Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8X64	38079	2024-09-23	2023-11-20	3.4	4.16	3.79	4.1	0.006	0.79	1.0	0.05	14.11	0.01	2.290	13.75	0.42	7.5	92.5	0.0	-0.76	0.45	0.61	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2189	263	2	0	1	0	0	logfile
✘	8HUD	35035	2024-09-25	2022-12-23	3.43	3.64	3.43	3.6	0.005	0.84	0.0	0.06	20.89	0.00	2.284	10.27	0.56	9.8	90.2	0.0	-1.38	0.71	0.70	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8670	767	4	108	0	0	0	logfile
✘	8UBW	42107	2024-09-24	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8TVS	41650	2024-09-25	2023-08-18	4.4	4.59	4.48	4.1	0.004	0.77	0.0	0.05	15.19	0.00	1.713	10.23	0.00	4.5	95.5	0.1	-0.62	0.83	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56913	3697	22	104	443	0	24971	logfile
✘	8HFL	34722	2024-09-23	2022-11-11	3.0	3.38	3.09	3.3	0.003	0.55	1.0	0.04	15.47	0.00	1.981	5.43	1.72	2.7	97.1	0.2	1.46	0.60	0.82	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4441	553	2	0	2	3	0	logfile
✘	8TUG	41623	2024-09-27	2023-08-16	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65461	3748	22	103	512	0	31025	logfile
✘	8TVW	41653	2024-09-26	2023-08-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61455	3748	21	56	9	0	30492	logfile
✘	8TVQ	41648	2024-09-26	2023-08-18	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57734	3424	20	100	443	0	26880	logfile
✘	8TVP	41647	2024-09-27	2023-08-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63938	3748	22	103	443	0	29847	logfile
✘	8UBX	42108	2024-09-24	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	8SY7	40864	2024-09-29	2023-05-24	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21159	2737	16	43	3	413	0	logfile
✘	8X8N	38150	2024-09-27	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	7	0	2	0	8589	logfile
✘	8UNS	42415	2024-09-24	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8W9A	37362	2024-09-25	2023-09-05	2.7	2.81	2.62	2.8	0.008	0.80	0.0	0.05	10.21	0.01	2.156	13.98	0.18	5.4	94.6	0.0	-4.40	0.70	0.83	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10289	1245	3	0	1	2	0	logfile
✘	9CGi	45580	2024-09-27	2024-06-29	2.92	3.60	3.10	3.4	0.005	0.88	2.0	0.05	12.93	0.01	2.249	3.35	0.24	2.3	97.7	0.0	-0.05	0.85	0.88	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14751	1839	5	0	0	0	0	logfile
✘	8SGS	40466	2024-09-26	2023-04-13	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11720	1524	8	0	8	0	0	logfile
✘	8UNo	42411	2024-09-24	2023-10-19	3.3	3.74	3.50	3.7	0.005	0.67	0.0	0.04	13.45	0.00	2.236	5.25	0.17	2.1	97.9	0.0	1.15	0.59	0.82	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6489	894	6	0	2	0	0	logfile
✘	8JJ3	36339	2024-09-27	2023-05-29	2.6476	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14635	1560	15	0	50	265	0	logfile
✘	8Y2E	38852	2024-09-23	2024-01-25	3.03	3.33	3.15	3.3	0.005	0.61	0.0	0.04	17.53	0.00	2.283	3.56	0.00	4.4	95.6	0.0	1.57	0.65	0.86	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4214	528	2	0	3	0	0	logfile
✘	9B03	44026	2024-09-30	2024-03-11	2.95	3.69	—	3.2	0.005	0.96	0.0	0.06	13.38	0.01	2.097	1.93	0.00	3.0	97.0	0.0	-2.06	0.84	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23896	3020	14	0	12	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →