Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8URU	42501	2024-09-24	2023-10-26	3.7	3.90	3.70	3.9	0.005	0.98	1.0	0.05	21.44	0.01	2.058	21.18	3.21	10.9	88.1	0.9	-2.97	0.70	0.74	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8895	1001	6	43	1	0	0	logfile
✘	7U9P	26404	2024-09-23	2022-03-11	3.5	3.18	3.38	3.4	0.013	1.18	0.0	0.07	10.40	0.01	2.304	2.58	0.15	11.6	88.2	0.3	-4.34	0.69	0.84	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6126	773	6	0	4	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2024-09-30	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25005	2610	12	3	6	0	4467	logfile
✘	8iUY	35733	2024-09-27	2023-03-25	2.9	3.19	2.93	3.2	0.010	1.42	0.0	0.07	13.23	0.01	0.727	8.86	1.15	11.6	88.4	0.0	-3.89	0.60	0.58	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16755	2127	12	0	9	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2024-09-23	2019-04-29	3.2	4.49	2.14	10.0	0.007	0.93	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	7UAQ	26430	2024-09-23	2022-03-13	3.1	3.91	2.90	3.7	0.006	1.19	2.0	0.07	13.13	0.01	2.101	25.20	0.22	11.5	88.5	0.0	-2.56	0.57	0.74	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4362	533	8	0	10	0	0	logfile
✘	7D06	30525	2024-09-28	2020-09-09	3.1	3.23	—	3.2	0.012	1.54	0.0	0.06	19.88	0.02	2.021	10.56	4.91	10.4	88.6	1.0	-5.86	0.75	0.85	3.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18328	2374	15	0	12	0	0	logfile
✘	6TM2	10517	2024-09-25	2019-12-03	2.95	3.12	—	3.1	0.008	1.01	0.0	0.06	11.48	0.01	2.181	3.02	0.10	11.3	88.7	0.0	-4.14	0.44	0.47	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55254	7230	60	0	54	138	0	logfile
✘	6PVK	20491	2024-09-26	2019-07-20	3.4	3.47	—	3.4	0.010	1.03	5.0	0.05	25.56	0.01	1.370	14.08	6.50	10.3	88.7	1.0	-4.94	0.69	0.69	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60554	1791	18	2169	0	2	0	logfile
✘	7W2J	32262	2024-09-27	2021-11-24	3.6	2.90	—	3.6	0.030	1.49	0.0	0.56	15.66	0.01	2.011	18.00	0.00	11.0	88.7	0.4	-2.64	0.65	0.79	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16522	2104	10	0	10	0	0	logfile
✘	6iFZ	9659	2024-09-28	2018-09-21	3.58	3.57	—	3.5	0.008	1.15	2.0	0.07	17.37	0.01	1.258	12.63	0.96	10.7	88.8	0.5	-5.16	0.72	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19185	2254	11	62	1	0	0	logfile
✘	6M4N	30079	2024-09-28	2020-03-07	3.8	4.04	—	3.8	0.009	1.17	0.0	0.06	11.94	0.01	2.164	7.82	0.73	10.9	88.9	0.2	-4.50	0.70	0.81	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17836	2254	10	0	2	0	0	logfile
✘	7AoD	11841	2024-09-26	2020-10-14	4.5	4.61	—	4.5	0.007	0.89	0.0	0.05	14.84	0.01	1.858	27.36	1.95	10.7	88.9	0.3	-4.20	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59256	7466	34	0	12	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2024-09-26	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.033	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	7CH0	30367	2024-09-27	2020-07-03	3.7	3.78	—	3.8	0.008	1.11	0.0	0.06	16.22	0.01	1.910	4.94	6.24	10.7	89.0	0.2	-6.21	0.64	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15856	2092	14	0	2	0	0	logfile
✘	6LMU	0920	2024-09-29	2019-12-26	3.4	3.65	3.35	3.7	0.010	1.16	0.0	0.06	16.07	0.01	2.033	5.34	1.50	10.7	89.3	0.0	-5.98	0.66	0.73	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22429	2893	11	0	0	0	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2024-09-24	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	6MN7	9166	2024-09-29	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	8i93	35256	2024-09-29	2023-02-06	3.1	3.37	3.07	3.3	0.014	0.97	0.0	0.06	16.71	0.01	1.913	12.79	3.93	10.6	89.4	0.1	-3.81	0.75	0.81	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22342	2710	24	0	40	0	0	logfile
✘	7QTQ	14145	2024-09-25	2022-01-15	3.3	3.53	—	3.4	0.008	0.83	4.0	0.06	15.29	0.01	2.045	9.61	0.20	10.6	89.4	0.0	-2.27	0.72	0.82	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54960	3577	10	0	24	0	26827	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →