Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7N3N	24141	2024-09-26	2021-06-01	3.33	3.58	3.42	3.5	0.005	0.83	1.0	0.05	13.63	0.01	1.756	10.48	0.22	5.3	94.7	0.0	-0.92	0.63	0.73	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13026	1663	4	0	2	0	0	logfile
✘	6PBX	20294	2024-09-29	2019-06-14	4.0	4.12	—	4.0	0.006	0.83	0.0	0.05	14.04	0.01	2.264	6.03	0.00	3.8	96.2	0.0	-3.07	0.68	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23028	3152	8	0	0	0	0	logfile
✘	7U5T	26358	2024-09-27	2022-03-02	3.43	3.65	3.40	3.5	0.008	1.09	0.0	0.07	13.05	0.01	2.280	7.60	0.10	6.4	93.6	0.0	-5.95	0.59	0.62	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9093	1190	2	0	0	0	0	logfile
✘	7YKJ	33892	2024-09-23	2022-07-22	3.5	3.71	3.62	3.7	0.013	1.78	1.0	0.09	15.54	0.04	1.761	8.58	2.98	6.6	92.2	1.1	-2.51	0.51	0.72	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4811	626	4	0	0	0	0	logfile
✘	7XDT	33152	2024-09-25	2022-03-28	3.31	3.64	3.32	3.5	0.003	0.61	0.0	0.04	17.78	0.01	2.081	11.26	0.23	5.2	94.8	0.0	-0.03	0.72	0.65	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41990	5310	10	0	0	0	0	logfile
✘	8E2L	27842	2024-09-27	2022-08-15	3.51	4.31	3.74	4.0	0.004	0.73	1.0	0.05	15.29	0.00	2.028	6.24	0.42	7.8	92.1	0.1	-0.93	0.78	0.72	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17092	2366	12	12	10	0	0	logfile
✘	6ZS5	11388	2024-09-23	2020-07-15	3.5	4.02	3.66	3.8	0.008	1.09	1.0	0.07	21.40	0.01	2.202	4.52	0.00	4.7	95.3	0.0	-2.98	0.67	0.80	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2036	257	4	0	7	0	0	logfile
✘	7C2K	30275	2024-09-25	2020-05-07	2.93	3.24	3.00	3.1	0.007	0.67	0.0	0.04	15.54	0.00	2.256	7.20	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.91	0.78	0.89	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10692	1256	8	31	3	0	0	logfile
✘	7XNo	33321	2024-09-27	2022-04-29	2.54	2.96	2.54	2.8	0.002	0.53	0.0	0.04	12.89	0.00	2.215	5.72	0.12	4.5	95.4	0.1	1.92	0.69	0.85	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15888	2085	15	0	3	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-09-24	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7YGB	33814	2024-09-24	2022-07-11	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8738	0	5	407	54	0	0	logfile
✘	6SWE	10324	2024-09-29	2019-09-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1523	21	486	9	18	0	logfile
✘	8F4R	28857	2024-09-29	2022-11-11	3.06	3.36	3.18	3.3	0.004	0.56	0.0	0.04	11.50	0.00	2.212	7.54	3.22	1.2	98.7	0.0	1.85	0.75	0.81	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23675	3097	4	0	1	0	0	logfile
✘	6SW9	10320	2024-09-28	2019-09-20	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	48	1593	41	42	0	logfile
✘	7BH9	12187	2024-09-23	2021-01-11	2.9	3.58	2.91	3.4	0.007	0.77	0.0	0.05	13.18	0.00	2.021	5.17	0.33	4.9	95.1	0.0	-3.10	0.85	0.88	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5876	730	3	0	4	0	0	logfile
✘	6UQK	20849	2024-09-24	2019-10-20	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51567	8032	20	0	188	0	0	logfile
✘	7XC6	33113	2024-09-27	2022-03-23	2.79	2.93	2.77	3.0	0.006	0.72	0.0	0.05	17.67	0.00	2.003	7.10	7.75	7.1	92.9	0.0	-2.40	0.63	0.67	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16176	2026	5	0	0	0	0	logfile
✘	8E70	27932	2024-09-29	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	7EWP	31360	2024-09-30	2021-05-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20179	1816	4	0	0	0	6804	logfile
✘	7LB8	23251	2024-09-25	2021-01-07	3.4	3.48	—	3.5	0.002	0.62	1.0	0.04	14.95	0.00	2.093	9.76	2.66	4.7	95.0	0.3	-1.98	0.58	0.72	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10439	1405	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →