Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7EK1	31165	2024-09-24	2021-04-03	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53500	6720	20	0	0	0	0	logfile
✘	7TGG	25881	2024-09-28	2022-01-07	4.1	4.67	—	4.4	0.004	0.71	0.0	0.05	11.74	0.01	2.070	15.91	0.00	7.4	92.6	0.0	-2.21	0.66	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18255	2445	30	0	0	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2024-09-26	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.033	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	8FY3	29551	2024-09-24	2023-01-25	2.88	3.13	2.93	3.2	0.003	0.49	0.0	0.04	11.51	0.00	2.186	7.75	2.96	4.1	95.9	0.0	1.07	0.57	0.73	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8948	1123	3	0	0	0	0	logfile
✘	8B3P	15832	2024-09-28	2022-09-16	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.91	—	—	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5.88	—	—	—	0.02	17620	2370	55	0	0	0	0	logfile
✘	2XEA	1730	2024-09-26	2010-05-12	4.6	4.10	—	4.2	0.012	2.12	0.0	0.12	20.75	0.02	1.226	2.63	3.68	8.6	90.1	1.3	-3.51	0.39	0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62671	7546	98	147	0	0	0	logfile
✘	9CX6	45979	2024-09-23	2024-07-30	3.2	3.35	3.13	3.5	0.009	1.46	0.0	0.07	12.63	0.01	0.182	28.34	0.00	5.0	95.0	0.0	-4.11	0.47	0.62	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49250	7200	200	0	0	250	0	logfile
✘	8AZT	15771	2024-09-23	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	3A5X	1641	2024-09-23	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2024-09-24	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	1.82	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	8DYY	27786	2024-09-27	2022-08-05	3.62	3.95	3.54	3.9	0.011	0.96	1.0	0.04	14.40	0.00	2.085	10.02	0.33	5.9	94.1	0.0	-0.11	0.77	0.86	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16499	2133	19	0	0	0	0	logfile
✘	6XXD	10647	2024-09-26	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.033	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	8SL0	40570	2024-09-23	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8SX9	40828	2024-09-28	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8Gi2	40060	2024-09-28	2023-03-13	3.0	3.25	3.18	3.3	0.008	0.98	0.0	0.05	11.48	0.00	1.504	31.63	3.45	13.0	86.3	0.7	-3.41	0.55	0.82	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20820	2940	20	0	0	0	0	logfile
✘	8JMM	36423	2024-09-28	2023-06-05	3.75	8.01	3.82	3.2	0.002	0.50	0.0	0.04	8.68	0.00	2.196	6.60	3.80	3.7	96.3	0.0	-3.47	0.68	0.41	0.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70631	9100	18	0	0	0	0	logfile
✘	8P3X	17398	2024-09-27	2023-05-18	3.36	3.85	3.33	3.6	0.013	1.66	2.0	0.11	14.28	0.01	2.232	7.73	1.68	4.4	95.4	0.2	-1.65	0.62	0.66	1.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17035	2293	8	0	0	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2024-09-28	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.91	—	—	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3.24	—	—	—	1.40	20475	2720	45	0	0	0	0	logfile
✘	7Y1F	33562	2024-09-24	2022-06-08	3.3	3.13	3.30	3.3	0.007	1.12	0.0	0.06	13.79	0.01	2.215	9.10	0.00	6.7	93.3	0.0	-2.25	0.55	0.71	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8691	1131	6	0	0	0	0	logfile
✘	6VCC	21148	2024-09-24	2019-12-20	3.6	3.10	3.54	3.5	0.004	0.66	0.0	0.05	12.50	0.01	2.253	4.58	0.00	3.6	96.4	0.0	-4.54	0.53	0.68	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7572	936	12	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →