Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6o7K	0643	2024-09-25	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.008	0.77	0.0	0.04	22.50	0.01	2.095	19.34	0.00	8.1	91.4	0.5	-1.78	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	8AZU	15772	2024-09-29	2022-09-06	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.07	—	—	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23856	3108	42	0	0	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2024-09-24	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2024-09-23	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	8DP0	27627	2024-09-24	2022-07-14	2.96	3.56	—	3.4	0.002	0.50	0.0	0.04	13.31	0.00	2.213	5.91	0.00	2.5	97.5	0.0	1.09	0.77	0.70	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8894	1104	2	0	0	0	0	logfile
✘	7RB9	24400	2024-09-27	2021-07-05	3.76	4.01	3.83	3.9	0.003	0.57	0.0	0.04	14.69	0.00	2.228	9.31	0.00	3.2	96.8	0.0	0.60	0.59	0.85	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14193	1786	7	0	6	0	0	logfile
✘	6XKJ	22219	2024-09-25	2020-06-26	3.54	3.39	—	3.4	0.009	0.83	0.0	0.05	14.92	0.00	2.246	12.86	0.00	2.4	97.6	0.0	0.54	0.62	0.85	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11056	1360	16	0	0	0	0	logfile
✘	8i93	35256	2024-09-29	2023-02-06	3.1	3.37	3.07	3.3	0.014	0.97	0.0	0.06	16.71	0.01	1.913	12.79	3.93	10.6	89.4	0.1	-3.81	0.75	0.81	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22342	2710	24	0	40	0	0	logfile
✘	8SQA	40700	2024-09-26	2023-05-04	4.2	4.55	4.26	4.3	0.007	0.81	0.0	0.05	14.35	0.00	2.058	26.55	0.39	18.8	81.2	0.1	-5.75	0.78	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12156	1563	6	0	0	0	0	logfile
✘	7XFJ	33174	2024-09-26	2022-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12805	943	11	262	0	0	0	logfile
✘	8WPK	37717	2024-09-27	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile
✘	8GHR	40047	2024-09-26	2023-03-10	3.2	3.33	3.23	3.3	0.003	0.58	0.0	0.04	13.78	0.00	1.923	5.03	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.17	0.81	0.87	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13864	1716	12	0	20	6	0	logfile
✘	8i92	35255	2024-09-29	2023-02-06	3.2	3.51	3.07	3.4	0.013	0.93	0.0	0.06	16.45	0.01	1.843	9.78	5.36	7.9	91.9	0.2	-3.72	0.71	0.75	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22344	2710	24	0	40	0	0	logfile
✘	8EDG	28034	2024-09-29	2022-09-04	4.64	4.06	4.63	4.0	0.003	0.61	0.0	0.04	21.43	0.00	2.143	12.47	0.05	4.8	95.2	0.0	-0.34	0.69	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23358	2348	18	216	6	0	0	logfile
✘	8B3Q	15833	2024-09-30	2022-09-16	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.09	—	—	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6.42	—	—	—	-0.26	25095	3395	75	0	0	0	0	logfile
✘	8HN8	34908	2024-09-24	2022-12-07	3.0	3.50	3.16	3.5	0.003	0.59	0.0	0.04	13.37	0.00	2.225	4.83	0.41	3.1	96.9	0.0	0.55	0.57	0.78	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8860	1120	6	0	1	0	0	logfile
✘	8UW3	42637	2024-09-26	2023-11-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12005	1265	4	73	1	0	0	logfile
✘	8SNY	40642	2024-09-26	2023-04-28	3.41	3.37	3.52	3.4	0.004	0.62	1.0	0.04	15.35	0.00	1.932	13.38	0.33	3.5	96.5	0.0	0.92	0.71	0.81	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13744	1680	6	8	0	0	0	logfile
✘	8BM0	16116	2024-09-26	2022-11-10	3.4	3.46	3.31	3.1	0.003	0.64	0.0	0.04	16.35	0.00	2.002	9.99	0.11	1.6	98.4	0.0	0.68	0.85	0.84	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59394	8008	35	0	42	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2024-09-23	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →