Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6UEN	20754	2024-09-26	2019-09-22	3.67	3.75	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	14.23	0.00	2.112	9.04	0.13	4.6	95.4	0.0	-2.28	0.73	0.83	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13705	1696	5	0	0	0	0	logfile
✘	7MTS	23996	2024-09-27	2021-05-13	3.2	3.09	—	3.0	0.007	0.77	0.0	0.05	13.16	0.01	2.213	4.48	0.13	3.1	96.9	0.0	0.41	0.83	0.84	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16068	2150	8	0	3	0	0	logfile
✘	6UXB	20932	2024-09-25	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2024-09-25	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	7TC0	25803	2024-09-26	2021-12-22	3.1	3.02	2.78	3.2	0.003	0.59	3.0	0.04	15.73	0.01	1.817	8.24	2.49	4.1	95.9	0.0	-1.78	0.74	0.81	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13809	1781	4	0	11	0	0	logfile
✘	7RZW	24780	2024-09-26	2021-08-27	3.3	3.02	3.30	3.3	0.006	1.01	0.0	0.06	15.42	0.01	2.321	7.55	0.88	5.8	94.2	0.0	-2.54	0.75	0.75	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13616	1723	4	0	2	0	0	logfile
✘	6ZB5	11145	2024-09-30	2020-06-07	2.85	2.93	2.86	2.9	0.009	0.77	1.0	0.06	18.16	0.01	1.985	2.81	3.76	7.6	92.4	0.0	-3.22	0.77	0.85	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24499	3096	9	0	29	0	0	logfile
✘	6RB9	4789	2024-09-26	2019-04-09	3.2	3.30	3.19	3.2	0.010	0.82	0.0	0.05	13.72	0.00	2.049	17.66	1.42	15.9	84.1	0.0	-5.55	0.79	0.84	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13391	1736	7	0	0	0	0	logfile
✘	7LYT	23601	2024-09-27	2021-03-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14354	712	6	92	6	0	6722	logfile
✘	7SMS	25207	2024-09-28	2021-10-26	3.18	3.33	—	3.3	0.006	0.78	0.0	0.05	17.59	0.00	2.187	5.21	0.00	2.8	97.2	0.0	1.21	0.78	0.85	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17051	2015	15	0	32	0	0	logfile
✘	7XFM	33176	2024-09-26	2022-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12914	946	11	266	0	0	0	logfile
✘	7NV0	12601	2024-09-25	2021-03-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9928	1180	7	53	1	0	0	logfile
✘	7XGY	33189	2024-09-23	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	0	logfile
✘	6LBH	0869	2024-09-25	2019-11-14	3.7	3.79	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	13.62	0.00	2.079	18.56	0.20	7.7	92.2	0.2	-2.87	0.75	0.83	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9219	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	7U9P	26404	2024-09-23	2022-03-11	3.5	3.18	3.38	3.4	0.013	1.18	0.0	0.07	10.40	0.01	2.304	2.58	0.15	11.6	88.2	0.3	-4.34	0.69	0.84	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6126	773	6	0	4	0	0	logfile
✘	7KDP	22828	2024-09-27	2020-10-09	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15844	1914	6	0	34	0	0	logfile
✘	6oMB	20124	2024-09-29	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	7BW4	30226	2024-09-24	2020-04-13	3.7	3.92	—	3.8	0.004	0.66	1.0	0.05	15.16	0.00	2.078	16.25	1.68	4.3	95.5	0.2	-2.50	0.77	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8605	1078	5	0	2	0	0	logfile
✘	6V6B	21067	2024-09-25	2019-12-04	3.8	3.96	—	3.9	0.005	0.55	0.0	0.04	14.36	0.00	2.211	5.33	0.00	5.1	94.9	0.0	-5.29	0.54	0.84	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9115	1111	2	0	0	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2024-09-27	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile

• Page 1 of 34
• next →