Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8HKX	34862	2024-09-26	2022-11-28	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.91	—	—	1.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.07	—	—	—	0.69	59656	3419	28	1491	57	0	0	logfile
✘	6o7K	0643	2024-09-25	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.008	0.77	0.0	0.04	22.50	0.01	2.095	19.34	0.00	8.1	91.4	0.5	-1.78	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2024-09-25	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.16	—	—	—	1.63	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	7SPB	24769	2024-09-26	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.19	—	—	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.89	—	—	—	2.08	57408	7488	78	0	0	0	0	logfile
✘	6XZG	10662	2024-09-28	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.77	—	—	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.76	—	—	—	1.39	65993	4065	8	19	0	0	33062	logfile
✘	6ZJi	11234	2024-09-25	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.12	—	—	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.71	—	—	—	2.05	10791	1397	4	0	2	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2024-09-25	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.62	—	—	—	3.09	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile
✘	7SPi	24771	2024-09-26	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.43	—	—	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.60	—	—	—	1.87	57408	7488	78	0	0	0	0	logfile
✘	6XZR	10666	2024-09-28	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.72	—	—	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.47	—	—	—	2.18	66206	4077	8	19	0	0	33177	logfile
✘	6XZP	10664	2024-09-28	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.75	—	—	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.28	—	—	—	2.21	66221	4077	8	20	0	0	33176	logfile
✘	6YLF	10837	2024-09-28	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.02	—	—	—	—	18362	3700	2	0	0	0	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2024-09-24	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	1.82	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	7Z37	14472	2024-09-27	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.30	—	—	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	2.22	14256	1740	6	0	2	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2024-09-28	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.91	—	—	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3.24	—	—	—	1.40	20475	2720	45	0	0	0	0	logfile
✘	8B3P	15832	2024-09-28	2022-09-16	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.91	—	—	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5.88	—	—	—	0.02	17620	2370	55	0	0	0	0	logfile
✘	8B3Q	15833	2024-09-30	2022-09-16	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.09	—	—	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6.42	—	—	—	-0.26	25095	3395	75	0	0	0	0	logfile
✘	8Y2E	38852	2024-09-23	2024-01-25	3.03	3.33	3.15	3.3	0.005	0.61	0.0	0.04	17.53	0.00	2.283	3.56	0.00	4.4	95.6	0.0	1.57	0.65	0.86	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4214	528	2	0	3	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2024-09-24	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8WJ1	37575	2024-09-26	2023-09-25	2.27	2.40	2.29	2.5	0.015	1.77	12.0	0.10	18.98	0.03	0.000	10.88	14.10	1.1	98.6	0.4	-1.89	0.56	0.71	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14196	1698	36	0	24	738	0	logfile
✘	8XB4	38210	2024-09-23	2023-12-05	2.92	3.16	2.96	3.2	0.005	0.61	0.0	0.04	14.47	0.00	2.258	7.33	0.00	1.9	98.1	0.0	-1.88	0.61	0.81	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4307	536	2	0	1	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →