Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5G5L	3439	2023-05-15	2016-05-26	4.8	5.08	—	4.8	0.010	1.38	14.0	0.09	16.60	0.01	0.675	31.05	7.76	6.0	92.2	1.8	-2.38	0.81	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37349	4686	20	0	7	0	0	logfile
✘	7BQT	30155	2023-05-16	2020-03-25	4.8	4.89	—	4.8	0.006	1.07	0.0	0.06	15.96	0.01	2.230	11.08	0.66	6.3	93.7	0.0	-4.15	0.57	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39180	4860	12	0	0	0	0	logfile
✘	6JH6	9825	2023-05-03	2019-02-17	4.8	5.31	—	4.8	0.006	1.07	1.0	0.05	11.37	0.01	2.197	12.11	0.58	10.8	88.9	0.3	-4.03	0.79	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108924	14244	12	0	8	0	0	logfile
✘	6TF9	10491	2023-05-06	2019-11-13	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7oWG	13097	2023-05-05	2021-06-18	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	114114	7078	8	0	110	0	57040	logfile
✘	6ZDG	11173	2023-05-12	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.50	0.0	0.04	8.99	0.00	1.891	7.24	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	6JSi	9882	2023-05-05	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile
✘	3JC5	6535	2023-05-16	2015-11-24	4.7	5.02	—	4.8	0.009	1.54	5.0	0.06	12.17	0.01	0.300	46.29	0.63	9.4	88.9	1.7	-4.21	0.76	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40041	5039	11	0	0	0	0	logfile
✘	7W6M	32329	2023-05-13	2021-12-02	4.7	4.96	4.72	4.7	0.005	0.83	0.0	0.06	13.62	0.00	2.107	9.16	0.00	4.4	95.6	0.0	-0.63	0.85	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30756	3672	51	0	204	0	0	logfile
✘	6SiH	10210	2023-05-15	2019-08-09	4.7	5.01	—	4.7	0.005	0.54	0.0	0.03	12.61	0.00	1.931	8.52	0.00	5.9	94.1	0.0	-1.62	0.89	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37310	4880	10	0	0	0	0	logfile
✘	7QY7	14209	2023-05-16	2022-01-27	4.7	5.28	—	4.8	0.007	1.21	6.0	0.06	11.80	0.01	1.015	21.97	1.70	10.3	88.9	0.8	-4.62	0.85	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99911	12865	51	0	6	0	0	logfile
✘	7EWR	31363	2023-05-15	2021-05-26	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25779	2516	6	0	0	0	6804	logfile
✘	5GW4	9540	2023-05-06	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	8DDW	27344	2023-05-11	2022-06-19	4.7	4.19	4.62	4.0	0.003	0.53	0.0	0.04	14.47	0.00	2.179	11.42	8.35	5.4	94.5	0.1	0.15	0.72	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25869	3198	10	0	68	0	0	logfile
✘	7RWA	24712	2023-05-07	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	6U8Q	20689	2023-05-09	2019-09-05	4.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21129	2442	18	96	6	0	0	logfile
✘	6i7T	4428	2023-05-15	2018-11-17	4.61	4.75	4.92	4.6	0.006	1.17	6.0	0.07	13.63	0.01	2.245	7.08	2.54	12.0	87.5	0.4	-4.32	0.74	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	4682	16	0	0	0	0	logfile
✘	6FSZ	4301	2023-05-15	2018-02-20	4.6	4.95	—	4.7	0.010	1.25	0.0	0.06	10.87	0.01	2.147	13.08	0.26	7.3	92.7	0.0	-3.42	0.88	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36972	4821	15	23	11	0	0	logfile
✘	6PQX	20455	2023-05-04	2019-07-10	4.6	4.84	—	4.7	0.006	0.99	0.0	0.06	23.23	0.01	2.222	15.96	2.35	5.2	94.1	0.6	-3.41	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10116	960	10	120	4	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2023-05-10	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24990	2610	12	3	6	0	4452	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →