Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XK0	33239	2024-09-25	2022-04-19	3.59	3.85	3.58	3.7	0.011	0.96	0.0	0.06	19.03	0.01	2.206	10.11	5.36	10.4	89.6	0.0	-5.27	0.81	0.86	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9208	983	2	70	1	0	0	logfile
✘	5LMT	4079	2024-09-25	2016-08-01	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55776	2622	31	1612	88	0	0	logfile
✘	7T92	25750	2024-09-28	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile
✘	5LMR	4077	2024-09-25	2016-08-01	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55662	2628	29	1609	4	0	0	logfile
✘	6iFZ	9659	2024-09-28	2018-09-21	3.58	3.57	—	3.5	0.008	1.15	2.0	0.07	17.37	0.01	1.258	12.63	0.96	10.7	88.8	0.5	-5.16	0.72	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19185	2254	11	62	1	0	0	logfile
✘	7PRo	13609	2024-09-24	2021-09-22	3.0	3.28	3.20	3.2	0.012	1.09	0.0	0.06	13.80	0.01	2.192	7.00	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.61	0.84	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7Mo9	23921	2024-09-25	2021-05-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9755	1247	4	0	6	0	0	logfile
✘	6UZ8	20953	2024-09-29	2019-11-14	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23320	2936	8	0	16	0	0	logfile
✘	5LMV	4083	2024-09-26	2016-08-01	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59470	3124	31	1612	4	0	0	logfile
✘	7KR5	23002	2024-09-25	2020-11-18	3.3	3.93	—	3.9	0.004	0.57	0.0	0.04	12.42	0.00	2.197	12.00	0.77	5.0	95.0	0.0	-0.04	0.59	0.75	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10534	1438	13	0	1	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2024-09-29	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	7MoA	23922	2024-09-26	2021-05-01	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12511	1580	5	0	12	0	0	logfile
✘	9ENP	19837	2024-09-26	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11552	1338	7	48	4	7	0	logfile
✘	7Mo8	23920	2024-09-25	2021-05-01	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9877	1250	3	0	6	0	0	logfile
✘	7Mo7	23919	2024-09-28	2021-05-01	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18135	2329	5	0	6	0	0	logfile
✘	6RQJ	4983	2024-09-27	2019-05-15	3.5	4.14	3.49	3.7	0.006	0.74	0.0	0.11	14.35	0.00	2.041	11.05	0.06	6.9	92.9	0.2	-4.28	0.84	0.75	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14971	1899	6	0	2	0	0	logfile
✘	7N5G	24189	2024-09-23	2021-06-05	2.4	2.16	2.42	1.5	0.022	1.51	0.0	0.09	10.57	0.01	2.386	0.17	0.00	0.8	99.2	0.0	1.84	0.40	0.79	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2926	371	2	0	1	0	0	logfile
✘	7CQ7	30438	2024-09-26	2020-08-08	3.55	3.95	—	4.0	0.008	1.07	0.0	0.06	10.35	0.01	1.915	5.84	0.07	9.3	90.7	0.0	-4.47	0.39	0.42	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13810	1766	8	0	9	0	0	logfile
✘	7N33	24137	2024-09-27	2021-05-31	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16524	2076	12	12	0	0	0	logfile
✘	7XCT	33127	2024-09-29	2022-03-25	2.72	3.02	—	3.0	0.012	1.11	0.0	0.06	22.81	0.01	2.220	3.84	0.59	5.3	94.3	0.4	-5.11	0.73	0.82	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18633	1575	16	290	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →