Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6V6B	21067	2024-09-25	2019-12-04	3.8	3.96	—	3.9	0.005	0.55	0.0	0.04	14.36	0.00	2.211	5.33	0.00	5.1	94.9	0.0	-5.29	0.54	0.84	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9115	1111	2	0	0	0	0	logfile
✘	5ZCS	6913	2024-09-24	2018-02-20	4.9	5.50	—	6.9	0.003	0.77	0.0	0.05	9.66	0.01	2.281	3.31	0.05	5.6	94.3	0.1	-5.28	0.85	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49176	6644	10	0	278	0	0	logfile
✘	7XK0	33239	2024-09-25	2022-04-19	3.59	3.85	3.58	3.7	0.011	0.96	0.0	0.06	19.03	0.01	2.206	10.11	5.36	10.4	89.6	0.0	-5.27	0.81	0.86	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9208	983	2	70	1	0	0	logfile
✘	6B40	7046	2024-09-27	2017-09-25	4.3	4.48	—	4.4	0.007	1.13	0.0	0.06	16.85	0.01	2.269	8.08	0.00	18.8	81.0	0.2	-5.22	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16202	1800	14	100	42	0	0	logfile
✘	6iFZ	9659	2024-09-28	2018-09-21	3.58	3.57	—	3.5	0.008	1.15	2.0	0.07	17.37	0.01	1.258	12.63	0.96	10.7	88.8	0.5	-5.16	0.72	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19185	2254	11	62	1	0	0	logfile
✘	6RD9	4810	2024-09-25	2019-04-12	3.0	3.00	—	3.1	0.014	1.11	0.0	0.07	14.33	0.01	1.876	6.07	0.69	4.7	95.0	0.2	-5.13	0.71	0.84	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53776	7103	41	0	11	28	0	logfile
✘	7XCT	33127	2024-09-29	2022-03-25	2.72	3.02	—	3.0	0.012	1.11	0.0	0.06	22.81	0.01	2.220	3.84	0.59	5.3	94.3	0.4	-5.11	0.73	0.82	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18633	1575	16	290	2	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2024-09-29	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	8AZU	15772	2024-09-29	2022-09-06	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.07	—	—	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23856	3108	42	0	0	0	0	logfile
✘	7DXi	30910	2024-09-23	2021-01-19	3.53	3.60	—	3.6	0.006	1.30	0.0	0.06	15.06	0.01	1.468	4.71	0.30	13.9	85.5	0.6	-5.04	0.73	0.81	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6130	742	4	0	2	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2024-09-26	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.033	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	6U96	20694	2024-09-27	2019-09-06	3.8	3.99	—	3.8	0.014	1.12	0.0	0.07	11.42	0.01	1.838	1.79	0.63	6.8	93.2	0.0	-4.97	0.77	0.89	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14910	1890	15	0	5	0	0	logfile
✘	6PVK	20491	2024-09-26	2019-07-20	3.4	3.47	—	3.4	0.010	1.03	5.0	0.05	25.56	0.01	1.370	14.08	6.50	10.3	88.7	1.0	-4.94	0.69	0.69	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60554	1791	18	2169	0	2	0	logfile
✘	7BoX	30135	2024-09-28	2020-03-20	3.8	3.29	—	3.8	0.012	1.46	5.0	0.07	12.93	0.01	2.236	9.53	0.05	8.1	91.5	0.5	-4.94	0.78	0.81	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18618	2334	12	0	0	0	0	logfile
✘	7Z4Z	14511	2024-09-23	2022-03-06	4.0	3.29	3.87	3.9	0.003	0.75	1.0	0.05	14.17	0.01	2.305	11.39	0.00	2.1	97.3	0.6	-4.82	0.61	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4817	673	4	0	0	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2024-09-29	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	6E11	8952	2024-09-26	2018-07-08	4.23	4.35	—	4.2	0.007	1.11	6.0	0.06	10.08	0.01	1.079	10.29	0.49	7.9	91.8	0.3	-4.77	0.79	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57401	6820	34	0	373	0	0	logfile
✘	6ACC	9588	2024-09-30	2018-07-26	3.6	3.90	—	3.8	0.005	0.95	1.0	0.06	9.62	0.01	2.139	6.04	0.43	12.0	87.4	0.6	-4.74	0.69	0.73	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24906	3195	3	0	0	0	0	logfile
✘	6KXS	0782	2024-09-29	2019-09-12	3.4	3.50	—	3.4	0.018	1.44	0.0	0.09	15.96	0.01	2.157	9.00	3.30	15.2	84.4	0.4	-4.73	0.70	0.72	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22499	2869	23	0	12	0	0	logfile
✘	7DTV	30855	2024-09-25	2021-01-06	3.5	3.53	—	3.5	0.008	0.94	0.0	0.07	14.96	0.01	2.189	5.29	0.00	9.8	90.1	0.1	-4.67	0.75	0.83	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11276	1560	10	0	22	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 34
• next →