Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6N7W	0365	2024-09-24	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile
✘	7ARM	11887	2024-09-25	2020-10-25	3.6	3.73	—	3.7	0.003	0.70	0.0	0.05	13.16	0.01	2.328	2.77	0.17	4.8	95.2	0.0	-5.79	0.68	0.72	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10971	1438	7	0	2	0	0	logfile
✘	8DBC	27279	2024-09-26	2022-06-14	3.2	3.28	3.24	3.2	0.007	0.77	0.0	0.06	15.09	0.00	2.119	5.93	2.74	3.3	96.7	0.0	0.45	0.65	0.76	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14232	1854	12	0	12	0	0	logfile
✘	7XFH	33172	2024-09-26	2022-04-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12969	957	11	264	0	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2024-09-28	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.02	—	—	—	—	18362	3700	2	0	0	0	0	logfile
✘	7RTF	24681	2024-09-26	2021-08-13	2.9	2.86	—	3.0	0.009	1.36	0.0	0.05	21.04	0.01	2.280	5.21	1.41	7.2	92.8	0.0	-0.52	0.67	0.80	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13460	1580	8	0	52	0	0	logfile
✘	6UXB	20932	2024-09-25	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6RB9	4789	2024-09-26	2019-04-09	3.2	3.30	3.19	3.2	0.010	0.82	0.0	0.05	13.72	0.00	2.049	17.66	1.42	15.9	84.1	0.0	-5.55	0.79	0.84	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13391	1736	7	0	0	0	0	logfile
✘	7DTV	30855	2024-09-25	2021-01-06	3.5	3.53	—	3.5	0.008	0.94	0.0	0.07	14.96	0.01	2.189	5.29	0.00	9.8	90.1	0.1	-4.67	0.75	0.83	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11276	1560	10	0	22	0	0	logfile
✘	6ZB5	11145	2024-09-30	2020-06-07	2.85	2.93	2.86	2.9	0.009	0.77	1.0	0.06	18.16	0.01	1.985	2.81	3.76	7.6	92.4	0.0	-3.22	0.77	0.85	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24499	3096	9	0	29	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2024-09-25	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	7RZW	24780	2024-09-26	2021-08-27	3.3	3.02	3.30	3.3	0.006	1.01	0.0	0.06	15.42	0.01	2.321	7.55	0.88	5.8	94.2	0.0	-2.54	0.75	0.75	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13616	1723	4	0	2	0	0	logfile
✘	6o7K	0643	2024-09-25	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.008	0.77	0.0	0.04	22.50	0.01	2.095	19.34	0.00	8.1	91.4	0.5	-1.78	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	7KDP	22828	2024-09-27	2020-10-09	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15844	1914	6	0	34	0	0	logfile
✘	7LYT	23601	2024-09-27	2021-03-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14354	712	6	92	6	0	6722	logfile
✘	7BW4	30226	2024-09-24	2020-04-13	3.7	3.92	—	3.8	0.004	0.66	1.0	0.05	15.16	0.00	2.078	16.25	1.68	4.3	95.5	0.2	-2.50	0.77	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8605	1078	5	0	2	0	0	logfile
✘	7SMS	25207	2024-09-28	2021-10-26	3.18	3.33	—	3.3	0.006	0.78	0.0	0.05	17.59	0.00	2.187	5.21	0.00	2.8	97.2	0.0	1.21	0.78	0.85	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17051	2015	15	0	32	0	0	logfile
✘	7XFM	33176	2024-09-26	2022-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12914	946	11	266	0	0	0	logfile
✘	7P14	13155	2024-09-23	2021-07-01	3.66	3.82	3.50	3.8	0.004	0.63	0.0	0.04	19.09	0.00	2.295	7.45	0.00	2.7	97.3	0.0	1.11	0.60	0.78	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3796	454	3	0	3	0	0	logfile
✘	7NV0	12601	2024-09-25	2021-03-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9928	1180	7	53	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →