7156	930	4	0	4	0	0	logfile
✘	7N5G	24189	2024-09-23	2021-06-05	2.4	2.16	2.42	1.5	0.022	1.51	0.0	0.09	10.57	0.01	2.386	0.17	0.00	0.8	99.2	0.0	1.84	0.40	0.79	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2926	371	2	0	1	0	0	logfile
✘	6NUR	0520	2024-09-24	2019-02-01	3.1	3.25	3.17	3.3	0.016	1.55	0.0	0.09	10.59	0.01	2.270	2.28	0.52	1.4	98.6	0.0	-0.12	0.64	0.81	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1087	5	0	2	0	0	logfile
✘	8CQC	16795	2024-09-24	2023-03-05	2.82	2.92	2.78	3.0	0.006	0.72	0.0	0.04	10.91	0.00	2.406	6.26	0.34	2.0	98.0	0.0	0.69	0.60	0.80	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8735	1085	15	0	5	30	0	logfile
✘	6VFi	21173	2024-09-25	2020-01-05	4.54	4.63	4.96	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.023	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58488	7560	48	0	0	0	0	logfile
✘	8J89	36064	2024-09-26	2023-05-01	2.31	3.12	2.39	2.9	0.003	0.46	0.0	0.04	10.98	0.00	2.215	5.85	0.15	3.6	96.4	0.0	0.51	0.82	0.89	4.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12222	1502	2	0	0	0	0	logfile
✘	8SL8	40575	2024-09-28	2023-04-21	4.2	4.52	4.23	4.2	0.004	0.68	0.0	0.04	10.98	0.00	2.201	10.62	0.00	3.6	96.4	0.0	-0.88	0.65	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19688	3152	4	0	0	0	0	logfile
✘	6o1N	0593	2024-09-28	2019-02-21	2.9	3.21	—	3.8	0.011	1.37	12.0	0.07	11.02	0.01	1.856	9.13	1.51	6.4	93.1	0.5	-6.01	0.60	0.73	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19608	2448	4	0	0	0	0	logfile
✘	5WPV	8883	2024-09-27	2017-08-07	3.59	3.68	—	3.7	0.007	0.91	0.0	0.05	11.02	0.01	2.329	2.66	0.18	3.7	96.3	0.0	-4.61	0.62	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14889	1816	9	0	9	0	0	logfile
✘	6PZA	20530	2024-09-25	2019-07-31	3.74	3.92	—	3.9	0.008	1.06	0.0	0.06	11.13	0.01	2.252	3.22	0.00	8.0	92.0	0.0	-4.29	0.51	0.50	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9659	1441	3	0	2	0	0	logfile
✘	9ARF	43780	2024-09-29	2024-02-23	3.13	3.32	3.17	3.3	0.010	1.16	42.0	0.08	11.19	0.01	1.985	8.25	5.16	4.6	95.3	0.1	-3.34	0.69	0.76	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23032	3166	10	0	6	0	0	logfile
✘	7L8Y	23240	2024-09-27	2021-01-01	4.2	4.30	4.00	4.2	0.021	1.67	1.0	0.14	11.27	0.02	2.188	2.09	0.00	2.4	97.6	0.0	1.02	0.71	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15903	1739	27	0	292	0	0	logfile
✘	6VL6	21231	2024-09-29	2020-01-22	4.6	5.00	4.54	4.6	0.019	1.46	0.0	0.09	11.38	0.01	2.431	0.59	0.00	0.9	99.1	0.0	0.45	0.87	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21504	2640	24	0	0	0	0	logfile
✘	6U96	20694	2024-09-27	2019-09-06	3.8	3.99	—	3.8	0.014	1.12	0.0	0.07	11.42	0.01	1.838	1.79	0.63	6.8	93.2	0.0	-4.97	0.77	0.89	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14910	1890	15	0	5	0	0	logfile
✘	8HQS	34953	2024-09-29	2022-12-14	3.2	3.55	3.31	3.4	0.003	0.57	0.0	0.04	11.43	0.00	2.203	11.20	0.60	5.2	94.8	0.0	0.73	0.63	0.59	1.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19224	2387	7	0	0	0	0	logfile
✘	6XXD	10647	2024-09-26	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.033	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	6TM2	10517	2024-09-25	2019-12-03	2.95	3.12	—	3.1	0.008	1.01	0.0	0.06	11.48	0.01	2.181	3.02	0.10	11.3	88.7	0.0	-4.14	0.44	0.47	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55254	7230	60	0	54	138	0	logfile
✘	8Gi2	40060	2024-09-28	2023-03-13	3.0	3.25	3.18	3.3	0.008	0.98	0.0	0.05	11.48	0.00	1.504	31.63	3.45	13.0	86.3	0.7	-3.41	0.55	0.82	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20820	2940	20	0	0	0	0	logfile
✘	8F4R	28857	2024-09-29	2022-11-11	3.06	3.36	3.18	3.3	0.004	0.56	0.0	0.04	11.50	0.00	2.212	7.54	3.22	1.2	98.7	0.0	1.85	0.75	0.81	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23675	3097	4	0	1	0	0	logfile
✘	8FY3	29551	2024-09-24	2023-01-25	2.88	3.13	2.93	3.2	0.003	0.49	0.0	0.04	11.51	0.00	2.186	7.75	2.96	4.1	95.9	0.0	1.07	0.57	0.73	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8948	1123	3	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 34
• next →